Poza standardową możliwością skorzystania z sakramentu pokuty i pojednania w kościołach, łącznie dla pielgrzymów przygotowano 106 dodatkowych konfesjonałów we wspomnianych lokalizacjach. Nie można ich przeoczyć, gdyż na ŚDM wykonano specjalne wyjątkowe, pomalowane na biało konfesjonały, których projektantem jest Stanisław Niemczyk.

Konfesjonały mają być oznakowane językiem, w którym można przystąpić do spowiedzi. By ułatwić spowiedź Komitet Organizacyjny ŚDM do pakietu pielgrzyma dołączył rachunek sumienia i warunki dobrej spowiedzi.

W tzw. Dolinie Miłosierdzia nieopodal Sanktuarium Bożego Miłosierdzia w Krakowie-Łagiewnikach stoi już 50 konfesjonałów. Spowiedź będzie tam możliwa we wtorek, czwartek i piątek (26, 28 i 29 lipca) w godzinach 8:00-14:00 oraz w środę (27 lipca) w godzinach 8:00-20:00.

Taka sama liczba konfesjonałów znalazła się w Parku Jordana. Pielgrzymi będą mogli przystąpić do sakramentu pokuty i pojednania w tym miejscu we wtorek, czwartek i piątek w godzinach 9:00-17:00, a także w środę w godzinach 9:00-21:00. W tych samych godzinach będzie można się wyspowiadać także w Bazylice Mariackiej, gdzie znajdzie się 6 konfesjonałów - w każdym kapłan będzie spowiadał w innym języku.

Dużą rolę podczas organizacji spowiedzi w tych miejscach odegrają wolontariusze. To oni będą przekazywać kapłanom stuły z logo ŚDM oraz ich weryfikować. Skauci Europy, którzy będą pełnić tą posługę, wskażą także konfesjonał z odpowiednim językiem.

Warto dodać, że podczas Światowych Dni Młodzieży także sam papież Franciszek zasiądzie do konfesjonału. Będzie to pierwszy papież, który wyspowiada penitentów w Saktuarium Bożego Miłosierdzia w Łągiewnikach. U Ojca Świętego wyspowiada się pięciu wolontariuszy ŚDM - w języku włoskim, hiszpańskim i francuskim.