Uroczystej Eucharystii w razylice Franciszkanów przewodniczył metropolita krakowski kard. Stanisław Dziwisz, okolicznościowe kazanie wygłosił natomiast o. prof. Wiesław Bar - wicepostulator w procesie beatyfikacyjnym misjonarzy. W swojej homilii franciszkanin podkreślał, że obaj błogosławieni długo zabiegali o możliwość wyjazdu na misje, propozycję wyjazdu do Peru przyjęli więc bez wahania. Przypomniał też, że Pariacoto, do którego udali się przyszli męczennicy z powodu trzęsienia ziemi nie posiadało stałego kapłana od blisko 20 lat, posługi duszpasterskiej potrzebowało tam więc aż 300 parafii. - Udali się do milionowej diecezji, gdzie na niwie Pańskiej pracowało 90 osób łącznie z zakonnicami, kapłanów niespełna 20 - mówił zakonnik.

Jak dodał franciszkanin, Pariacoto przyjęło misjonarzy z wielką radością, przytaczał też świadectwa mieszkańców diecezji o niezwyklej sile wiary i miłości polskich zakonników. - Coraz większe zaufanie do tych przybyszów z Europy objawiało się w tym, że łatwo dotarli do rodzin i rozpoczęli ich katechizację. Ojciec Zbigniew zaczynał od grupy kilkunastu dzieci na Mszy świętej, a przed śmiercią było ich ponad 200, grupy katechetyczne rosły jak grzyby po deszczu, ponad czterokrotnie w ciągu jednego roku  -  opowiadał o. Bar.

Zdaniem zakonnika, polscy misjonarze w Peru wszystkich traktowali jednakowo, ze wszystkimi żyli w braterstwie, również z tymi, którzy ich nie akceptowali.  Wspominał  też, że chętnie troszczyli się o sprawy społeczne i socjalne, w wirze pracy nie zatracili jednak istoty misyjnego powołania. Przypominał też,  że obaj franciszkanie mieli świadomość  grożącego im niebezpieczeństwa. Ojciec Michał sam był świadkiem zamachu terrorystycznego, jako dobrzy pasterze przy swoich owcach wytrwali jednak do końca. - Weszli do Pariacoto już zagrożonego terrorem jak Chrystus do Jerozolimy, by przejść razem z nim, i Niedzielę Palmową, i Wielki Piątek, by wreszcie dojść do chwały. Weszli do Pariacoto, by naśladować Chrystusa, oddać się służbie znękanych i porzuconych, by nauczyć ich w jaki sposób życiu nadawać wartość - mówił franciszkanin.

Słowo do zebranych, poprzez obecnego na uroczystości  ks. Zbigniewa Krasa, skierował również Prezydent RP - Andrzej Duda, który przypominał, że to właśnie w Krakowie obaj franciszkanie przygotowywali się do kapłaństwa. - Działo się to w latach 80-tych, kiedy ulice bywały miejscem burzliwych starć opozycyjnej młodzieży z siłami milicji i służby bezpieczeństwa. Trudno nie dostrzec symboliki w tym, że dwaj kapłani wyrośli w czasach solidarności i pokojowych zmagań z reżimem komunistycznym. Na drugim końcu świata zginęli z rąk terrorystów walczących w imię tej samej antychrześcijańskiej i antyludzkiej ideologii - pisał Andrzej Duda

Jak dodał prezydent, obaj zakonnicy dali  świadectwo  wierności Bogu i ludziom, których nie opuścili mimo żądań i gróźb prześladowców. Wyraził też nadzieję, że już na zawsze pozostaną przykładem czynnej miłości bliźniego, która niezłomnie sprzeciwia się złu i nie cofa się nawet przed najwyższą ofiarą.

Na koniec głos  zabrał również  Ambasador Peru w Polsce - Alberto Salas-Barahona, który podkreślał, że sama obecność na uroczystości to dla niego wielki zaszczyt, zapewniał też o miłości jaką Peruwiańczycy darzą polskich błogosławionych.

- Jesteśmy pewni, że ich świadectwo i męczeństwo przyczyniło się do  wyzwolenia Peru z terroryzmu. 13 lat terroryzmu w naszym kraju przyniosło 70 tys. ofiar. Nie ma w Peru człowieka, który w tym czasie nie straciłby jakiegoś krewnego, w tym również ja  - mówił ambasador.

Jak przekonywał, ofiara polskich męczenników pomogła  jego rodakom wzrastać w wierze i pozostać przy Kościele i Chrystusie. Ta wiara - mówił dyplomata - pomogła też zjednoczyć się całemu narodowi peruwiańskiemu. Męczeństwo franciszkanów przyniosło więc wiele owoców. Jednym z nich są relacje jakie dziś łączą Polskę i Peru. - Mamy te same barwy  narodowe i nie jest to przypadek ale przeznaczenie, Boża Opatrzność. Niech to przesłanie pomoże nam w budowaniu pokoju, współpracy i wzajemnej pomocy i trwaniu jako wielka wspólnota ludzi wierzących - apelował ambasador.

W uroczystej koncelebrze wzięło udział niemal całe krakowskie prezbiterium w tym m.in. biskupi Jan Zając i Jan Szkodoń. Podczas liturgii po raz pierwszy wykonano  też Mszę o Męczennikach, skomponowaną przez krakowskiego kompozytora i dyrygenta Piotra Pałkę, zaprezentowano też teledysk do hymnu beatyfikacyjnego "Świadkowie nadziei" autorstwa Włodziemierza Czwartosza. Po Eucharystii w klasztorze franciszkanów otwarto natomiast Kaplicę Relikwii Męczenników z Pariacoto. Można w niej zobaczyć m.in. zakrwawione ubrania, w których w roku 1991 misjonarze ponieśli śmierć męczeńską, pamiątki, które przekazały zakonowi ich rodziny, a także usłyszeć głos błogosławionych zarejestrowany przed ich wyjazdem na misje.

O. Zbigniew Strzałkowski i o. Michał Tomaszek zginęli 9 sierpnia 1991 z rąk komunistycznego ugrupowania „Świetlisty Szlak”. 5 lat później rozpoczął się ich proces beatyfikacyjny, do roku 2002 toczył się na szczeblu diecezjalnym w Krakowie, Chimbote i Bergamo. 3 lutego 2014 r. Papież Franciszek promulgował dekret o męczeństwie polskich misjonarzy.