Podczas ostatniej, jak miało się okazać, pielgrzymki do Polski, w 2002 r., papież „pożegnał się” z drogimi mu miejscami z młodości. Przejechał obok domu przy Tynieckiej, gdzie mieszkał wraz z ojcem po przyjeździe do Krakowa, przed kościołem św. Floriana, gdzie był duszpasterzem młodzieży, ponadto nawiedził grób rodziców, opactwo w Tyńcu i klasztor kamedułów na krakowskich Bielanach. Papieski helikopter przeleciał nad rodzinnymi Wadowicami i ukochanymi Tatrami.

Papież zmarł 2 kwietnia 2005 r. w wieku 84 lat. Śmierć nastąpiła o 21.37. Przy łożu Jana Pawła II umierającego w papieskich apartamentach byli jego najbliżsi współpracownicy m.in.: kard. Stanisław Dziwisz – osobisty sekretarz papieża, ks. prof. Tadeusz Styczeń, jego uczeń z KUL, ks. prałat Mieczysław Mokrzycki i opiekujące się Janem Pawłem II na co dzień siostry sercanki.

Na dwa dni przed śmiercią Jan Paweł II zawierzył Kościół i świat Bożemu Miłosierdziu. W specjalnym telegramie z 31 marca 2005 na uroczystość Bożego Miłosierdzia w Łagiewnikach r., napisał m.in. „Pragnę ponownie zawierzyć tej Miłości Kościół i świat, wszystkich ludzi na całym okręgu ziemi, a także siebie samego w mojej słabości”. Telegram został odczytany w sanktuarium nazajutrz po śmierci papieża, w niedzielę 3 kwietnia.

Pontyfikat 264. następcy św. Piotra trwał 26 lat 5 miesięcy i 16 dni i był trzecim co do długości w historii papiestwa – po św. Piotrze i Piusie IX.