Dokument końcowy podejmuje takie tematy jak: misja, inkulturacja, ekologia integralna, obrona ludów tubylczych, obrządek amazoński, rola kobiet i nowe posługi przede wszystkim na terenach, gdzie jest trudny dostęp do Eucharystii. Duży nacisk kładzie na konieczność nawrócenia: integralnego, duszpasterskiego, kulturowego, ekologicznego i synodalnego.Podkreślono, że jest to „owoc otwartej, wolnej i pełnej szacunku wymiany opinii”, która miała miejsce w ciągu trzech tygodni synodalnego spotkania wyznaczającego nowe drogi dla Kościoła w Amazonii i ekologii integralnej. 

Już na początku dokument wzywa do „integralnego nawrócenia” poprzez prosty i skromny styl życia na wzór św. Franciszka z Asyżu, zatroskanego o „wspólny dom”, który jest dziełem Stwórcy. Mowa jest także o cierpieniu Amazonii wyrażającym się w krzyku wyniszczanej ziemi i wołaniu ubogich. Dokument jasno mówi o różnych formach przemocy uderzających dziś w amazońską ziemię, m.in. o prywatyzacji dóbr naturalnych, agresywnych modelach wydobywczych, deforestacji, rosnącym zanieczyszczeniu środowiska, a także wzroście przestępczości, przemycie narkotyków czy handlu żywym towarem. Dużo uwagi poświęca problemowi migracji, także do wielkich miast. Proponuje się utworzenie grup misyjnych, które we współpracy z miejscowymi parafiami starałyby się dotrzeć do ludzi wykorzenionych ze swej ziemi, oferując im inkulturowaną liturgię, tym samym przyczyniając się do ich integracji w nowej wspólnocie.

Centralnym pojęciem w dokumencie jest „nawrócenie duszpasterskie”. Przypomina się, że misja i ewangelizacja nie jest czymś fakultatywnym, ponieważ działanie misyjne i głoszenie Jezusa jest paradygmatem działania Kościoła. Uczestnicy synodu podkreślają, że rzeczą konieczną jest przejście od  duszpasterstwa „odwiedzin” do duszpasterskiej „obecności i bliskości”. Dokument proponuje, by zgromadzenia zakonne na całym świecie utworzyły, co najmniej jedną wysuniętą placówkę misyjną, w którymkolwiek z krajów leżących w Amazonii.W tym kontekście przypomniano ofiarę tak wielu misjonarzy, którzy oddali swe życie, głosząc Ewangelię na tym terenie. Wskazano też na konieczność prowadzenia dialogu ekumenicznego i międzyreligijnego, a także pilnego wypracowania specyficznego duszpasterstwa ludów tubylczych. Wskazano na swoistą „opcję preferencyjną na rzecz tubylców”, przypominając o konieczności budzenia rodzimych powołań, ponieważ Amazonia powinna być ewangelizowana również przez rodowitych mieszkańców tego regionu. W tym kontekście pojawia się propozycja prowadzenia „odnowionej i odważnej misji” wśród młodzieży.

Dokument podejmuje też temat konieczności „nawrócenia kulturowego”. Dwa ważne narzędzia na tej drodze to inkulturacja i międzykulturowość. Wskazuje się na konieczność wypracowania indiańskiej teologii oraz docenienia pobożności ludowej, która nieraz musi zostać „oczyszczona”, tak by prowadzić do spotkania z Jezusem. Zamiast negatywnej kolonizacji i prozelityzmu proponuje się inkulturowane głoszenie, będące w stanie dostrzec i docenić ziarna Słowa obecne w kulturze amazońskiej.

Mocno wybrzmiewa też stwierdzenie, że Kościół staje się realnym sprzymierzeńcem ludów Amazonii w walce o ich godność i poszanowanie ich praw. Ojcowie synodalni proponują utworzenie kościelnych ośrodków badawczych, które zajmą się studiowaniem tradycji, języków, wierzeń i aspiracji ludów tubylczych, przyczyniając się tym samy do rozwoju dzieł edukacyjnych wychodzących od ich tożsamości i kultury. To doświadczenie należy rozciągnąć również na poznawanie medycyny naturalnej stosowanej przez amazońskie ludy. Zarazem Kościół zobowiązuje się zapewnić pomoc medyczną wszędzie tam, gdzie państwo nie dociera. Dokument sugeruje też utworzenie Sieci Kościelnej Komunikacji Amazońskiej, która promowałaby edukację dwujęzyczną także na odległość.    

