Przewodniczącym Rady Fundacji został ks. Paweł Ptasznik – rektor Kościoła św. Stanisława Biskupa Męczennika w Rzymie, a nowymi członkami Rady: ks. Sławomir Oder – postulator procesów beatyfikacyjnych Jana Pawła II oraz Emilii i Karola Wojtyłów, ks. Michał Wilkosz – rektor Polskiej Misji Katolickiej w Niemczech, ks. Tomasz Szopa – rektor Sanktuarium Świętego Jana Pawła II w Krakowie, Henryk Rogowski – były prezes Federacji Polonii Francuskiej, mecenas Marek Markiewicz, Bogdan Chmielewski – dyrektor Polsko-Słowiańskiej Federalnej Unii Kredytowej, Wojciech Halarewicz – wiceprezes Mazda Motor Europe. Członkiem Rady jest również Ksiądz Kardynał Stanisław Dziwisz, wieloletni sekretarz św. Jana Pawła II, świadek świętości życia największego z Polaków.

Zgodnie ze statutem Fundacji św. Jana Pawła II w Rzymie jej członkowie zostali mianowani na czteroletnią kadencję. Abp Marek Jędraszewski w listach nominacyjnych wyraził nadzieję, że fundacja „owocnie zatroszczy się o zachowanie, rozwój i promocję spuścizny duchowej, intelektualnej i kulturalnej Świętego Jana Pawła II oraz o realizację właściwych jej zadań charytatywnych”.

W czasie Eucharystii sprawowanej we czwartek przy relikwiach św. Jana Pawła II w Bazylice Watykańskiej metropolita krakowski zauważył, że dzisiejszy świat neguje wielkie nauczanie papieża Polaka o Chrystusie i człowieku. Zaznaczył, że fundacja jest odpowiedzialna za to, by wypełniać i strzec wielkiego dziedzictwa Ojca Świętego. Należy to czynić nie po to, by żyć przeszłością i historią, ale by pokazywać, jak jest ono ważne, aktualne i potrzebne współczesnemu światu.

Fundacja Jana Pawła II została ustanowiona dekretem papieskim 16 października 1981 r. Jest to organizacja kościelna, non profit, która stawia sobie za cel popieranie i realizację inicjatyw o charakterze edukacyjnym, naukowym, kulturalnym, religijnym i charytatywnym, związanych z pontyfikatem Ojca Świętego Jana Pawła II. Oficjalna siedziba fundacji mieści się w Watykanie.

Fundacja prowadzi m.in.: program stypendialny dla młodzieży z krajów dawnych republik Związku Radzieckiego oraz Europy Wschodniej (nie należących do Unii Europejskiej); Dom Fundacji Jana Pawła II w Rzymie, który służy pielgrzymom z całego świata i muzeum, które zgromadziło 10 tysięcy darów, jakie pielgrzymi ofiarowali Janowi Pawłowi II; Ośrodek Dokumentacji i Studium Pontyfikatu Jana Pawła II, który zajmuje się zabezpieczeniem dokumentów dotyczących pontyfikatu Jana Pawła II i dba o przekazanie jego dziedzictwa przyszłym pokoleniom; stypendia naukowe dla osób przybywających do Rzymu, by prowadzić badania związane z nauczaniem Jana Pawła II.

Zgodnie z zapisami statutowymi władzę zwierzchnią nad Fundacją Jana Pawła II sprawuje każdorazowy arcybiskup metropolita krakowski.