Ważną częścią sobotnich uroczystości była Msza św., której przewodniczył abp Józef Michalik. Emerytowany metropolita archidiecezji przemyskiej mówił w homilii m.in. o tym, że Kresy Wschodnie w świętych wyniesionych na ołtarze ukazują się nam dzisiaj jako „urodzajny teren dla gigantów duchowości". - W tych trudnych terenach rodziło się wielkie dobro i pozostawało przez wieki jako dobro przynoszące owoce - stwierdził.

Zauważył też, że Kraków jest miejscem szczególnej pielęgnacji wielkich ideałów przywiązania do Kościoła i Ojczyzny. Przypomniał, że pomagali w tym wielcy pasterze, którzy za przykładem św. Wojciecha i św. Stanisława podtrzymywali wiarę i domagali się, żeby mogła ona przynosić widzialne owoce.

Jak tłumaczył, dobry pasterz - razem z Chrystusem - oddaje swoje życie za owce, oddaje swój czas i swoje zdolności. Przekonywał, że właśnie tacy byli abp. Feliński i ks. Bukowiński, których sylwetki przybliżył wiernym w wygłoszonym słowie.

- Dziękujemy Panu Bogu za tych wielkich świętych. Ale wiemy, że z ich życiem nie skończył się ten trud. Koniecznie trzeba wspomnieć również trud tych kapłanów, którzy dzisiaj mieli odwagę pójść w ten jakże chłonny i ofiarny teren. Ożywiają polskość i katolicką wiarę w tym morzu niewiary czy innych religii. Dzisiaj ten Kościół oddycha własnymi płucami. Potrzebował jednak i ciągle potrzebuje pomocy - powiedział abp Michalik.

Zachęcił wiernych, aby nie tylko dziękowali Bogu za świętych wyniesionych do chwały ołtarza, ale by modlili się też za tych, których serca Bóg nieustannie budzi oraz za to, aby nie zabrakło Mu „promotorów piękna i wiary" w naszej ojczyźnie.

Pod koniec Mszy św. odczytano także listy od premier Beaty Szydło, kard. Mariana Jaworskiego i kard. Stanisława Dziwisza, który osobiście znał ks. Bukowińskiego. „Świętego Zygmunta Szczęsnego Felińskiego, arcybiskupa warszawskiego i założyciela sióstr Franciszkanek Rodziny Maryi, a także i bł. Władysława Bukowińskiego, apostoła na terenie Związku Radzieckiego złączyło cierpienie i prześladowanie ze strony władz sowieckich. Stali się oni przez mękę i prześladowania - zwłaszcza na Syberii i w więzieniach - męczennikami za wiarę i wierność Chrystusowi. Obydwaj są świadkami trudnej historii naszego narodu i Kościoła. Dobrze, że pamięć o tych świetlanych postaciach wpisuje się na stałe w sanktuarium Jana Pawła II, w kaplicy, która została urządzona, aby przekazać przyszłym pokoleniom pamięć o zesłańcach i męczennikach Wschodu " - pisał w liście kard. Dziwisz.

Duży wkład w powstanie i wyposażenie kaplicy wniosło Zgromadzenie Sióstr Franciszkanek Rodziny Maryi, a także Stowarzyszenia im. ks. Władysława Bukowińskiego "Ocalenie". Kaplica bogata jest w symbole. Elementy krat nawiązują do życia w niewoli. Odwołują się do tego także napisy na górnej belce: „Błogosławieni, którzy cierpią prześladowanie dla sprawiedliwości" oraz „Błogosławieni miłosierni". Znaleźć tam można także słowa patronów kaplicy oraz poświęcone im cytaty św. Jana Pawła II. Z tyłu z kolei znajduje się miejsce na pamiątki z zesłań, więzień i łagrów.

Mszę św. pod przewodnictwem abp. Michalika poprzedził spektakl słowa pt. „W rękach Bożych jesteśmy" w wykonaniu Izabeli Drobotowicz-Orkisz i Pawła Sanakiewicza z Teatru Hagiograf im. św. Teresy z Lisieux. Można było podczas niego usłyszeć m.in. teksty św. Zygmunta Szczęsnego Felińskiego i bł. Władysława Bukowińskiego.

Abp Zygmunt Szczęsny Feliński przebywał 20 lat na zesłaniu w Jarosławiu nad Wołgą. Ks. Władysław Bukowiński z kolei był wielokrotnie aresztowany przez władze sowieckie. Skazano go również na 10 lat obozu pracy przymusowej, lecz po uwolnieniu dobrowolnie pozostał na zesłaniu w Kazachstanie, posługując tam wiernym.