Osobny rozdział ojcowie synodalni poświęcają „nawróceniu ekologicznemu”. W punkcie wyjścia stwierdzają, że stoimy w obliczu bezprecedensowego kryzysu społeczno-środowiskowego. Ekologię łączą z troską o ubogich. Zalecają poszukiwanie wzorców sprawiedliwego i solidarnego rozwoju. Przypominają, że obrona praw człowieka jest wymogiem naszej wiary. Uznają, że kluczową rolę w ochronie przyrody Amazonii muszą odgrywać żyjące tam ludy, których Kościół chce być sprzymierzeńcem.

Ojcowie synodalni używają też pojęcia grzech ekologiczny. Wskazują na międzynarodową odpowiedzialność za przyszłość przyrody w Amazonii. Mówią też o potrzebie uregulowania długów zaciągniętych przez niektóre kraje względem Amazonii, nie precyzując jednak, o jakie kraje tu chodzi. Sugerują natomiast stworzenie światowego funduszu na rzecz wspólnot amazońskich. Uczestnicy synodu apelują też o drastyczne ograniczenie emisji dwutlenku węgla i innych gazów wpływających na zmianę klimatu. Zwracają uwagę na potrzebę zapewniania wszystkim dostępu do wody pitnej. W tym kontekście wysuwają również postulat ustanowienia amazońskiego obserwatorium społeczno-duszpasterskiego oraz utworzenie biura amazońskiego przy watykańskiej Dykasterii ds. Integralnego Rozwoju Człowieka.

W ostatnim rozdziale dokumentu końcowego ojcowie synodalni zajmują się nowymi drogami „nawrócenia synodalnego”. Apelują o przezwyciężenie klerykalizmu i umocnienie kultury dialogu, słuchania i rozeznania. Postulowana przez nich synodalność miałaby się wyrażać w większym zaangażowaniu świeckich w posługi i odpowiedzialność za Kościół. Tam gdzie tego wymaga sytuacja biskup mógłby powierzać odpowiedzialność za duszpasterstwo we wspólnocie również świeckim.

Wiele miejsca poświęcono też roli kobiet. Dokument postuluje ich równouprawnienie w dopuszczaniu do posług nie związanych z kapłaństwem. Z tego względu zaleca się między innymi rewizję nauczania św. Pawła VI na temat posług lektora i akolity. Zauważono, że podczas konsultacji przed synodem często pojawiało się życzenie, by święcenia diakonatu stałego udzielać również kobietom. Sam synod nie występuje z tym postulatem. W dokumencie przyznaje się jedynie, że wiele na ten temat rozmawiano. Przypomina się, że  w 2016 r. Franciszek powołał komisję mającą zbadać, czy w historii Kościoła rzeczywiście istniał diakonat kobiet. Uczestnicy synodu chcą się podzielić z komisją swymi doświadczeniami i czekają na ostateczne rezultaty jej badań.

Synod wyraża też troskę o rozwój amazońskiego życia konsekrowanego w oparciu o miejscowe powołania. Zaleca się również umocnienie istniejącego już diakonatu stałego mężczyzn, większą troskę o formację zarówno diakonów, jak i kapłanów, również z uwzględnieniem elementów ekologii i miejscowej kultury.

Dokument końcowy synodu podejmuje też w końcu bolesny problem niektórych wspólnot tubylczych, które pozbawione są stałej obecności kapłana. Biskupi w sposób jednoznaczny doceniają znaczenie celibatu i zalecają gorącą modlitwę o liczne powołania. Mając jednak na względzie potrzeby wspólnot pozbawionych posługi sakramentalnej, synod wnioskuje o ustalenie kryteriów i dyspozycji, na podstawie których można by udzielać święceń kapłańskich diakonom stałym, którzy posługiwaliby w najodleglejszych regionach Amazonii. Dokument precyzuje, że zdaniem niektórych uczestników synodu kwestia ta powinna być omawiana na szczeblu Kościoła powszechnego, a nie na synodzie regionalnym.

Uczestnicy synodu postulują też utworzenie katolickiego uniwersytetu Amazonii oraz posynodalnej instytucji kościelnej obejmującej wszystkie Kościoły lokalne w tym regionie. W jej ramach powinna też powstać komisja, która przeanalizowałaby możliwość ustanowienia amazońskiego obrządku liturgii. W tym kontekście wskazano też potrzebę tłumaczenia tekstów biblijnych i liturgicznych na kolejne języki tubylcze.