W pożegnaniu papieża uczestniczyli też m.in. premier Beata Szydło i członkowie rządu. Pożegnaniu towarzyszyła Kompania Reprezentacyjna Wojska Polskiego.

Wylot samolotu planowano wcześniej na godz. 18.30, ale z powodu pogody się opóźnił. W niedzielę po południu miały miejsce trzy ulewy w Balicach, ok. godz. 18 przeszła silniejsza. Służby zwinęły przygotowane wcześniej dywany, samochody techniczne próbowały - bezskutecznie - usuwać wodę z płyty lotniska. Większość wiernych oczekujących na papieża schroniła się w pobliskim hangarze, tylko nieliczni zostali przy barierkach obok samolotu czekającego na Franciszka. Również wielu dziennikarzy opuściło sektor dla mediów. 

Ale gdy na płycie lotniska pojawił się samochód z papieżem, to wierni wyszli z hangaru pożegnać Ojca Świętego. Zgodnie ze zwyczajem, papież odleciał do Rzymu samolotem kraju goszczącego go. To najnowocześniejszy dreamliner LOT-u boeing 787. Na pokładzie samolotu oprócz papieża Franciszka i jego orszaku znajduje się m.in. kilkudziesięcioro przedstawicieli międzynarodowych mediów akredytowanych przy Watykanie. Wcześniej linie gościły na swoich pokładach poprzedników papieża Franciszka - Jana Pawła II w czasie wszystkich pielgrzymek do Polski, a także Benedykta XVI.

Rejs papieski wykonuje najnowocześniejszy samolot we flocie LOT - boeing 787. Przewoźnik posiada sześć takich maszyn. Prawdopodobnie, wzorem poprzednich rejsów z papieżami, fotel, na którym będzie podróżował papież Franciszek, zostanie wymontowany i umieszczony na wystawie w budynku LOT w Warszawie. Takie fotele, na których lecieli poprzednicy Jorge Bergoglia, można cały czas oglądać w Warszawie.