Na początku homilii abp Marek Jędraszewski podkreślił, że Msza Krzyżma jest szczególnym spotkaniem prezbiterium Archidiecezji Krakowskiej, a w tym roku naznaczonym postacią św. Jana Pawła II. Arcybiskup podziękował wszystkim kapłanom broniącym w ostatnich tygodniach papieża Polaka. – Dziękuję, żeście byli do końca wierni i nie ulegliście tym sączonym kłamstwom, pomówieniom, które chciały wtargnąć w dusze polskiego narodu, ale zwłaszcza w dusze kapłańskie – mówił metropolita krakowski. Podziękował także młodzieży, która dała świadectwo, że „młody Kościół nie dał się złamać ani pokonać kłamstwu”. Wskazał na jedność z kapłanami, którzy nie przybyli do papieskiego sanktuarium ze względu na swoje dolegliwości czy duszpasterskie obowiązki, ale także z tymi, którzy mogli być, ale nie przyszli. Z wdzięcznością wspominał zmarłych kapłanów.

Arcybiskup przywołał fragmenty Listu Jana Pawła II do kapłanów z 13 marca 2005 r. Ojciec Święty zwrócił w nim uwagę na słowa ustanowienia Eucharystii, które zawierają wskazania dla duchowości kapłańskiej – rozważając słowa konsekracji wskazywał na siedem poziomów istnienia kapłańskiego.

„Istnienie głęboko «wdzięczne»” – dziękczynienie powinno kształtować życia kapłana. „Istnienie «darowane»” – kapłan powinien uczynić z siebie dar, oddając się do dyspozycji wspólnoty, co powinno się przejawiać w posłuszeństwie Chrystusowi i Kościołowi. „Istnienie «zbawione» dla zbawiania” – kapłan powinien czynić postępy na drodze do świętości, a w jego posłudze potrzebny jest misjonarski zapał. „Istnienie «wspominające»” – kapłan powinien być człowiekiem „wiernego wspomnienia Chrystusa” na przekór światu, który próbuje wyrwać człowieka z korzeni chrześcijańskich. „Istnienie «konsekrowane»”, z którego wynika bardzo wymagający sakralny charakter życia kapłańskiego, a świętość powinna być widoczna w sposobie celebrowania. „Istnienie ukierunkowane na Chrystusa” – oczekiwanie na spotkanie z Chrystusem powinno nadawać kierunek pasterskiej posługi kapłanów – „ludzie mają prawo zwracać się do kapłanów w nadziei, że «zobaczą» w nich Chrystusa”. – Tylko kapłan, w którym nadzieja zwycięża wszystkie trudności i przenika go radosnym pokojem, tylko taki kapłan jest w stanie pociągnąć innych do Chrystusa – komentował abp Marek Jędraszewski. „Istnienie «eucharystyczne» w szkole Maryi” – Matka Boże może pomóc kapłanom rozmiłować się w wielkości tajemnicy eucharystycznej.

– Starajcie się swoje istnienie kapłańskie przenikać tymi siedmioma, o których pisze św. Jan Paweł II, aby wzmacniać się w wierze niezbędnej do kapłańskiej posługi, aby innym głosić wiarę w zbawienie. Abyśmy naszym wiernym, niekiedy skromnym, czasem przenikniętym cierpieniem, życiem kapłańskim świadczyli wobec wszystkich: zbliża się każdego dnia Królestwo Boże – zakończył arcybiskup.

Przedstawiciele młodzieży złożyli życzenia kapłanom i biskupom obecnym w sanktuarium i metropolicie zaznaczając, że w tym roku będzie obchodził złoty jubileusz swoich święceń. Kanclerz kurii metropolitalnej zwrócił uwagę na związek kapłanów Archidiecezji Krakowskiej z Janem Pawłem II i określił go jako „kryterium jedności i spójności”. – Wraz z modlitwą i życzeniami na dzisiejszy świąteczny dzień niesiemy zobowiązanie, że to kryterium będzie dla każdego z nas istotne w budowaniu jedności i spójności między kapłanami, a ta jedność i spójność stanie się narzędziem ewangelizacji, wbrew tym wszystkim, którzy ku uciesze świata chcieliby nas podzielić, rozłączyć, a my jeszcze bardziej będziemy jedno – mówił ks. Grzegorz Kotala.