Rektorzy UPJPII ks. prof. dr hab. Wojciech Zyzak i rektor Akademii Muzycznej w Krakowie prof. dr hab. Zdzisław Łapiński wystosowali list do Benedykta XVI, prosząc o uczynienie zaszczytu przyjęcia tytułów doktora honorowego obu uczelni. List popierający starania uczelni napisał także kard. Stanisław Dziwisz – wielki kanclerz UPJPII. Na początku lutego przyszła odpowiedź od papieża emeryta, który napisał, czyniąc tym samym wyjątek od przyjętej zasady nieprzyjmowania żadnych wyróżnień odkąd wszedł w klimat ciszy i ukrycia: „Jednak propozycja przedstawiona mi przez Akademię Muzyczną w Krakowie i Uniwersytet Papieski Jana Pawła II w Krakowie to prawdziwy wyjątek. Jestem świadomy, że moje niewielkie teksty odnośnie Muzyki Kościelnej nie zasługują na takie wyróżnienie. Jednak radość, że mogę w ten sposób na nowo stanąć blisko czcigodnej i umiłowanej osoby Świętego Jana Pawła II jest tak wielka, że nie mogę powiedzieć NIE w sprawie tego wyróżnienia. Przyjmuję zatem z wdzięcznością i radością doktorat honoris causa ze strony Waszych szanownych instytucji”.

Senaty obu uczelni poprzez swoją decyzję pragną docenić wielki szacunek Benedykta XVI do tradycji muzycznej Kościoła i jego wrażliwość na dialog muzyki z wiarą. Jego głęboka, teologiczna refleksja o muzyce kościelnej, pasterska dbałość o jej artystyczną wartość i związek z wielowiekową tradycją muzyczną, a nade wszystko troska o jej należne miejsce w obrzędach odnowionej liturgii Kościoła po Soborze Watykańskim II, są niezwykle cenne i godne najwyższego uznania. Najdobitniej wyrażają się one w słowach: „teolog niekochający sztuki, poezji, muzyki i natury może być niebezpieczny. Ta bowiem ślepota i głuchota na piękno nie jest sprawą drugorzędną, lecz może wycisnąć piętno także na jego teologii” . Benedykt XVI jest teologiem kochającym sztukę, a w szczególności muzykę, czyniąc z niej przedmiot refleksji teologicznej. Nie zajmował się nią jednak z perspektywy muzykologicznej, ale z punktu widzenia teologa muzyki, badając relacje między muzyką a wiarą. Zakreślając obszar badawczy teologii muzyki, stwierdził: „Teolog nie może wdawać się w dyskusje czysto muzykologiczne, ale może postawić pytanie, gdzie znajdują się punkty styczne między wiarą a sztuką. Może próbować wyjaśnić, w jaki sposób wiara przygotowuje wewnętrzną przestrzeń dla sztuki i jakie wstępne przesłanki podaje dla jej drogi” .

Przyznanie doktoratu honoris causa Ojcu Świętemu Benedyktowi XVI przez dwie krakowskie uczelnie, które wspólnie prowadzą nauczanie muzyki kościelnej w Międzyuczelnianym Instytucie Muzyki Kościelnej w Krakowie, który jest inspiratorem całego przedsięwzięcia, posiada symboliczną wymowę. Wspólnoty akademickie Akademii Muzycznej w Krakowie i Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II w Krakowie pragną w ten sposób wyrazić hołd i ogromną wdzięczność Ojcu Świętemu za jego głębokie, niezwykle cenne dla teologicznej refleksji nauczanie o muzyce kościelnej, a także okazywanie przez wiele lat na wszystkich stanowiskach, jakie piastował, szczególnej troski o szlachetne piękno muzyki kościelnej i jej właściwe miejsce w sprawowaniu liturgii.

W uroczystości wzięli udział profesorowie i studenci obu uczelni, zaproszeni goście oraz wielu przyjaciół Jana Pawła II i Benedykta XVI. Została ona ubogacona śpiewem chóru Psalmodia UPJPII oraz kwartetu smyczkowego Ypsylon AM.

Kard. Stanisław Dziwisz – metropolita krakowski i wielki kanclerz UPJPII w swoim przemówieniu do papieża mówił:

Ojcze Święty! Przede wszystkim pragnę wyrazić naszą ogromną radość z tego dzisiejszego, niecodziennego spotkania. Przywożę pozdrowienia od Kościoła Krakowskiego, który wdzięczny jest Waszej Świątobliwości za posługę papieską, za wielkie dziedzictwo nauczania, a także za życzliwość, z jaką się zawsze spotykaliśmy. Nie zapomnimy słów, które Ojciec Święty wypowiedział u nas 28 maja 2006 roku: „Kraków Karola Wojtyły i Kraków Jana Pawła II jest również moim Krakowem!”

Uniwersytet Papieski Jana Pawła II, erygowany przez Waszą Świątobliwość 19 czerwca 2009 roku, oraz Akademia Muzyczna w Krakowie, postanowiły dać wyraz naszej zbiorowej wdzięczności i przyznać Ojcu Świętemu doktorat honoris causa. Przyjęcie w drodze wyjątku tego wyróżnienia traktujemy jako wyraz szacunku Waszej Świątobliwości dla świętego Jana Pawła II. On sam – święty Papież – był zawsze pełen wdzięczności dla swojego najbliższego współpracownika – Prefekta Kongregacji Nauki Wiary. Jesteśmy pewni, że teraz spogląda na nas z wysoka i cieszy się z naszego spotkania.

Rektorzy obydwu krakowskich Uczelni powiedzą coś więcej o racjach, jakimi się kierowały ich Uczelnie, przyznając Waszej Świątobliwości doktorat honoris causa. Ja tylko dodam, że imię Ojca Świętego Benedykta XVI zostanie na zawsze zapisane w historii Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II w Krakowie.

Kochamy Cię, Ojcze Święty, i zapewniamy o naszej modlitwie.

Jesteśmy przekonani, że przyznanie doktoratu honoris causa emerytowanemu Ojcu Świętemu Benedyktowi XVI przez obydwie Uczelnie będzie wyrazem hołdu i wdzięczności dla Osoby papieża. Jest to także wielki zaszczyt dla Akademii Muzycznej w Krakowie oraz Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II w Krakowie oraz dla całej naszej Archidiecezji krakowskiej.