Bp Damian Muskus, który kierował pracami Komitetu Organizacyjnego ŚDM 2016, podkreślał – nawiązując do słów papieża Franciszka skierowanych do wolontariuszy ŚDM – że lipcowe wydarzenia zostały „wyrzeźbione pracą i modlitwą” wielu środowisk i osób, które zaangażowały się w przygotowanie spotkania młodych na polskiej ziemi. „Mowa tu o tysiącach młodych osób, ich duszpasterzach, rodzicach i wychowawcach, o parafiach, które gościły pielgrzymów, samorządach, instytucjach i organizacjach, służbach mundurowych i medycznych, agendach rządowych, szkołach, zakonach, a także o osobach chorych i niepełnosprawnych, które dzieło ŚDM wspierały swoją modlitwą” - wymieniał.

Szef krakowskiego Komitetu uważa, że Światowe Dni Młodzieży zmobilizowały do współpracy wiele środowisk, którym na co dzień wcale nie jest po drodze i były prawdziwą „szkołą budowania mostów, solidarności i bezinteresownej służby dla dobra wspólnego”. Jego zdaniem, wydarzenie to wyzwoliło „niezwykły potencjał radości, wyobraźni i entuzjazmu ludzi młodych”, którzy w Kościele polskim doszli do głosu na niespotykaną dotąd skalę. Zaznaczył także, że fenomen ŚDM nie zamyka się na finałowym tygodniu uroczystości, ale obejmuje okres wielomiesięcznych przygotowań duchowych i logistycznych, obfitujących w przeżycia, które zostawiły ślad i owocują w polskich parafiach i wspólnotach.

Krakowski biskup pomocniczy przedstawił zgromadzonym na międzynarodowym zjeździe osób odpowiedzialnych za duszpasterstwo młodych główne etapy przygotowań do Światowych Dni Mlodzieży i strukturę Komitetu Organizacyjnego w Krakowie, który na początku liczył zaledwie 40 osób, by w okresie bezpośrednich przygotowań do ŚDM osiągnąć liczbę niemal 300 pracowników i wolontariuszy. „Komitet ten był najmłodszym w dziejach Światowych Dni Młodzieży, a jednak podołał stawianym mu zadaniom” - podkreślał bp Muskus i wyjaśnił, że tajemnica jego działalności polegała na połączeniu „entuzjazmu młodości z doświadczeniem ekspertów”. „I jedni, i drudzy włożyli w swoją pracę serce i poświęcili się jej bezgranicznie, za co jestem im wszystkim bardzo wdzięczny” - skonkludował.

Koordynator generalny Komitetu Organizacyjnego krakowskich Dni przedstawił także głównych partnerów archidiecezji krakowskiej w organizacji ŚDM, którymi byli: Wojewoda Małopolski (jako terenowy przedstawiciel Rządu RP), Prezydent Miasta Krakowa, Urząd Marszałkowski Województwa Małopolskiego, a także samorządy lokalne w terenach, które były objęte siecią zakwaterowania pielgrzymów ŚDM. Omówił również działalność Komitetu Organizacyjnego Wizyty Ojca Świętego Franciszka w Polsce, powołanego przez KEP oraz zaangażowanie rządu i główne aspekty specustawy, która regulowała wszelkie kwestie związane z przygotowaniem i organizacją ŚDM oraz ustalała zakres kompetencji i odpowiedzialności Państwa w udzielaniu wsparcia organizatorom wydarzenia.

Przygotowania do ŚDM rozpoczęły się w Krakowie niemal natychmiast po tym, jak papież Franciszek ogłosił na zakończenie ŚDM w Rio miejsce kolejnego spotkania młodych i można podzielić je na trzy wyraźne etapy. Pierwszy z nich oficjalnie rozpoczął się już 5 grudnia 2013 roku, kiedy to kard. Stanisław Dziwisz powołał 37-osobowy Komitet Organizacyjny, na czele którego stanął on sam. Poszczególne sekcje działu usługowego przygotowały konkursy na logo i hymn ŚDM Kraków 2016 oraz prezentację Krakowa na pierwszym spotkaniu przygotowawczym w Sassone di Campino w 2014 r. W toku prac Komitetu jednak okazało się, że zaplanowana struktura nie odpowiada rzeczywistym potrzebom i obszarom przygotowań, a do zespołu trzeba powołać dodatkowo osoby, które mają doświadczenie w duszpasterstwie młodzieży oraz dobrze znają specyfikę ŚDM. W efekcie doszło do reorganizacji struktury Komitetu, który od tego czasu pracował w nowej strukturze. Kiedy przygotowania weszły w fazę decydującą i zaczęły przybierać kształt konkretnych wyzwań związanych m.in. z przygotowaniem miejsc Wydarzeń Centralnych i innych celebracji oraz spotkań młodych, działaniem systemu rejestracyjnego, opracowaniem szczegółowych scenariuszy i programów, zaszła potrzeba ponownej reorganizacji Komitetu. Końcowy etap przygotowań skupiał się na połączeniu wątków wypracowanych w różnych sekcjach w obszary, które służyły uczestnikom ŚDM.

Na czas ŚDM Kraków 2016 (od 25 lipca do 1 sierpnia 2016) został powołany Zespół Zarządzający, który był pomyślany jako centrum dowodzenia wszystkimi działaniami podczas ŚDM. Współpracował z osobami odpowiedzialnymi za poszczególne projekty i obszary w KO oraz ze służbami zewnętrznymi. Skupiał wszystkie najważniejsze informacje i decyzje związane z przebiegiem ŚDM Kraków 2016. Oprócz tego nad przebiegiem ŚDM czuwały Centra Bezpieczeństwa służb publicznych, w skład których wchodzili także przedstawiciele Komitetu. Umiejscowione były one m.in. w miejscach Wydarzeń Centralnych, w Mercy Centre Rycerzy Kolumba, w Centrum Powołaniowym, w Łagiewnikach oraz w 34 miejscach, gdzie odbywał się Festiwal Młodych.