Na początku homilii abp Marek Jędraszewski zwrócił uwagę na chrześcijańską antropologię i soteriologię zawartą w Liście św. Pawła do Efezjan. Zaznaczył, że człowiek stworzony na obraz i podobieństwo Boga jest stworzony do pełnienia dobrych uczynków, a warunkiem zbawienia jest łaska wiary w Boga bogatego w miłosierdzie. Metropolita krakowski zauważył, że te słowa św. Pawła są niejako komentarzem do słów Jezusa wypowiedzianych podczas nocnej rozmowy z Nikodemem: „Tak bowiem Bóg umiłował świat, że Syna swego Jednorodzonego dał, aby każdy, kto w Niego wierzy, nie zginął, ale miał życie wieczne”.

– Stworzony przez Boga do dobrych uczynków. Przeznaczony w zamyśle Boga, aby czynił dobro – mówił arcybiskup wskazując na św. Józefa Sebastiana Pelczara w setną rocznicę jego śmierci. Metropolita zwrócił uwagę, że echem słów św. Pawła, że człowiek przeznaczony jest do dobra już w Bożym zamyśle, przed stworzeniem świata, jest fakt, że matka Józefa Sebastiana ofiarowała go Matce Bożej w Leżajsku jeszcze przed jego narodzinami. Metropolita zaznaczył, że jako biskup przemyski święty przynosił dobro poprzez działalność społeczno-charytatywną. Wskazał także jego ducha patriotycznego i zaangażowanie w dzieło niepodległości Polski, co robił jako biskup i pasterz Kościoła.

– Najbardziej istotnym dobrym dziełem jego życia było dzieło jego wiary – mówił abp Marek Jędraszewski zaznaczając, że odchodzenie 100 lat temu bp. Józefa Sebastiana Pelczara było pełne wewnętrznego pokoju i ufności – śmierć była dla niego „przejściem z życia do życia”.

Metropolita wskazał na cztery filary duchowości świętego. Dwa miały charakter chrystologiczny – cześć do Eucharystii i szczególne nabożeństwo do Najświętszego Serca Pana Jezusa, a dwa maryjny – kult Niepokalanej Dziewicy i Maryi Królowej Polski. Filary chrystologiczny i maryjny były ze sobą głęboko powiązane w jego życiowej dewizie: „Wszystko dla Najświętszego Serca Jezusowego przez Niepokalane Ręce Najświętszej Maryi Panny”. Uzupełnieniem tych czterech filarów był piąty – cześć bp. Józefa Sebastiana Pelczara do następcy św. Piotra. W tym kontekście metropolita krakowski przywołał związki biskupa przemyskiego ze Stolicą Apostolską – był studentem i prefektem Papieskiego Kolegium Polskiego a także twórcą Papieskiego Hospicjum Polskiego.

Arcybiskup przywołał opis odchodzenia do domu Ojca bp. Józefa Sebastiana Pelczara 28 marca 1924 r. – przyjął Komunię św., pobłogosławił całej swojej owczarni; zmarł wpatrując się w obraz Niepokalanej w trakcie odmawiania litanii o Najświętszym Sercu Jezusa. Metropolita krakowski zakończył cytując słowa Jana Pawła II z homilii kanonizacyjnej bp. Pelczara z 18 maja 2003 r.: „Wynosząc do chwały ołtarzy Józefa Sebastiana, modlę się za jego wstawiennictwem, aby blask jego świętości był dla sióstr sercanek, dla Kościoła w Przemyślu i dla wszystkich wierzących w Polsce i na świecie zachętą do takiego [jak on] umiłowania Chrystusa i Jego Matki”. – To wezwanie św. Jana Pawła II trwa w naszych serca, w naszej pamięci. I każdego dnia tej niełatwej obecnie polskiej wolności widzimy, jak ten apel nieustannie jest aktualny – podkreślił arcybiskup.

W czasie liturgii abp Marek Jędraszewski posługiwał się pastorałem i kielichem św. Józefa Sebastiana Pelczara. Kielich został ofiarowany przez świętego Kapitule Krakowskiej 3 lutego 1899 r., a pastorał jest darem, jaki biskup przemyski otrzymał od uczniów Wydziału Teologicznego Uniwersytetu Jagiellońskiego w dniu, w którym żegnał się z uczelnią.

Mszę św. w katedrze na Wawelu koncelebrował m.in. kard. Stanisław Dziwisz. Siostry sercanki, jako wyraz wdzięczności zgromadzenia ofiarowały do katedry ozdobny ornat z wizerunkiem św. Józefa Sebastiana Pelczara.

Józef Sebastian Pelczar (ur. 17 stycznia 1842 r. w Korczynie, zm. 28 marca 1924 r. w Przemyślu) był biskupem pomocniczym (1899-1900) a później ordynariuszem w Przemyślu (1900-1924); był profesorem a w latach 1882-1883 rektorem Uniwersytetu Jagiellońskiego; był kanonikiem Kapituły Krakowskiej. W 1894 r. założył w Krakowie Zgromadzenie Służebnic Najświętszego Serca Jezusowego.