Na wspólnej Eucharystii w Kolegiacie Akademickiej św. Anny zebrali się profesorowie, nauczyciele akademiccy i studenci uniwersytetu. Słowo wygłosił dla nich abp Marek Jędraszewski, który odwołując się do przemówienia Jana Pawła II sprzed 20 lat, tłumaczył, że rolą każdej uczelni - zwłaszcza katolickiej - jest głoszenie prawdy.

Swoją homilię rozpoczął jednak od opowieści o znaku Jonasza, który został dany kobietom zmierzającym do grobu Jezusa, a później także apostołom. Ten sam znak został także dany Szawłowi, który zmierzał do Damaszku, by uwięzić uczniów Chrystusa. Jak przypomniał metropolita krakowski, Pan wybrał jednak Szawła jako swoje narzędzie, które miało zanieść Jego imię do pogan i do synów Izraela, nie unikając przy tym wielu cierpień. Dodał też, że świadomość tego zadania i związanego z nim cierpienia, widoczna jest m.in. na początku Listu św. Pawła do Rzymian.

- Określona treść orędzia, którą w tym przypadku kierował do chrześcijan mieszkających w stolicy cesarstwa to Ewangelia o Jezusie Chrystusie pochodzącym według ciała z rodu Dawida, a ustanowionym pełnym mocy Synem Bożym według Ducha Świętego przez powstanie z martwych - zauważył arcybiskup.

Zaznaczył, że św. Paweł cierpiał fizycznie, będąc kamienowanym i biczowanym, jednak doświadczał też wieloletniego odrzucenia również, kiedy odtrącili go filozofowie zamieszkujący intelektualną stolicę cesarstwa. - Z jednej strony szyderczy śmiech, ze strony innych grzeczne, ale stanowcze „Nie!". Mimo cierpień i odrzucania prawdy, o której on miał świadczyć własnym życiem, wiedział, że trzeba tę prawdę głosić zawsze i wszędzie. W porę i nie w porę - opowiadał.

Wspomniał również, że właśnie takie przesłanie św. Paweł pozostawił Tymoteuszowi w drugim skierowanym do niego liście, który - zdaniem arcybiskupa - jest testamentem i pożegnaniem z umiłowanym uczniem. Św. Paweł tłumaczył tam, że należy nieustannie głosić naukę, pouczać i z cierpliwością podnosić na duchu. - To głoszenie prawdy o Chrystusie zmartwychwstałym jest istotą przesłania, jakie Kościół kieruje do świata od zarania swoich dziejów. Nieprzerwanie właśnie ta prawda, która dla jednych jest głupstwem, dla innych zgorszeniem, dla tych, którzy uwierzyli jest mocą i mądrością Bożą - objaśniał metropolita.

Zauważył, że w historię głoszenia mocy i mądrości Bożej niezwykle wpisał się pontyfikat Jana Pawła II, zwłaszcza, że 16 października minęło 39 lat od wyboru Karola Wojtyły na papieża. - Też był wtedy poniedziałek i od pierwszych słów nowo wybranego papieża ludzie poczuli moc płynącą z krzyża, która sprawia, że świadkowie Chrystusa zmartwychwstałego stają się kimś wielkim i bardzo znaczącym dla świata, nawet dla tego świata, który chce żyć jakby Pana Boga nie było - wspominał.

Przywołał z tej okazji przemówienie Ojca Świętego z Kolegiaty Akademickiej św. Anny z 8 czerwca 1997 roku, skierowane do przedstawicieli świata akademickiego, w którym papież upomniał się o to, aby nauczać tak, jak tego chce Bóg. - W imię prawdy, która ma charakter transcendentny, która wychowuje, pociąga do siebie i każe jej służyć. W imię prawdy, która jednoczy uczelnie, profesorów i studentów. Upomniał się wtedy zwłaszcza o rangę nauki teologicznej, lekceważoną w Europie zwłaszcza od czasów pozytywizmu. Lekceważoną, odrzucaną niemal w niebyt w czasach ideologii marksistowskiej. Zdając sobie sprawę, że pozostałości tamtych mentalności ciągle drzemią w wielu umysłach - przypomniał.

