Na początku Mszy św. wszystkich jej uczestników powitał kustosz papieskiego sanktuarium ks. Tomasz Szopa. Szczególną radość wyraził wobec studentów rozpoczynających rok akademicki. – Myślę, że ta wasza obecność dzisiaj tutaj ma głębokie znaczenie, właśnie tu na Białych Morzach, na terenach dawnej fabryki chemicznej Solvay, bo to właśnie tutaj Karol Wojtyła w waszym wieku rozeznawał wolę Bożą, odkrywał swoje powołanie. Pewnie wielu z was ciągle szuka, odkrywa swojej drogi w życiu, szuka woli Bożej, szuka swojego powołania. Niech św. Jan Paweł II w tych poszukiwaniach wam towarzyszy – mówił ks. Tomasz Szopa.

W czasie homilii abp Marek Jędraszewski odwołał się do słów Jezusa, który w rozmowie z Piłatem powiedział: „Każdy, kto jest z prawdy, słucha mojego głosu”. Metropolita krakowski zwrócił uwagę, że to sformułowanie „bycie z prawdy” znalazło głębokie odbicie w twórczości i działalności duszpasterskiej kard. Karola Wojtyły a później św. Jana Pawła II Wielkiego. W książce „Osoba i czyn” z 1969 r. pisał o ludziach prawego sumienia, którzy odznaczają się intelektualną prawością i uczciwością, mają właściwie ukształtowane sumienie i za nim bezwzględnie podążają. – Być człowiekiem z prawdy to mieć bardzo jasny ogląd tego, co jest dobre i co jest złe, co jest prawdziwe i co jest fałszywe. A jednocześnie być człowiekiem z prawdy to znaczy za tym dobrym konsekwentnie postępować, odrzucając równie konsekwentnie to, o czym sumienie mówi, że jest złe, że jest kłamstwem – zaznaczył arcybiskup. Wskazał też na różne naganne postawy wobec prawdy i odchodzenia od własnego sumienia, czyli obojętność na los drugiego i związane z tym milczenie, kłamstwo, a zwłaszcza obronę kłamcy. Karol Wojtyła pisał o dwóch nieautentycznych postawach wobec prawdy: konformizmie i uniku.

Abp Marek Jędraszewski zauważył, że inauguracja roku akademickiego Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II w Krakowie w 46. rocznicę wyboru kard. Karola Wojtyły na papieża stawia szczególnie wyraźnie postać świętego Jana Pawła II jako człowieka z prawdy. Metropolita krakowski, odwołując się do książki Joaquina Navarro-Vallsa „Moje lata z Janem Pawłem II”, wskazał w tym kontekście na siedem elementów postawy Ojca Świętego: jasno zarysowana hierarchia wartości, na których szczycie stoi Jezus Chrystus; odpowiedzialność za innych; pełne zatroskania pytanie: „co jeszcze my możemy zrobić?”; jasny obraz aktualnej sytuacji i jej wyzwań; nonkonformizm; wiara i modlitwa; solidarność z innymi w prawdzie. Arcybiskup zaznaczył, że są one „wyzwaniem i zadaniem” dla całego Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II, bo taki patrona jak Jan Paweł II „zobowiązuje do wierności Jemu, Jego nauczaniu, Jego niezłomności w głoszeniu całemu światu Chrystusa w porę i nie w porę”.

Mszę św. koncelebrowali m.in. kard. Stanisław Dziwisz, abp Wacław Depo, bp Jan Kopiec, bp Jan Zając, bp Leszek Leszkiewicz, bp Stanisław Jamrozek, bp Robert Chrząszcz.

Uroczysta inauguracja roku akademickiego Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II w Krakowie odbyła się w budynku Fides przy papieskim sanktuarium na Białych Morzach. W przemówieniu inauguracyjnym ks. prof. dr hab. Robert Tyrała zaprezentował działalność naukową i dydaktyczną uczelni. Poinformował, że ponad 3 tysiące studentów i doktorantów rozpoczyna w tym roku naukę na UPJPII. – Studia to nie tylko czas wytężonej nauki, ale też czas pięknej podróży ku stawianiu w życiu na piękne wartości, nawiązaniu przyjaźni, spełnianiu marzeń – mówił rektor.

W czasie uroczystości odczytano listy prezydenta Andrzeja Dudy, wicepremiera Władysława Kosiniaka-Kamysza i sekretarza stanu Stolicy Apostolskiej kard. Pietro Parolina. Zasłużonym pracownikom UPJPII wręczono odznaczenia państwowe, a dwóm studentom stypendia ministra nauki dla wybitnych młodych naukowców. Przedstawiciele studentów pierwszego roku złożyli ślubowanie, a życzenia i gratulacje złożył im przewodniczący Samorządu Studentów Stanisław Łopadczak.

Wykład inauguracyjny wygłosił kard. dr hab. Grzegorz Ryś. Metropolita łódzki powiedział, że aktualnie najważniejsze pytanie w Kościele brzmi: „jak być misyjnym kościołem synodalnym?”. To jest pytanie, które wyznacza pracę XVI Zgromadzenia Synodu Biskupów trwającego właśnie w Rzymie. – Ważna jest misja. Misja wyznacza drogę, wspólną drogę – mówił kardynał wskazując na odpowiedzi padające na synodzie, jak ta droga ma wyglądać. – Misja musi być dziełem miłosierdzia. (…) Potrzebujemy nawrócenia na relacje. (…) Nie ma misji bez kontekstu – wyliczał metropolita łódzki.

Zauważył także, że synod podpowiada rozeznawanie wspólnotowe w celu odnalezienia sposobu realizowania misji. Trzy cechy takiego rozeznawania to z kolei odpowiedzialność, kompetencja i urząd. Zacytował jedno z najważniejszych zdań z synodalnego Instrumentum laboris: „Lud Boga nie jest nigdy prostą sumą ludzi ochrzczonych – jest raczej MY Kościoła”. – Uniwersytet Papieski nie jest prostą sumą uczonych i studentów. Jest jakimś MY – komentował kard. Grzegorz Ryś zachęcając społeczność akademicką, by zastanowiła się jak je zdefiniować i opisać. Na koniec podkreślił, że to „my” powinno kierować się dwoma zasadami: pomocniczości i solidarności.

Była to 627. inauguracja roku akademickiego i 70. samodzielna inauguracja.