Na początku Mszy św. proboszcz ks. Jan Dziubek oraz dzieci i przedstawiciele parafian złożyli życzenia jubilatom. Eucharystii przewodniczył kard. Stanisław Dziwisz, który przeżywa w tym roku 60. rocznicę święceń kapłańskich i 25. rocznicę sakry biskupiej. Koncelebrowali także ks. infułat Jakub Gil przeżywający 60. rocznicę święceń oraz ks. prałat Jan Marcisz świętujący złoty jubileusz kapłaństwa.

– Nie przyjechałem tutaj, żeby przyjmować życzenia, choć to bardzo miłe i za nie bardzo dziękuję. Przede wszystkim wspominamy Jana Pawła II, wspominamy konsekrację tego kościoła – to było wydarzenie! – mówił na początku liturgii kard. Stanisław Dziwisz. Zauważył, że w uroczystość świętych Piotra i Pawła mieszkańcy wspominają także wielkiego wadowiczanina, który na świecie jest na nowo odkrywany. Zaznaczył, że wiele osób z całego świata przyjeżdża do Wadowic, by poznać miasto, które wydało takiego świętego. – Niewielu jest papieży, którzy mieli tytuł „wielki”. Janowi Pawłowi II ten tytuł się należy, bo rzeczywiście był wielki – można wiele mówić o jego zasługach i wyjątkowości umysłu i serca – podkreślał wieloletni osobisty papieski sekretarz.

W czasie homilii kard. Stanisław Dziwisz przypomniał konsekrację kościoła św. Piotra Apostoła w Wadowicach, której 14 sierpnia 1991 roku dokonał Jan Paweł II. Ojciec Święty powiedział wówczas między innymi: „Jako Wasz rodak, wadowiczanin z urodzenia, a zarazem sługa Kościoła powszechnego na stolicy św. Piotra w Rzymie, życzę Wam, by w tej nowej Waszej świątyni rozbrzmiewały wciąż słowa Piotrowego wyznania: «Tyś jest Chrystus, Syn Boga żywego». Życzę aby te słowa rozbrzmiewały tutaj z pokolenia na pokolenie, zawsze z taką samą zbawczą mocą, jak rozbrzmiewają od dwóch tysiącleci”.

Odwołując się do odczytywanej podczas liturgii Ewangelii, w której Jezus ustanawia Piotra skałą, na której zbuduje Swój Kościół, kardynał podkreślił, że potrzeba głębokiego spojrzenia na Kościół, na jego prawdziwą naturę i misję, zwłaszcza dziś, gdy często się go deprecjonuje i redukuje do czysto ludzkiej organizacji, odsłaniając i nagłaśniając słabości i grzechy jego członków. – Nie lekceważymy zarzutów o naszych słabościach, ale nie taka jest cała prawda o Kościele. W nim – w Kościele – spotykamy się z żywym Jezusem Chrystusem, naszym Panem i Zbawicielem, bo On jest Głową Kościoła – mówił metropolita krakowski senior.

Zauważył, że nowy kościół i nowa wspólnota parafialna pod wezwaniem św. Piotra Apostoła stanowi piękne i trwałe upamiętnienie pontyfikatu św. Jana Pawła II. – Wiemy, ile Karol Wojtyła zawdzięczał Wadowicom. Tutaj przyszedł na świat. Tutaj formowała się jego osobowość przez pierwszych osiemnaście lat życia. Tutaj miał wielu przyjaciół i do końca życia pozostał wierny tym przyjaźniom. Tutaj poznawał żywy Kościół w macierzystej parafii Ofiarowania Najświętszej Maryi Panny i tutaj uczył się służyć Kościołowi. Tu, w tym mieście, stopniowo dojrzewało jego powołanie do kapłaństwa – wyliczał kard. Stanisław Dziwisz zaznaczając, że Karol Wojtyła – Jan Paweł II spłacił dług wdzięczności wobec Wadowic, rozsławiając miasto w Kościele powszechnym i w całym świecie. – Pamiętamy wizyty papieskie w Wadowicach. Pamiętamy, z jakim szacunkiem i wdzięcznością w sercu wypowiadał się wielokrotnie o swoim mieście, zarówno w przemówieniach, jak i w publikacjach – dodawał osobisty sekretarz Ojca Świętego podkreślając, że Jan Paweł II cieszył się, że jego następca w Krakowie – kard. Franciszek Macharski erygował w 1985 roku parafię św. Piotra Apostoła, a wzniesiona świątynia pod tym samym wezwaniem, nawiązywała do pontyfikatu papieża z Wadowic, a także stanowiła wotum po cudownym ocaleniu Ojca Świętego ze zbrodniczego zamachu na placu św. Piotra. 

Kard. Stanisław Dziwisz zauważył, że sekretem i skarbem życia Jana Pawła II była jego przyjaźń z Chrystusem. Zaznaczył, że jego beatyfikacja oraz kanonizacja są oficjalnym poświadczeniem jego świętości ze strony Kościoła. – Tego nikt i nic nie może podważyć, bo taka jest prawda o świętym życiu i heroicznej służbie człowieka, którego przez dwadzieścia siedem lat pontyfikatu nazywaliśmy Piotrem naszych czasów. Tym bardziej niegodziwe są próby podważania świętości papieża, jego uczciwości i szlachetności. Stał się znakiem sprzeciwu, a godząc w niego, chce się ugodzić w Kościół – zwracał uwagę metropolita senior dziękując Bogu za świętego papieża, któremu tak wiele zawdzięczają Wadowice, Kraków, Polska i cały Kościół.

Kardynał zachęcał, by w dzień odpustu pamiętać w modlitwie o wszystkich, dzięki którym powstała w Wadowicach druga parafia i wzniesiona została świątynia pod wezwaniem św. Piotra Apostoła. Modlił się za śp. ks. Michała Pioskę, budowniczego kościoła i pierwszego proboszcza, który poświęcił życie dla tej parafii, a także za wszystkich duszpasterzy, którzy tutaj się trudzili, w sposób szczególny za wieloletniego proboszcza ks. Tadeusza Kasperka oraz obecnych duszpasterzy z proboszczem i dziekanem – ks. Janem Dziubkiem na czele.

Po Mszy św. odbyła się odpustowa procesja teoforyczna.

Kościół św. Piotra Apostoła w Wadowicach został wybudowany jako wotum wdzięczności za wybranie Karola Wojtyły na papieża oraz jego cudowne uratowanie z zamachu na placu św. Piotra w Rzymie 13 maja 1981. Poszczególne fragmenty budowli nawiązują do budynków z Wadowic, Krakowa i Rzymu symbolizując drogę Karola Wojtyły na stolicę Piotrową.