W trzecim dniu wizyty w Ojczyźnie św. Jan Paweł II przybył do Matki Miłosierdzia, którą od dziecięcych lat czcił w kalwaryjskim obrazie. Po dotarciu do sanktuarium, papież modlił się w ciszy przed cudownym obrazem Matki Bożej Kalwaryjskiej. Następnie celebrował Eucharystię i wygłosił homilię, którą zakończył modlitwą zawierzenia Maryi:

Matko Kalwaryjska, spraw, «byśmy byli między sobą jedno, - i z Tobą».
«Przeto, Orędowniczko nasza,
one miłosierne oczy Twoje na nas zwróć,
a Jezusa, błogosławiony owoc żywota Twojego,
po tym wygnaniu nam okaż.
O łaskawa, o litościwa, o słodka Panno Maryjo!»
Wejrzyj, łaskawa Pani, na ten lud,
który od wieków pozostawał wierny Tobie i Synowi Twemu.
Wejrzyj na ten naród,
który zawsze pokładał nadzieję w Twojej matczynej miłości.
Wejrzyj, zwróć na nas swe miłosierne oczy,
wypraszaj to, czego dzieci Twoje najbardziej potrzebują.
Dla ubogich i cierpiących otwieraj serca zamożnych.
Bezrobotnym daj spotkać pracodawcę.
Wyrzucanym na bruk pomóż znaleźć dach nad głową.
Rodzinom daj miłość,
która pozwala przetrwać wszelkie trudności.
Młodym pokazuj drogę i perspektywy na przyszłość.
Dzieci otocz płaszczem swej opieki,
aby nie ulegały zgorszeniu.
Wspólnoty zakonne ożywiaj łaską wiary, nadziei i miłości.
Kapłanów ucz naśladować Twojego Syna
w oddawaniu co dnia życia za owce.
Biskupom upraszaj światło Ducha Świętego,
aby prowadzili ten Kościół jedną i prostą drogą
do bram Królestwa Twojego Syna.
Matko Najświętsza, Pani Kalwaryjska,
wypraszaj także i mnie siły ciała i ducha,
abym wypełnił do końca misję,
którą mi zlecił Zmartwychwstały.
Tobie oddaję wszystkie owoce mego życia i posługi;
Tobie zawierzam losy Kościoła;
Tobie polecam mój naród;
Tobie ufam i Tobie raz jeszcze wyznaję:
Totus Tuus, Maria!
Totus Tuus. Amen.

Na zakończenie liturgii, przed błogosławieństwem, Ojciec Święty dodał:

„Tak oto dobiega końca moje pielgrzymowanie do Polski, do Krakowa. Cieszę się, że to zwieńczenie wizyty dokonuje się właśnie w Kalwarii, u stóp Maryi. Raz jeszcze pragnę zawierzyć jej opiece was tutaj zgromadzonych, Kościół w Polsce i wszystkich rodaków. Niech jej miłość będzie obfitym źródłem łask dla naszego kraju i jego mieszkańców.

Kiedy nawiedzałem to Sanktuarium w roku 1979, prosiłem, abyście się za mnie modlili, za życia mojego i po śmierci. Dziś dziękuję wam i wszystkim kalwaryjskim pielgrzymom za te modlitwy i za duchowe wsparcie, jakiego nieustannie doznaję. I nadal proszę: nie ustawajcie w tej modlitwie, raz jeszcze powtarzam, za życia mojego i po śmierci. Ja zaś, jak zawsze, będę odwzajemniał tę waszą życzliwość, polecając wszystkich Miłosiernemu Chrystusowi i jego Matce.”

Niezapomniana wizyta Papieża Polaka w Polskiej Jerozolimie, miejscu, gdzie przybywał od najmłodszych lat, została zapamiętana, jako Jego duchowy testament dla wszystkich pielgrzymów przybywających do sanktuarium. Do dziś Święty Pielgrzym Kalwaryjski jest wzorem osobistego oddania się Matce Bożej i naśladowania Jej postawy.