Po raz pierwszy wziął w niej udział abp Marek Jędraszewski, jako Wielki Kanclerz uniwersytetu. Zebranym w Filharmonii Krakowskiej gościom, profesorom, nauczycielom akademickim i studentom przypomniał przemówienie Jana Pawła II wygłoszone w Kolegiacie Akademickiej św. Anny 8 czerwca 1997 roku na temat roli i zadań uniwersytetów. Zaznaczył, że tamto przemówienie było pełne osobistych wątków z życia papieża i dodał, że sam chciałby podzielić się kilkoma wspomnieniami związanymi m.in. z Papieską Akademią Teologiczną w Krakowie.

Arcybiskup opowiadał o latach 80., kiedy na zaproszenie ks. prof. Józefa Tischnera wykładał tam na wydziale filozoficznym, a w 1991 roku odbyło się tam kolokwium habilitacyjne metropolity. - Wobec tej uczelni czuję ogromny dług wdzięczności - zapewniał.
Przypomniał też o staraniach Komisji ds. Nauki oraz Rady Naukowej pod kierownictwem kard. Karola Wojtyły, których efektem miało być stworzenie 5 ośrodków teologicznych w Polce, posiadających pełen status akademicki, na wzór tych, jakie funkcjonowały już przed wojną. - To był wielki sukces szkolnictwa katolickiego w Polsce, a także kard. Wojtyły - mówił.

Zwracając się do społeczności akademickiej życzył, aby uczelnia promieniowała swym światłem, rozświetlając ciemności, które są w świecie współczesnej kultury, dawała „pogodę myślom profesorów i studentów, entuzjazm żywej wiary i nieustannie przekonywała, że warto miłować i ufać". - Te słowa nabierają szczególnego znaczenia właśnie, dlatego że dzisiejsza uroczystość inauguracyjna związana jest z nadaniem Doktoratu Honoris Causa kard. Gerhardowi Ludwigowi Müllerowi. Społeczność akademicka Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II czuje się zaszczycona tym, że ksiądz zechciał przyjąć to wyróżnienie - podkreślił.

Laudację z okazji nadania tytułu Doktora Honoris Causa wygłosił z kolei o. prof. dr hab. Andrzej Napiórkowski OSPPE. Omawiając życie i osiągnięcia kardynała, określił go m.in. jako „teologa syntezy". - Analizując imponujące naukowe osiągnięcia kard. Müllera, działalność dydaktyczną, organizacyjną oraz pastoralną i charytatywną, zauważa się jego nie tylko interdyscyplinarność, ale nade wszystko bycie wiernym uczniem Jezusa z Nazaretu. Widać skuteczne i mądre łączenie nauki wiary z jej wcielaniem w życie - mówił.

Jak zauważył, na duchowe życie i teologiczne myślenie kardynała wpływ wywarł m.in. ks. prof. kard. Karl Lehmann, będący jego promotorem, a także Joseph Ratzinger. Bez echa nie pozostała również jego działalność duszpasterska. - Szybko zyskał uznanie jako nieprzeciętny teolog, który zgłębia treści objawienia. Trwając w jedności z całym Kościołem, poszukuje nade wszystko prawdy, a nie taniego aplauzu - opisywał o. Napiórkowski OSPPE.

Przypomniał też, że ks. prof. Müller poznał Kościół ubogich, a bezpośredni kontakt ze skrajnym ubóstwem zmienił jego teologiczne nastawienie, ponieważ wtedy zrozumiał uniżenie i cierpienie samego Jezusa. Przypomniał również historię, w której kard. Müller pochylił się nad cierpiącym na raka mózgu Peruwiańczykiem, pokrywając za niego koszty operacji. Dzięki temu mężczyzna przeżył, a później mógł założyć rodzinę.

O. Napiórkowski OSPPE wskazał również na imponujący dorobek naukowy, do którego należy zaliczyć ponad 400 publikacji. - Jakkolwiek większość naukowych artykułów powstała w trakcie jego 16-letniej kariery akademickiej na Uniwersytecie Ludwika i Maksymiliana w Monachium, to pojawiają się wciąż nowe, o bardziej pastoralnej orientacji - tłumaczył.

W swojej Laudacji ujął również okres, w którym kardynał pełnił funkcję biskupa ratyzbońskiego. Przekonywał przy tym, że szybko dał się poznać jako odważny pasterz, w wielu wymiarach ożywiając życie duszpasterskie i sakramentalne swojej diecezji. Choć jego działalność nie uniknęła krytyki ze strony diecezjan i liberalnych mediów, to niemiecki episkopat powierzył mu kilka znaczących funkcji. Prowadził m.in. prace w Komisji Nauki Wiary, dialog katolicko-żydowski czy zajmował się kwestiami ekumenicznymi. Powołał też do życia Instytut Papieża Benedykta XVI w Ratyzbonie.

