Na zabytkowe freski natrafiono w trakcie usuwania XX-wiecznych warstw przemalowań. Przy oczyszczaniu stiukowych ram stacji drogi krzyżowej na południowej ścianie odpadł kawałek tynku odsłaniając barwne warstwy malarskie. Po wykonaniu odkrywki okazało się, że jest tam widoczna postać kobieca w otoczeniu ram z muszli. Dla konserwatorów było to nie lada zaskoczenie, bo według przekazów nie zachowały się tam żadne malowidła.

Do 1904 r. Kaplica Męki Pańskiej należała jednak do Arcybractwa Męki Pańskiej, kilkakrotnie była też trawiona przez pożary. W roku 1926 franciszkanie zaaranżowali ją  pod stacje drogi krzyżowej Józefa Mehoffera.

Polichromie  poddano dokładnym badaniom, okazało się, że  najlepiej zachował się malowany iluzjonistycznie XVII w. ołtarz św. Heleny pod jednym z przęseł kaplicy. Niegdyś stanowił on obramowanie obrazu przedstawiającego świętą, który do dziś jest przechowywany w klasztorze. - Obraz jest prawdopodobnie starszy niż samo obramowanie, ale na szczęście zachował się, więc może być tam ponownie umieszczony - mówi historyk sztuki Halina Rojkowska - Tasak.

Zdecydowanie gorzej zachowało się malowidło odkryte po prawej stronie ołtarza  przedstawiające sceny z drogi krzyżowej. Odsłanianie polichromii jest bardzo czasłochłonne ponieważ warstwa malarska odspaja się od podłoża. Jeśli uda się ją odczytać prawopodobnie również będzie eksponowana.

Odsłonięty zostanie również fragment polichromii znaleziony nad wejściem do kaplicy,  gdzie znajduje się kolejne iluzjonistyczne malowidło na którym widnieją uchylone drzwi. Dodatkowo po obu stronach jednego z okien odkryto fragmenty malowidła przedstawiającego pejzaż, zdaniem konserwatorów - może być on tłem sceny modlitwy Jezusa w Ogrójcu. Nie są jednak w zbyt dobrym stanie, nie zostaną  więc poddane  renowacji.

- Kaplica już jest piękna ale sądzę, że teraz będzie jeszcze piękniejsza a wystrój ubogaci i pomoże tym, którzy przychodzą tu na modlitwę, by mogli modlić się jeszcze lepiej i głębiej - uśmiecha się gwardian klasztoru franciszkanów -  O. Roman Banasik.

Do tej pory wystrój kaplicy był XX-wieczny, konserwatorzy zaproponowali jednak powrót do barokowego wystroju wnętrza. - Wiemy, że w XVII wieku ściany były barwy kości słoniowej, potem odkryliśmy jeszcze kilka warstw różu. Gdyby powrócił kolor barokowy, może właśnie różowy to myślę, że i nowsze elementy wystroju komponowałyby się bardzo dobrze - przekonuje Halina Rojkowska-Tasak.

W ramach kompleksowej konserwacji jeszcze w tym roku odnowione będzie wnętrze i wyposażenie kaplicy, w tym stacje drogi krzyżowej Józefa Mehoffera. Prace finansowane są dzięki dotacji Społecznego Komitetu Odnowy Zabytków Krakowa i środkom unijnym.