Na początku Eucharystii głos zabrał proboszcz parafii, ks. Piotr Grotowski, który wyraził swą wdzięczność za obecność metropolity i poprosił go o przewodniczenie wspólnej modlitwie.

W homilii arcybiskup zauważył, że prawdę o miłosiernym Bogu Chrystus wyraził w trzech przypowieściach: o zagubionej owcy, odnalezionej drachmie i marnotrawnym synu. Prawda o miłosierdziu Bożym została potwierdzona w dwóch pierwszych czytaniach liturgii słowa. Naród izraelski sprzeniewierzył się Bogu, odlewając złotego cielca z metalu. Zagniewany Bóg chciał unicestwić swój lud lecz dzięki modlitwie wstawienniczej Mojżesza, Stwórca okazał swe miłosierdzie. Św. Paweł dostąpił miłosierdzia i nawrócił się, stając się nauczycielem pogan. Apostoł wyraża swe dziękczynienie Bogu słowami: „Królowi wieków nieśmiertelnemu, niewidzialnemu, Bogu samemu – cześć i chwała na wieki wieków!”.

Chrystus w swojej przypowieści prezentuje radość nieba z powrotu grzesznika do Ojca. Mówił: „Radość powstaje u aniołów Bożych z jednego grzesznika, który się nawraca”. Stwórcy zależy na zbawieniu każdego człowieka, dlatego dał światu Swego Syna. – By taka radość z grzesznika mogła zaistnieć potrzebne jest nawrócenie i moc wiary, która pozwala rzucić dotychczasowe niedobre życie i wrócić do Ojca – powiedział metropolita.

Zauważył, że symbolem tego nawrócenia było wydarzenie „Polska pod krzyżem”. Przywołał słowa bp Wiesława Alojzego Meringa, który powiedział: „Polacy pokazali podczas tego spotkania, że jest jeden ratunek dla ojczyzny, Europy, ale też poszczególnego człowieka, a mianowicie powrót pod krzyż Jezusa Chrystusa (…). Wierni coraz częściej zdają sobie sprawę, że nie ma innej drogi do pojednania, przebaczenia, skończenia z kłamstwem i z nienawiścią niż ta, która prowadzi przez krzyż”. Metropolita krakowski stwierdził, że droga chrześcijan, która trwa z pokolenia na pokolenie to powrót do Ojca, poprzez zbliżenie się do krzyża. Ostatnie wydarzenia pokazują, że w Polakach tkwi przekonanie, że tylko w krzyżu znajduje się nadzieja, zbawienie i dzięki niemu jest możliwa odnowa serc.

Podążając do krzyża naśladuje się świętych, tę drogę wyznaczyła Maryja. 15 września zwyczajowo obchodzi się Święto Matki Boskiej Bolesnej, które przypomina prawdę wyrażoną przez Symeona: „Oto Ten przeznaczony jest na upadek i na powstanie wielu w Izraelu, i na znak, któremu sprzeciwiać się będą. A Twoją duszę miecz przeniknie, aby na jaw wyszły zamysły serc wielu”. – Tam pod krzyżem Maryja doświadczała w sposób najbardziej głęboki co to znaczy, że jej Syn jest znakiem sprzeciwu dla świata nienawiści, kłamstwa, obelg i szyderstw – powiedział arcybiskup. Maryja wchodząc w tajemnicę zbawienia przeżyła ogromne cierpienie, ale mimo wszystko trwała przy krzyżu, dając tym samym świadectwo swej matczynej bliskości, solidarności z Jezusem i wyrażając sprzeciw wobec nienawiści i złości, dotykającej Chrystusa. – Trwając pod krzyżem łączyła swe modlitwy z modlitwami Jezusa, które wyrażały prośbę o przebaczenie dla oprawców. W ten sposób stała się Matką Miłosierdzia – powiedział metropolita.

Przywołał postać św. Stefana, który przysłużył się do chrystianizacji Węgier. Z nim łączy się korona, która została mu podarowana przez papieża. Jest ona symbolem trwałości państwa, tradycji chrześcijańskiej, wpisanym w konstytucję kraju. Według podań, św. Stefan przed śmiercią podarował tę koronę Matce Najświętszej, aby opiekowała się Węgrami. Owa korona jest zwieńczona krzyżem, która wskazuje na chrześcijański charakter nardu Węgierskiego. Zarówno Węgry jak i Polskę nazywano „przedmurzem chrześcijaństwa”.

Arcybiskup przypomniał wizytę Karola Wojtyły w Lipnicy Małej podczas wizytacji biskupiej w 1970 r. Jan Paweł II w swoim zawołaniu „Totus Tuus”, „Cały Twój, Maryjo” prosił Matkę Bożą, by prowadziła go do Swego Syna i Jego krzyża. Papież głosił na całym świecie prawdę o Chrystusie – odkupicielu człowieka, który na krzyżu oddał swe życie za ludzi. Maryja spełniła jego pragnienie, w Wielki Piątek na osiem dni przed śmiercią Ojciec Święty tulił się do krzyża. – To najbardziej przejmująca lekcja, jaką nam dał. Nauka, w którą musimy się wsłuchiwać, przyjmować nią i według niej żyć, aby w krzyżu naszego Pana Jezusa Chrystusa odnajdować to wszystko, co daje nam nadzieję życia wiecznego – powiedział metropolita.

Zauważył, że stulecie parafii wpisuje się w historię przodków, którzy żyli wiarą i przekazali ja swoim dzieciom. Należy za nich dziękować Bogu. – Niech prawda o Bogu bogatym  w miłosierdzie, tak pięknie przedstawiona w mszalnych czytaniach będzie dla was natchnieniem, by pójść z radością i głęboką wiarą w dalszą historię waszej parafii – zakończył arcybiskup.

Na zakończenie Mszy św. górale podziękowali metropolicie za obecność, modlitwę i poświęcenie kaplicy. Podarowali mu także oznaczenie biskupa z elementami orawskiej kultury . Metropolita poświęcił tablicę, która jest pamiątkę uroczystości i wręczył nagrody laureatom konkursu „Św. Stefan – patron naszej parafii”. Podziękował proboszczowi za zorganizowanie uroczystości i wyraził swą radość, że mógł być obecny w tym dniu w Lipnicy i wdzięczność za wręczony prezent – mitrę z ornamentyką orawską. Życzył, by Bóg wszystkim błogosławił i dawał siłę, aby byli znakiem sprzeciwu dla świata. Na zakończenie uroczystości arcybiskup poświęcił tablicę pamiątkową ufundowaną przez parafian, jako wyraz wdzięczności dla wieloletniego proboszcza ks. Adama Leśniaka za pełną troski i oddania posługę pasterską oraz umiłowanie orawskiej ziemi.

Parafia w Lipnicy Małej została erygowana w 1919 roku przez Biskupa Spiskiej Kapituły, jej ówczesnym administratorem był ks. Marcin Jabłoński. Decyzję o wybudowaniu nowego kościoła podjęto w 1931 roku. Został wybudowany na podstawie projektu Franciszka Mączyńskiego. Nowy budynek poświęcił w 1942 roku delegat biskupa ks. Józef Slanicay. Kolejne lata wiązały się z rozbudową kościoła i troską proboszczów o rozwój parafii. W 2003 roku do Lipnicy Małej sprowadzono relikwie św. Stefana, który jest jego patronem. 21 maja 2016 roku bp Jan Szkodoń dokonał konsekracji rozbudowanej świątyni. Obecnym proboszczem parafii jest ks. Piotr Grotowski.