Troskę o przywrócenie i zachowanie pokoju za naszych dni Jan Paweł II łączył zawsze z pamięcią o tragicznych wydarzeniach drugiej wojny światowej. W 1993 r. mijało pół wieku od heroicznego zrywu doprowadzonych do rozpaczy, bo z góry skazanych na zagładę, mieszkańców przymusowej dzielnicy żydowskiej w okupowanej przez Niemców Warszawie. Już 6 kwietnia Papież skierował z tej okazji list do Komisji Koordynacyjnej Organizacji Żydowskich w Rzeczypospolitej Polskiej.

„Gdy zbliża się 50. rocznica powstania w getcie warszawskim, pragnę wraz z całym Kościołem odnowić pamięć o tragicznych latach drugiej wojny światowej, latach pogardy dla człowieka, która stałą się przyczyną straszliwych cierpień tak wielu naszych żydowskich braci i sióstr. Z głębokim bólem wspominamy wydarzenia tamtego okresu, a zwłaszcza do wszystko, co nastąpiło podczas długiej, mrocznej nocy Szoah. Pamiętamy i musimy pamiętać, ale pamiętając winniśmy na nowo zaufać Bogu i Jego błogosławieństwu, które leczy wszelkie rany. Jako chrześcijanie i Żydzi, idący za przykładem wiary Abrahama, jesteśmy powołani, by być błogosławieństwem dla świata (por. Rdz 12, 2). Oto wspólne działanie, które nas czeka. Jest zatem konieczne, byśmy jako chrześcijanie i Żydzi stali się najpierw błogosławieństwem dla siebie nawzajem. Nastąpi to, jeżeli będziemy zjednoczeni w obliczu wielorakiego zła, które nadal nam zagraża, wobec obojętności i przesądów, a także wobec przejawów antysemityzmu. Za to, co katolicy i Żydzi osiągnęli już przez dialog i współpracę, dziękuję wraz z Wami Bogu. O to, czego musimy jeszcze dokonać, modlę się gorąco”.

Nie był to zresztą jedyny list, jaki Jan Paweł II wysłał w tamtym czasie do ojczyzny w sprawach związanych z rasistowskim ludobójstwem podczas drugiej wojny światowej. W ciągu kilku dni napisał ich aż trzy. 7 kwietnia do bp. Tadeusza Rakoczego, ordynariusza diecezji bielsko-żywieckiej, na terenie której leży Oświęcim, skierował przesłanie dotyczące tym razem nazistowskiej eksterminacji ludności cygańskiej. Wiązało się ono z organizowanymi w dniach 24-25 kwietnia przez Stowarzyszenie Romów w Polsce obchodami 50. rocznicy przybycia pierwszego transportu Cyganów w lutym 1943 r. do obozu w Oświęcimiu-Brzezince. Papież wskazał, że trzeba stale przypominać o tamtych ofiarach „obłędnej ideologii nienawiści”, zwłaszcza kiedy „w samym sercu Europy wybuchają ponownie ogniska dyskryminacji i nienawiści na podłożu etnicznym”. Włączając się duchowo w planowaną podczas tych obchodów wspólną modlitwę za ofiary ludobójstwa prosił, by „nie zapomniano w niej również o ofiarach wojny toczącej się obecnie na Bałkanach, która na oczach całego świata zbiera tak bardzo krwawe i okrutne żniwo”.

Natomiast 9 kwietnia, w Wielki Piątek, Papież na ręce tegoż biskupa bielsko-żywieckiego Tadeusza Rakoczego przesłał list skierowany do karmelitanek bosych w Oświęcimiu. Chodziło o tzw. „konflikt oświęcimski”, dotyczący ich klasztoru powstałego kilka lat wcześniej w budynku starego teatru przy samym obozie. Z powodu żydowskich protestów wobec bliskości katolickiego klasztoru od miejsca kaźni głównie, choć przecież nie wyłącznie, Żydów metropolita krakowski kard. Franciszek Macharski i episkopat Polski opowiedzieli się za przeniesieniem sióstr na inne miejsce, do Centrum Informacji, Wychowania, Spotkań i Modlitwy, również w Oświęcimiu, ale nie w samym obozie ani jego bezpośredniej bliskości. Papież zlecił zakonnicom, by „z woli Kościoła przeniosły się na inne miejsce w tym samym Oświęcimiu”. Karol Wojtyła dobrze znał karmelitańską duchowość. Z wadowickimi karmelitami bosymi stykał się od dzieciństwa, a pracę doktorską poświęcił teologii św. Jana od Krzyża. W liście do oświęcimskich karmelitanek nawiązał do słów św. Teresy od Dzieciątka Jezus: „Moim powołaniem jest miłość w sercu Kościoła”.

