Uroczystą Mszę św. w papieskim sanktuarium, razem z metropolitą krakowskim, koncelebrowali bp Roman Pindel – ordynariusz bielsko-żywiecki, bp Jan Piotrowski – ordynariusz kielecki i bp Janusz Mastalski – krakowski biskup pomocniczy.

W czasie homilii abp Marek Jędraszewski przytoczył fragment opisu Bożego narodzenia, który przygotował Jean-Paul Sartre pisząc „jasełka” dla francuskich jeńców wojennych. Wyłaniający się z tych rozważań zachwyt Maryi nad Bogiem-człowiekiem metropolita krakowski nazwał paradoksem, bo jak człowiek, który ogłosił się czołowym ateistą połowy XX wieku mógł napisać taki tekst – z jednej strony bardzo realistyczny, a z drugiej głęboko przeniknięty myślą teologiczną. – To tajemnica obecności Chrystusa pośród nas – mówił arcybiskup.

W liturgii był odczytywany fragment Ewangelii wg św. Marka opisujący dialog Apostołów z Jezusem, który modlił się na miejscu pustynnym. Gdy uczniowie go znaleźli, powiedzieli: „Wszyscy Cię szukają”. Metropolita zwrócił uwagę, że dziś bardzo aktualne jest pytanie stawiane przez Jezusa: „Czy Syn Człowieczy znajdzie wiarę na ziemi, gdy przyjdzie?”. – Dzisiaj, po wiekach, można odnieść wrażenie, że bardzo mało jest tych, o których można by powiedzieć: szukają Cię, chcą być z Tobą, chcą Ciebie słuchać i słyszeć – mówił arcybiskup.

W tym kontekście przywoływał fragmenty adhortacji Jana Pawła II Ecclesia in Europa, w których Ojciec Święty pisał, że aktualne czasy to „okres zagubienia”, a ludzie – także chrześcijanie – są „zdezorientowani, niepewni, pozbawieni nadziei”, „nie potrafią już łączyć ewangelicznego przesłania z codziennym doświadczeniem”.

„Wzrasta trudność przeżywania osobistej wiary w Jezusa w takim kontekście społecznym i kulturowym, w którym chrześcijańska koncepcja życia jest stale wystawiana na próbę i zagrożona; w wielu sferach publicznych łatwiej jest deklarować się jako agnostycy, niż jako wierzący; odnosi się wrażenie, że niewiara jest czymś naturalnym, podczas gdy wiara wymaga uwierzytelnienia społecznego, które nie jest ani oczywiste, ani przewidywalne” – pisał Jan Paweł II.

Metropolita krakowski zaznaczył, że w takich okolicznościach szczególne miejsce przypada teologom i filozofom chrześcijańskim. – Spoczywa na was szczególne zadanie naśladowania Chrystusa – prawdy odwiecznej, jedynej; Tego, który nas do końca umiłował. Spoczywa na was zadanie głębokiej modlitwy, abyście nią umocnieni mogli z mocą wiary głosić ludziom Jezusa Chrystusa; aby dzięki waszej służbie myślenia można było powiedzieć o wielu współczesnych Polakach i Europejczykach: tak wielu jeszcze szuka Chrystusa, dla tak wielu On ciągle jest alfą i omegą, początkiem i końcem, prawdą, życiem i drogą prowadzącą do Ojca – mówił arcybiskup zwracając się do nowych doktorów UPJPII i odwołując się do myśli Jana Pawła II z encykliki Fides et ratio.

Po liturgii nadano tytuł doktora honoris causa Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II cenionej watykanistce Valentinie Alazraki Crastich oraz wręczono dyplomy nowym doktorom i profesorom krakowskiej papieskiej uczelni.