Arcybiskup zwrócił zwłaszcza uwagę na słowa Jana Pawła II o tym, że powołaniem każdego uniwersytetu jest służba prawdzie - jej odkrywanie i przekazywanie innym. A także na przedstawiony przez papieża opis sarkofagu św. Jana z Kęt, który został umieszczony na barkach postaci uosabiających cztery tradycyjne wydziały uniwersytetu: Medycynę, Prawo, Filozofię i Teologię.

- W tej idei sarkofagu św. Jana z Kęt zawarte jest przesłanie o solidarności różnych dziedzin naukowych w służbie człowiekowi i o odkrywaniu coraz pełniejszej prawdy o nim samym i o otaczającym go świecie. Stąd główne przesłanie uniwersytetu - głoszenie prawdy o człowieku, bo „człowiek prawdy nie tworzy, ale ona sama się przed nim odsłania, gdy jej wytrwale szuka" - wyjaśnił.

Mówił też o wielkim zadaniu stojącym przed światem akademickim, którym jest zatroskanie o głoszenie integralnej koncepcji osoby ludzkiej. Za Ojcem Świętym powtórzył też, że spór o człowieka wciąż trwa, a pod pewnym względem nawet się nasilił poprzez formy degradacji wartości życia ludzkiego, które stały się bardzo subtelne, a przez to niebezpieczne. Zatrzymał się też przy poruszonej przez papieża kwestii badań naukowych związanych z eksperymentami inżynierii genetycznej. Stwierdził wręcz, że łatwo przez nie sprowadzić człowieka do przedmiotu czy nawet surowca badań.

Przypomniał też zadanie, stojące przed uniwersytetem, o którym mówił Jan Paweł II, czyli „formowanie ludzi nie tylko kompetentnych w swojej specjalizacji, czasem wąskiej, bogatych w encyklopedyczną wiedzę, ale nade wszystko w autentyczną mądrość. Tylko tak uformowani, będą oni mogli wziąć na swe barki odpowiedzialność za przyszłość Polski, Europy i świata".

- To pewien problem uniwersytetu zwłaszcza uczelni katolickiej, wpisujący się w to wielkie zadanie Kościoła, który ma głosić prawdę w porę i nie w porę. O człowieku widzianym w świetle Chrystusowego zmartwychwstania - zaznaczył.

Omawiając rolę uniwersytetu, wspomniał także o podkreślanej przez Ojca Świętego funkcji Alma Mater, czyli kochającej matki, która rodzi, wychowuje i kształci. - Gromadzimy się na Mszy św., która otwiera uroczystości inaugurujące nowy rok akademicki Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II w Krakowie, która jest dziękczynieniem za tę uczelnię, za wszystkich profesorów, nauczycieli akademickich i studentów. Modlimy się jednocześnie prosząc Chrystusa ukrzyżowanego i zmartwychwstałego, o którym św. Paweł dał wspaniałe świadectwo, by ta uczelnia w czasach trudnych, jakie są, nieprzerwanie rodziła dusze do wiedzy do mądrości, by kształtowała dusze i serca, by nie bała się związanych z jej misją cierpień i koniczności ofiary - mówił.

Zauważył, że niełatwo jest stać na straży prawdy w świecie, który ogłosił się czasem postprawdy i przy tym łatwo ulec pokusie fragmentaryzacji wiedzy o człowieku. Modlił się na zakończenie, aby Bóg pobłogosławił tę uczelnię, by wszyscy, którzy ją tworzą nie zawahali się dać świadectwo prawdzie.

Dalsza część uroczystości inauguracyjnych przeniosła się do Filharmonii Krakowskiej. Tam odbyła się uroczysta immatrykulacja studentów I roku, a także wręczenie nagród i odznaczeń.