„Te słowa świętej karmelitanki z Lisieux mówią o istocie powołania każdej z jej sióstr w Karmelu: każdej z Was. Aby być miłością w sercu Kościoła, przybyłyście kiedyś do Oświęcimia. Czyż trzeba wyjaśniać, jak bardzo w tym właśnie miejscu powinno bić serce Kościoła? Jak bardzo tutaj potrzebna jest ta miłość, jaką Chrystus do końca umiłował człowieka? Jak bardzo jest ona potrzebna tutaj, gdzie przez lata szalała nienawiść i pogarda dla człowieka, zbierając straszliwe żniwo zniszczenia i śmierci wśród ludzi należących do tylu narodów? Obecnie z woli Kościoła macie przenieść się na inne miejsce w tym samym Oświęcimiu. Pozostaje sprawą wolnego wyboru każdej z Was, czy zechce kontynuować tam życie karmelitańskie w dotychczasowej wspólnocie, czy też zechce wrócić do macierzystego klasztoru. Jest to zapewne też moment próby dla każdej. Proszę Chrystusa ukrzyżowanego i zmartwychwstałego, aby dał każdej poznać Jego wolę i szczegółowe powołanie na karmelitańskiej drodze życia. W dalszym ciągu bowiem Oświęcim i to wszystko, co się z nim łączy jako tragiczne dziedzictwo Europy i ludzkości, pozostaje zadaniem Karmelu. Pozostaje tym zadaniem w szczególności to, co łączy się z obozem zagłady Auschwitz-Birkenau w pamięci narodów: w pamięci synów i córek Izraela, a zarazem to, co łączy się w dziejach Polaków, w historii naszej Ojczyzny. W jaki sposób przyszłość będzie wyrastała z tej najboleśniejszej przeszłości, to w znacznej mierze zależy od tego, czy u progu Oświęcimia będzie czuwała ta «miłość, która jest potężniejsza niż śmierć» (por. Pnp 8,6). Wam, Drogie Siostry, w sposób szczególny powierzona jest tajemnica tej odkupieńczej miłości – tej miłości, która zbawia świat. A jakże bardzo ten nasz wspólny świat – w pięćdziesiąt lat po straszliwej wojnie, która między innymi wydała Oświęcim – jakże bardzo wciąż zagrożony jest nienawiścią!”.

O rocznicy powstania w warszawskim getcie Papież mówił przed modlitwą maryjną Regina caeli 18 kwietnia 1993 r. Tego właśnie dnia, w niedzielę Oktawy Wielkanocnej, ogłosił nowych błogosławionych, m.in. troje Polaków, w tym dwoje przyszłych świętych, Faustynę Kowalską, apostołkę Bożego Miłosierdzia, i Stanisława Kazimierczyka, ponadto zaś założycielkę felicjanek Angelę Truszkowską.

„Mimo radości dzisiejszego dnia nie powinniśmy zapomnieć o wydarzeniu sprzed pięćdziesięciu lat, brzemiennym w straszliwe cierpienia. Mam na myśli powstanie w getcie warszawskim. Odczuwam głęboką potrzebę zwrócenia się do wszystkich, chrześcijan i Żydów, którzy zgromadzili się dziś na placu św. Piotra, aby dać wyraz pamięci o tym wydarzeniu oraz o zbrodniach przeciwko narodowi żydowskiemu, popełnionych w czasie drugiej wojny światowej. W duchu głębokiej solidarności z tym narodem i w komunii z całą społecznością katolicką pragnę przypomnieć o tych tragicznych wydarzeniach, dziś już odległych w czasie, ale wyrytych w pamięci wielu z nas. Dni Szoah to prawdziwa noc w dziejach, w której dokonano niesłychanych zbrodni przeciw Bogu i człowiekowi. Czyż moglibyśmy dziś nie stanąć obok was, umiłowani bracia Żydzi, by w modlitwie i medytacji wspominać tę jakże bolesną rocznicę? Bądźcie pewni, że nie niesiecie sami ciężaru tego wspomnienia. My modlimy się i czuwamy wraz z wami przed obliczem Boga świętego i sprawiedliwego, bogatego w miłosierdzie i przebaczenie”.

