Poprzedni rok naznaczony pandemią COVID-19 przyniósł duże zmiany w funkcjonowaniu kalwaryjskiego sanktuarium. Wraz z wprowadzeniem obostrzeń sanitarnych, pojawiły się nowe wyzwania także dla duszpasterstwa. Tętniące życiem modlitwy Dróżki Kalwaryjskie, szczególnie w czasie Wielkiego Tygodnia, nagle opustoszały. Nie znaczy to jednak, że pielgrzymi zapomnieli o Kalwarii, a Kalwaria o nich. Ten trudny czas był inny pod wieloma względami. Trzeba jednak wyciągnąć dobre wnioski, a przede wszystkim pamiętać o konieczności ciągłego nawracania się do Boga. Podczas nabożeństwa na pustym Placu św. Piotra papież Franciszek powiedział, iż „początkiem wiary jest świadomość, że potrzebujemy zbawienia. Nie jesteśmy samowystarczalni, sami toniemy; potrzebujemy Pana jak starożytni żeglarze gwiazd”.

Tradycyjne Misteria Kalwaryjskie w Wielkim Tygodniu zostały odwołane, a pielgrzymi łączyli się w modlitwie w domach za pośrednictwem transmisji na żywo odbywającej się drogą internetową. Wielkopiątkowa Droga Krzyżowa, której przewodniczył abp Marek Jędraszewski odbyła się w bazylice z udziałem zakonników i była transmitowana na antenie TVP3 w paśmie ogólnopolskim. W tym okresie zanotowano także największą oglądalność nabożeństw z bazyliki przez Internet sięgającą nawet stu czterdziestu tysięcy.

Ze względu na obowiązujące ograniczenia, forma wielu pielgrzymek została zmieniona na modlitwę w duchowej łączności z sanktuarium, uczestnictwo online, czy inne sposoby dostosowane do norm sanitarnych. Niektóre zostały całkowicie odwołane. W czasie pandemii, 29 kwietnia, Arcybiskup Metropolita Krakowski Marek Jędraszewski dokonał aktu zawierzenia Archidiecezji Krakowskiej Matce Bożej Kalwaryjskiej przed Jej cudownym obrazem.

W sanktuarium modlono się o ustanie epidemii przez wstawiennictwo Najświętszej Maryi Panny oraz świętego Szymona z Lipnicy, patrona w czasie epidemii. Relikwie Świętego nadal są wystawione na głównym ołtarzu, a modlitwa nie ustaje.

Rok 2020 był obchodzony w Kościele w Polsce pod hasłem ”Wielka Tajemnica Wiary”, a także był to czas jubileuszu setnej rocznicy urodzin św. Jana Pawła II. W miejscu bliskim Świętemu w ciągu roku odbywało się wiele inicjatyw mających na celu przypominanie i promowanie nauczania papieskiego oraz wyrażenie wdzięczności Bogu za życie i pontyfikat Jana Pawła II. W ramach ogólnopolskich obchodów stulecia urodzin św. Jana Pawła II biskupi polscy nawiedzili sanktuarium w Kalwarii Zebrzydowskiej. Po poświęceniu i otwarciu nowej auli im. św. Jana Pawła II, zawierzyli siebie i Kościół w Polsce opiece Matki Bożej Kalwaryjskiej. W czasie sumy pontyfikalnej odpustu Wniebowzięcia NMP abp Marek Jędraszewski, Metropolita Krakowski przekazał na ręce burmistrza miasta dekret Stolicy Apostolskiej ustanawiający św. Jana Pawła II Patronem Kalwarii Zebrzydowskiej.

W 2020 roku minęło czterysta lat od śmierci Mikołaja Zebrzydowskiego, fundatora sanktuarium i założyciela miasta. W tym czasie w sanktuarium odbyła się sesja naukowa poświęcona Zebrzydowskiemu. Na przełomie czerwca i lipca miała miejsce w Kalwarii Zebrzydowskiej Kapituła Prowincjalna, która wybrała nowy Zarząd Prowincji oraz nakreśliła perspektywy życia i działalności bernardynów w przyszłości. Uroczystości odpustowe ku czci Wniebowzięcia NMP zostały zorganizowane zgodnie z obowiązującymi normami i zasadami sanitarnymi. Odbywały się procesje i nabożeństwa w bazylice i na dróżkach, natomiast wydarzenia towarzyszące zostały odwołane.

5 września 2020 odszedł do Pana kard. Marian Jaworski, emerytowany metropolita lwowski, „Kardynał Kalwaryjski”. Pogrzeb hierarchy odbył się 11 września w kalwaryjskiej bazylice. Zgodnie z ostatnią wolą Zmarłego, trumna z ciałem Kardynała spoczęła w krypcie kaplicy cudownego obrazu Matki Bożej Kalwaryjskiej. Śp. kard. Mariana Jaworskiego w kalwaryjskim sanktuarium żegnali kardynałowie Konrad Krajewski, Kazimierz Nycz i Stanisław Dziwisz, nuncjusz apostolski w Polsce abp Salvatore Pennacchio i Metropolita Krakowski abp Marek Jędraszewski oraz kilkudziesięciu arcybiskupów i biskupów z Polski i Ukrainy, liczni kapłani, osoby konsekrowane i najbliższa rodzina. Władze państwowe reprezentowali m.in. Wojciech Kolarski, Sekretarz Stanu w Kancelarii Prezydenta RP, wicemarszałek Sejmu Małgorzata Gosiewska i wojewoda małopolski Łukasz Kmita.

Przez cały rok najważniejsze pozostało sprawowanie sakramentów. Według stałego porządku celebrowane były Msze święte i nabożeństwa oraz spowiedź z zachowaniem norm sanitarnych.

Ilość pielgrzymów zarejestrowanych przez klasztorną furtę i zakrystię: 18 326. Łączna suma pielgrzymów zarejestrowana przez Kalwaryjskie Centrum Informacji, zakrystię oraz Dom Pielgrzyma: 314 020. W minionym okresie nastąpił znaczący wzrost nawiedzających Dróżki Kalwaryjskie indywidualnie i rodzinnie.