W chwili odchodzenia Jana Pawła II do domu Ojca przy papieżu byli kard. Stanisław Dziwisz, kard. Marian Jaworski i kard. Stanisław Ryłko. „Razem, uczestniczyliśmy w ostatniej Mszy św. odprawianej przy łóżku umierającego papieża i zaopatrzeniu go wiatykiem na drogę do wieczności. Razem w chwili śmierci odśpiewaliśmy wspólnie Te Deum laudamus” - wspominał były papieski sekretarz, który dodał też pewien szczegół: „To kard. Stanisław Ryłko w tej wyjątkowej chwili zatrzymał zegar w pokoju zmarłego św. Jana Pawła II na godzinie 21:37” (ten szczególny zegar z watykańskich apartamentów papieskich można dziś oglądać w Muzeum Dom Rodzinny Ojca Świętego Jana Pawła II w Wadowicach).

Całe kapłańskie życie ks. Stanisława Ryłko przebiegało w cieniu Karola Wojtyły - Jana Pawła II. W 1969 roku z rąk kard. Wojtyły ks. Ryłko przyjął święcenia kapłańskie, później za sugestią metropolity wyjechał na specjalistyczne studia do Rzymu, uwieńczone doktoratem z dziedziny nauk społecznych na Papieskim Uniwersytecie Gregoriańskim. Już za pontyfikatu Jana Pawła II, pełnił obowiązki kierownika sekcji młodzieżowej w Papieskiej Radzie ds. Świeckich, kładąc ogromne zasługi w organizację pierwszych Światowych Dni Młodzieży, jakie miały miejsce w Santiago de Compostela, w Częstochowie oraz w Denver. Później, już jako biskup, został kolejno sekretarzem, a później prefektem Papieskiej Rady ds. Świeckich, która zajmowała się m.in. organizacją Światowych Dni Młodzieży. Pełnił tę funkcję do roku 2016 przyczyniając się w wymierny sposób do organizacji ŚDM w Krakowie.