Abp Franciszek Macharski kontynuował dzieło swojego poprzednika kard. Karola Wojtyły i podobnie jak Jan Paweł II zawsze starał się być blisko człowieka - zwłaszcza chorego, cierpiącego, potrzebującego duchowej i materialnej pomocy. Jego biskupim zawołaniem stały się słowa: "Jezu ufam Tobie". Sakrę biskupią ks. Franciszek Macharski przyjął z rąk Ojca Świętego Jana Pawła II w Bazylice św. Piotra 6 stycznia 1979 roku. Współkonsekratorami byli biskupi pomocniczy Archidiecezji Krakowskiej: bp Julian Groblicki i bp Stanisław Smoleński.

Po zakończeniu ceremonii w bazylice Jan Paweł II wręczył nowemu metropolicie krakowskiemu krzyż pektoralny kardynała Adama Sapiehy, który otrzymał go od papieża Piusa X a Arcybiskup Krakowski Karol Wojtyła nosił przez czternaście lat swojej posługi w Krakowie. "To należy do arcybiskupa krakowskiego" - powiedział Jan Paweł II.

Uroczysty ingres do katedry wawelskiej abp Franciszka Macharskiego odbył się 28 stycznia 1979 roku. 29 czerwca tego samego roku Jan Paweł II mianował go kardynałem i przydzielił kościół tytularny S. Giovanni a Porta Latina.

W 2002, w związku z ukończeniem 75 lat, zgodnie z Kodeksem Prawa Kanonicznego oddał się do dyspozycji papieża, jednakże Jan Paweł II zlecił mu dalsze sprawowanie urzędu Arcybiskupa Krakowskiego. 3 czerwca 2005 papież Benedykt XVI przyjął jego rezygnację. Do 27 czerwca 2005 pełnił funkcję administratora Archidiecezji. Po ustąpieniu z urzędu zamieszkał w klasztorze sióstr albertynek w Krakowie.