Metropolita krakowski zauważył, że w pontyfikat Jana Pawła II wpisanych jest pięć okien. Pierwsze z nich znajduje się w Pałacu Apostolskim na Placu św. Piotra w Rzymie. Papież wychylił się z niego, aby porozmawiać z młodymi 22 października 1978 roku po zakończeniu Mszy św. inaugurującej jego pontyfikat. Powiedział wtedy do zgromadzonej pod oknem młodzieży, że są nadzieją dla niego i dla Kościoła. – Pamiętamy jego ostatnie pochylenie się z wysokości tego okna w Wielkanoc 2005 roku. To były ostatnie dni jego życia. Nie mógł mówić. Tylko błogosławił. Ten gest pozostał w naszej pełnej emocji i wzruszeń pamięci.

Drugie okno mieści się w Pałacu Apostolskim w Castel Gandolfo, z którego Ojciec Święty spotykał się podczas wakacji z wiernymi. Trzecie okno mówi o jego cierpieniu. Znajduje się w poliklinice Gemelli w Rzymie. Czwarte usytuowane jest przy Franciszkańskiej 3 w Krakowie. – Papież pojawił się w nim już podczas swojej pierwszej pielgrzymki do kraju w 1979 roku. Tutaj prowadził, pełne humoru i radości, rozśpiewane dialogi z młodymi.

Piąte okno odsłonił dla naszej wiary kardynał Ratzinger, kiedy podczas pogrzebu papieża mówił: „Możemy być pewni, że nasz ukochany papież stoi teraz w oknie Domu Ojca, patrzy na nas i nam błogosławi”.

W oknie papieskim widnieje mozaika przedstawiająca papieża w białych szatach. Na górze i na dole, znajdują się kwiaty, które nawiązują do tych, jakie Matka Boża Kalwaryjska ma na swojej szacie. Autorką mozaiki jest Magdalena Czeska.