Na lotnisku czekali już na Franciszka prezydent Gruzji Giorgi Margweraszwili z małżonką i patriarcha Eliasz II. Razem podeszli do stopni samolotu. Papież pożegnał się serdecznie z parą prezydencką i z patriarchą. Franciszek poprosił Eliasza II o modlitwę. Następnie wszedł na pokład samolotu włoskich linii lotniczych Alitalia. 

Lot do Baku trwał godzinę i dwadzieścia minut. Druga część 16. podróży Papieża przebiega pod hasłem: «Wszyscy jesteśmy braćmi»”.

W protokolarnej części powitania na lotnisku w Azerbejdżanie nie były przewidziane żadne przemówienia. Uczestniczył w niej tamtejszy wicepremier. Bezpośrednio z lotniska Papież pojechał do kościoła Niepokalanego Poczęcia Matki Bożej, by odprawić niedzielną Mszę.

Niedzielna Msza, która Franciszek odprawił w kościele Matki Bożej Niepokalanie Poczętej w Baku, miała zupełnie inny charakter, niż wielkie celebracje w czasie papieskich podróży. To niewielka świątynia, zbudowana na początku XX w. jako pierwszy kościół w tym mieście zdominowanym przez wyznawców islamu. Papież celebrował liturgię w języku angielskim i łacińskim. Uczestniczyło w niej ok. 300 osób.

Bezpośrednio z kościoła Matki Bożej Niepokalanie Poczętej Franciszek przeszedł do znajdującej się tuż obok rezydencji salezjanów, na obiad i chwilę odpoczynku.