26 czerwca 1993 r. Papież przyjął w Watykanie grupę Romów z Polski, Niemiec i Austrii. Dziękowali mu oni za wspomniany już list do bp. Rakoczego na obchody 50-lecia pierwszego transportu Cyganów do obozu oświęcimskiego. W improwizowanym przemówieniu Jan Paweł II nawiązał także do zagłady Żydów.

„Wiemy, że to, co się nazywa Szoah, Holokaust, oznacza wyniszczenie ludzi z powodu ich rasy czy narodowości i jest wielką zbrodnią przeciw człowieczeństwu. Ta zbrodnia w ciągu drugiej wojny światowej dotknęła niektóre narody, w tym żydowski, i dotknęła także wasz naród. Innych nie objęła w takim stopniu, ale te dwa narody z pewnością należą do ofiar programu skierowanego przeciwko człowiekowi ze względu na jego przynależność narodową czy rasową. Wspominając te wydarzenia, których wy jesteście świadkami, których znamiona nosicie w swoim ciele, w swojej pamięci, w swojej świadomości, w swoim sercu, możemy tylko jednego pragnąć, o jedno się modlić i o jedno walczyć: ażeby te siły zła, które stały u początku programu zagłady, żeby te siły zła nie odżyły więcej ani w naszym stuleciu, ani w w następnych stuleciach, które ludzkość ma przed sobą”.

Wrażliwości na duchowe dziedzictwo łączące chrześcijaństwo i judaizm oraz budowania w oparciu o nie świata bardziej sprawiedliwego Jan Paweł II uczył też młodych wyznawców obu religii. 2 lipca 1993 r. spotkał się z uczestnikami pielgrzymki do Rzymu i Jerozolimy, zorganizowanej przez Sekcję Młodzieżową Międzynarodowej Rady Chrześcijan i Żydów. Wskazał, że „wspólne dziedzictwo duchowe“, o którym mówi Sobór, obejmuje dwie ważne dla ich działalności zasady.

„Pierwsza to wiedza, że porządek, wedle którego Bóg stworzył świat i jego mieszkańców, stanowi pewną i bezpieczną podstawę dla pokoju między ludźmi i narodami. Prawo Pana Zastępów jest prawem pokoju (por. Ps 37, 37), zaś przez posłuszeństwo woli Pana ludzkość osiąga zgodę, której wszystkie narody tak wyczekują. Druga zasada to przekonanie, że ostatecznym źródłem przemocy jest zepsucie ludzkiego serca. Wynika z tego, że ostateczne zwycięstwo nad niezgodą osiąga się przez przemianę serca (por. Jr 32, 39), przez nawrócenie moralne. Te prawdy, nauczane przez dawnych Proroków oraz głoszone w Kościele i w Synagodze, stanowią dziedzictwo powierzone wam, młodym ludziom, przez waszych przodków. Są one mądrością, którą przez wasze wspólne wysiłki możecie ofiarować światu. Razem udajecie się do Jerozolimy, miasta pokoju, «symbolu spotkania, jedności i powszechnego pokoju całej rodziny ludzkiej» (List apostolski Redemptionis Anno z 20 kwietnia 1984 r.). Wasza pielgrzymka jest jeszcze jednym znakiem nadziei na współpracę, której dzisiejszy świat tak bardzo potrzebuje od wierzących (por. Orędzie na XXV Światowy Dzień Pokoju 1992, nr 1)”.

O pokój na świecie, także na Bliskim Wschodzie, w tym w „ziemi Izraela”, Papież modlił się 8 grudnia do Maryi Niepokalanej na Placu Hiszpańskim w Rzymie.

„Patrz na nas troszczących się o sprawiedliwość i pokój wzdłuż wybrzeży Morza Śródziemnego, zwłaszcza zaś na Bliskim Wschodzie, od ziemi Izraela po kraje arabskie i aż do Libanu tak bardzo doświadczanego”.

30 grudnia 1993 r. podpisano porozumienie zasadnicze między Stolicą Apostolską a państwem Izraela. Jan Paweł II mówił o nim do korpusu dyplomatycznego, ale już w następnym roku, w którym też 15 czerwca nawiązano stosunki dyplomatyczne z Izraelem i 29 września Papież przyjął pierwszego izraelskiego ambasadora przy Watykanie.