Na początku homilii kardynał przywołał fragment Ewangelii w której Jezus uświadamia wiernym swój projekt zbudowania Kościoła. Podczas publicznej działalności Chrystus miał obok siebie uczniów, którzy poznali Go dokładnie i dzięki Niemu formowali swe umysły i serca. Po Jego śmierci poszli na cały świat by głosić Ewangelię. Fundamentem ich działań była wiara w Syna Bożego. Niemal wszyscy apostołowie swoje posłannictwo przypłacili męczeńską śmiercią. Z ich krwi  wyrosła wspólnota uczniów Jezusa, ogarniająca cały świat.

Kardynał nawiązał do fragmentu Dziejów Apostolskich, w których jest mowa o prześladowaniach jakie spotykały pierwszych chrześcijan. Św. Jakub został ścięty, a św. Piotr wtrącony do więzienia. Uroczystość Apostołów Piotra i Pawła zachęca do modlitwy za Ojca Świętego Franciszka, by Bóg wspierał go w niełatwej misji. – Ojcu Świętemu i pasterzom Kościoła potrzeba Bożej mądrości i świateł Ducha Świętego, by bezpiecznie i z nadzieją prowadzili powierzony im lud Boży po drogach zbawienia w trzecim tysiącleciu chrześcijaństwa – powiedział kardynał.

Zauważył, ze w Kościele przełomu drugiego i trzeciego tysiąclecia pojawił się wzór do naśladowania w osobie św. Jana Pawła II. Wierni Archidiecezji Krakowskiej poznali go przed wyborem na Stolicę Piotrową jako swego biskupa i pasterza. Kardynał stwierdził, że Ojcu Świętemu również były bliskie Myślenice. W tym roku 24 sierpnia przypada pięćdziesiąta rocznica koronacji obrazu Matki Boskiej Myślenickiej, której dokonał ówczesny metropolita krakowski, Karol Wojtyła. Powiedział wtedy: „Przez tę […] koronację, jak przez wiele innych koronacji Matki Bożej, cały nasz naród na wszystkich miejscach dziękuje Matce Bożej za Jej tysiącletnie pielgrzymowanie z nami. Razem z nami szłaś, byłaś ukryta, byłaś dyskretna, wielu o Tobie nie wiedziało, ale przecież wiedzieliśmy i czuliśmy, że idziesz z nami”. Kardynał stwierdził, że Matka Jezusa była ze swym wiernym ludem w ostatnim półwieczu, gdy Polska uwolniła się od systemu totalitarnego, odzyskała wolność i suwerenność. Bardzo ważny wkład w ten proces miał Ojciec Święty, który posługiwał się słowem prawdy o Bogu i człowieku.

Kardynał przyznał, że wniesienie relikwii św. Jana Pawła II do myślenickiej świątyni to szczególna chwila. Stwierdził, że relikwia krwi przypomina mu zawsze zamach na papieża na placu św. Piotra. Ojciec Święty głosił niestrudzenie Ewangelię i przelał krew za wiarę. Swoje życie zawdzięczał Matce Boskiej Fatimskiej. Po tym zdarzeniu nadal niestrudzenie służył Kościołowi mimo wszelkich przeciwności. Jego wyczerpująca służba nosi znamiona męczeństwa.

– Powierzmy Bogu nasze osobiste i rodzinne sprawy, a także dobro mieszkańców miasta Myślenic i okolicy. Niech wiara w Jezusa Chrystusa zakorzenia się i utrwala w sercach młodego pokolenia waszych synów i córek. Niech wzrastają oni pod czujnym i troskliwym okiem Matki Bożej Myślenickiej. Niech wasza parafia będzie żywą i solidarną wspólnotą, żyjącą słowem Bożym, gromadzącą się zwłaszcza na niedzielną Eucharystię i pamiętającą o wszystkich potrzebujących wsparcia i pomocy – zakończył kardynał.