Na początku Mszy św. prowincjał pallotynów ks. Waldemar Pawlik SAC przypomniał historię tworzenia się ośrodka duszpasterskiego przy Bulwarowej w Krakowie i zaproszenie, jakie do pallotynów wystosował w 1999 r. kard. Franciszek Macharski. „W tym geście szczególnej życzliwości i zaufania ze strony waszej eminencji ziszczają się pragnienia wielu pokoleń synów św. Wincentego Pallottiego, którzy od początku swojej historii na ziemiach polskich, od 1909 roku, pragnęli odtworzyć dom w dostojnej Archidiecezji Krakowskiej” – zacytował odpowiedź ówczesnego prowincjała pallotynów Warszawskiej Prowincji Chrystusa Króla.

W czasie homilii abp Marek Jędraszewski odniósł do Maryi błogosławieństwa wygłoszone przez Jezusa w czasie kazania na górze. Nazwał ją „ubogą w duchu”, co potwierdziła w czasie zwiastowania mówiąc o sobie „służebnica Pańska”. Zaznaczył, że Maryi nie były obce smutki i niepokoje, które zarówno przeżywała we własnym sercu, jak i potrafiła odczytywać je w przeżyciach innych ludzi, dlatego można ją zaliczyć do grona „błogosławionych, którzy się smucą”. Była „cicha i pokornego serca”, bo przez 30 lat żyła w cichości w Nazarecie. „Pragnęła sprawiedliwości” rozważając Boże prawdy w swoim sercu. Jako Matka Kościoła była też „miłosierna”. „Błogosławiona czystego serca”, bo przez Archanioła Gabriela została pozdrowiona jako „pełna łaski”. „Błogosławiona wprowadzająca pokój”, bo dała światu Księcia pokoju. „Cierpiała dla sprawiedliwości” będąc z Jezusem pod krzyżem.

Metropolita krakowski zauważył, że Jezusowe błogosławieństwa kończą się szczególnym stwierdzeniem: „Cieszcie się i radujcie, albowiem wasza nagroda wielka jest w niebie”. I te słowa wypełniły się na Maryi – była pierwszą, która otrzymała tę wielką nagrodę. Spełniła się także zapowiedź wyśpiewana przez Nią w Magnificat: „Oto błogosławić mnie będą odtąd wszystkie pokolenia, gdyż wielkie rzeczy uczyni mi Wszechmocny”.

Arcybiskup wskazał na słowa św. Pawła, który odwoływał się do doświadczenia Chrystusa – z jednej strony prześladowań i upokorzeń przez ludzi, a z drugiej – wielkiego pocieszenia i siły od Boga. To zachęta do wszystkich chrześcijan, aby nie tracili nadziei wobec trudności wynikających z wiary w Chrystusa. Metropolita zwrócił uwagę także na szczególne pocieszenie, jakiego dostąpił św. Jan, gdy z krzyża Jezus powiedział do Maryi: „Oto syn Twój” a do ucznia: „Oto Matka twoja”. – Został przez Jezusa w tym tragicznym dla siebie momencie pocieszony, bo otrzymał Matkę Zbawiciela świata, otrzymał Tę, która wtedy, w godzinie męki i śmierci Jezusa niosła jako jedyna całą nadzieją Kościoła, bo wszyscy zwątpili, Ona jedynie głęboko wierzyła, że stanie się tak, jak Jezus trzykrotnie zapowiedział, trzeciego dnia zmartwychwstanie, trzeciego dnia zatriumfuje nad grzechem, śmiercią i szatanem – mówił arcybiskup zaznaczając, że to Jan był pierwszym, który po ujrzeniu pustego grobu uwierzył w zmartwychwstałego Jezusa, a później tą wiarą dzielił się z pierwszymi chrześcijanami umacniając ich zwłaszcza w czasie prześladowań za czasów cesarza Domicjana. A później przyszło kolejne pocieszenie, gdy na wyspie Patmos ujrzał triumf Chrystusa i Jego Matki, jako Niewiasty obleczonej w słońce. 

Metropolita zauważył, że ta wizja zwycięskiej Maryi przedstawiona jest na wizerunku Matki Bożej Pocieszenia czczonym w kościele na Bulwarowej. Maryja ma ręce splecione do modlitwy za świat, na który patrzy z góry. A napis „Matko Pocieszna wspomóż nas grzesnych” odsyła do pociechy sięgającej samej wieczności, czyli spraw najważniejszych i ostatecznych – jako Matka Bożego Syna zwycięża zło i pokazuje, jak człowiek powinien to zło zwyciężać.

Odwołując się do 85. rocznicy wybuchu II wojny światowej arcybiskup zauważył, że wówczas też szukano pociechy u Boga uciekając się do Matki Bożej. W tym kontekście przywołał trzy postacie, które pokazały, jak wierzyć w trudnych czasach i jak pociechę w Bogu przez wstawiennictwo Maryi odnajdować: św. Maksymiliana Marię Kolbego, błogosławioną Rodzinę Ulmów, rotmistrza Witolda Pileckiego. – Nasi ojcowie czerpali siłę z wiary w Boga, Ojca miłosierdzia i wszelkiej pociechy za przyczyną Matki Bożej – mówił metropolita.

Przypomniał, że historia parafii na Bulwarowej ściśle związana jest z historią Nowej Huty i obroną krzyża. Zauważył, że aktualnie w Polsce trwa podobna walka w obronie chrześcijańskich wartości, bo władza chce zredukować obecność lekcji religii w szkole i wprowadzić aborcję na życzenie. – Gdzie my jesteśmy? Co my czynimy? Z sobą, z narodem, z nadzieją, z miłością do Boga i miłością do drugiego człowieka? Co my chcemy uczynić z siebie? – pytał metropolita krakowski zachęcając, by – zwłaszcza w takich okolicznościach – uciekać się pod obronę Matki Bożej, „aby za Jej przyczyną, mogła po raz kolejny w dziejach naszego narodu, naszego Kościoła, objawić się prawda o Bogu Błogosławionym, Ojcu Miłosierdzia, Bogu wszelkiej pociechy, o tym który nas pociesza w każdym naszym utrapieniu”.

Proboszcz parafii Matki Bożej Pocieszenia ks. Krzysztof Wojda SAC podziękował budowniczym kościoła i twórcom parafii; wszystkim, którzy tworzą „żywy Kościół” modląc się w świątyni i kształtując w tym miejscu swoją wiarę i odpowiedzialność za Kościół, a arcybiskupowi za modlitwę i wygłoszone słowo Boże. Liturgia zakończyła się dziękczynnym Te Deum i uroczystą procesją eucharystyczną.

29 sierpnia 1999 r. kard. Franciszek Macharski w czasie odpustu ku czci Matki Bożej Pocieszenia poświęcił kaplicę przy ul. Bulwarowej dając w ten sposób początek nowej parafii, która została powierzona duszpasterskiej posłudze Stowarzyszeniu Apostolstwa Katolickiego, księżom pallotynom. Pierwszym proboszczem został ks. Józef Gwozdowski SAC, wikariuszami ks. Marek Ostapiszyn SAC i ks. Jacek Wróbel SAC. Do parafii przynależą os. Sportowe, os. Zielone, os. Krakowiaków od nr. 14 -42 i 45-48, oraz ul. Odmogile, Bulwarowa i Stadionowa.