O. Napiórkowski OSPPE nie mógł pominąć również tak ważnej funkcji kardynała jako Prefekta Kongregacji Nauki Wiary. Zwrócił uwagę zwłaszcza na dokumenty, jakie kongregacja wydała w czasie jego prefektury - „List do biskupów Kościoła katolickiego na temat relacji między darami hierarchicznymi a charyzmatycznymi dla życia i misji Kościoła" oraz „Instrukcję dotyczącą pochówku ciał zmarłych oraz przechowywania prochów w przypadku kremacji".

Jako że kardynał przewodniczył również Papieskiej Komisji „Ecclesia Dei", Papieskiej Komisji Biblijnej i Międzynarodowej Komisji Teologicznej, doprowadził do powstania „Listu do przewodniczących episkopatów zainteresowanych pozwoleniem na celebrację małżeństwa wiernych należących do Bractwa św. Piusa X", wydania dokumentu „Natchnienie i prawda Pisma Świętego. Słowo, które od Boga pochodzi i mówi o Bogu, aby zbawić świat" i wreszcie do publikacji dokumentów: „Sensus fidei w życiu Kościoła" oraz „Bóg Trójca, jedność ludzi. Monoteizm chrześcijański przeciwko przemocy".

Jak zaznaczył o. Napiórkowski OSPPE, kard. Müllera można nazwać również „promotorem przyjaźni polsko-niemieckiej". - Kardynał wypłynął także na meandry przyjaźni i niezrozumienia dwóch narodów. To jedyny niepolski kardynał, który tak wiele razy bywał w Polsce. Wydaje się, że jest on jednym z niewielu niemieckich hierarchów rozumiejących wagę orędzia biskupów polskich do niemieckich „Udzielamy przebaczenia i prosimy o nie" - stwierdził.

Zauważył też, że Kraków od wieków był wielką sceną dla doniosłych wydarzeń i niezwykłych osobowości, a naukę, wiarę, wiedzę i kulturę budowali tam wielcy mężowie. - Tak oto dzisiaj ks. kard. Müller przez swoją zawodową kompetencję i chrześcijańską mądrość zostaje wpisany w poczet wielkich naszej Alma Mater - dodał na zakończenie.

Podczas poniedziałkowej uroczystości nie mogło zabraknąć również wykładu doktorskiego kard. Müllera, który odczytano w jego imieniu. Wykład nosił tytuł „Jak należy rozumieć reformę w Kościele?" i obejmował takie zagadnienia, jak rozróżnienie słów „reformacja" i „reforma", rozwój chrześcijaństwa po rozłamie i w okresie oświecenia czy też katolickie rozumienie reformy.

Zdaniem kardynała reformacja prowadzi ostatecznie do powstania świeckiej wizji świata, w której opcja religijna - zwłaszcza chrześcijańska - jest tylko jedną z wielu. Zauważył jednak, że reformaci nie chcieli torować drogi prowadzącej do dechrystianizacji społeczeństwa i pozbawienia chrześcijaństwa charakteru kościelnego. "Chcieli natomiast odnowienia Kościoła w duchu Ewangelii, tak jak ją rozumieli" - wyjaśnił w swoim wywodzie.

Jako cel ekumenizmu i reformy Kościoła określił pojednanie przeciwieństw. Zaznaczył przy tym, że jedność Kościoła nie jest dziełem człowieka i zawartych przez niego kompromisów, lecz urzeczywistnia się już konkretnie w jedności z papieżem i biskupami. „Ta prawda odnosi się do pełni środków zbawienia, ale nie do duchowego i moralnego życia katolików, które w sposób wzorowy może stawać się udziałem równocześnie niekatolickich chrześcijan i ich wspólnot" - podkreślił.

Na zakończenie dodał, że 500 lat reformacji i rozłam w Kościele nie jest powodem do protestanckiego triumfalizmu i ponawiania katolickiego poczucia niższości. Przekonywał wręcz, że do końca 2017 roku wszyscy powinniśmy się stać „bardziej ewangeliccy i bardziej katoliccy w znaczeniu wspólnej pokuty, pojednania i odnowienia w Chrystusie", ponieważ to właśnie jest reforma Kościoła dokonująca się nie przez nas, lecz w nas.

Kard. Gerhard Ludwig Müller urodził się 31 grudnia 1947 roku w Moguncji. Studia zakończył w 1985 roku rozprawą habilitacyjną na wydziale teologii katolickiej Uniwersytetu we Fryburgu Bryzgowijskim. Swoją rozprawę doktorską poświęcił myśli Dietricha Bonhoeffera, a habilitacyjną - hagiologii.