W dniu 8 marca 1968 r. w godzinach popołudniowych kard. Stefan Wyszyński otrzymał wiadomość o zamieszkach na terenie Uniwersytetu Warszawskiego i przyległych ulicach. Ich powodem było zwołanie wiecu w obronie dwóch studentów relegowanych z uczelni. Na teren uczelni wtargnęły oddziały ORMO, funkcjonariusze Służby Bezpieczeństwa i Milicji, którzy dotkliwie i bez opamiętania bili uciekających studentów. Schronieniem były świątynie: pobliski kościół Świętego Krzyża przy Krakowskim Przedmieściu, kościół akademicki św. Anny i kościół kapucynów na ul. Miodowej.

Wkrótce zamieszki ogarnęły większość miast akademickich w Polsce. Niepokoje studenckie były pretekstem do wszczęcia rozgrywek wewnątrz partii komunistycznej i do usunięcia od władzy Władysława Gomułki, ówczesnego I sekretarza KC PZPR.

„Kard. Wyszyński stanął zdecydowanie po stronie bitych i prześladowanych. Dnia 10 marca 1968 r.  w kościele św. Augustyna w Warszawie podczas nabożeństwa „Gorzkie żale” wygłosił kazanie pasyjne, które przeszło do historii pod nazwą „Na krzyżowej drodze stolicy”. W tej homilii nawiązał do wydarzeń ostatnich dni” – mówi Marian P. Romaniuk, znawca życia kard. Wyszyńskiego i autor wielu książek o życiu i posłudze Prymasa Tysiąclecia.

Przez kolejne kilka dni Prymas Wyszyński pozostał powściągliwy w swojej ocenie sytuacji, ale podczas okresowej kongregacji księży dziekanów, które miało miejsce 13 marca 1968 r., w drugim dniu obrad, powiedział m.in.: „Napięta sytuacja stolicy wymaga od nas specjalnej dojrzałości społecznej. (…) Młodzieży naszej okażemy jak najwięcej zrozumienia. Nie będziemy jej potępiali, ale jednocześnie po bratersku, życzliwie, będziemy ją zachęcali do roztropności, pokoju i umiaru (…)” (Archiwum Sekretariatu Prymasa Polski, maszynopis).

Kard. Stefan Wyszyński zawarł bardzo ważny komentarz do wydarzeń z marca 1968 r. w osobistych notatkach pod datą 18 marca: „Raczej wszystko trzeba brać na rachunek rozgrywek wewnętrznych w PZPR. Jest to bodaj etap wstępny dla tego periodu przemian. Zdaje się, że władze polityczne w obecnej chwili chcą ograniczyć się do rozprawy z „syjonizmem” i „podżegaczami”. Chcą wymanewrować młodzież akademicką, robotników i Kościół. Bodaj najłatwiej byłoby uspokoić młodzież, gdyby zwolniono aresztowanych z więzień i poskromiono oszczerstwa prasy. Obecna sytuacja wygląda inaczej od strony społecznej niż dawniej. Dotychczas jedynym „oponentem” było niezadowolnictwo. Bo tylko Episkopat mówi rządowi i partii prawdę. Wszyscy inni ich oszczędzali. Później przyszło „33”. Później literaci. A obecnie młodzież. Może władze partyjne zrozumieją, że trzeba wczuć się w to, co myśli społeczeństwo, i to nie przez własne kanały informacyjne,bo to jest biurokracja „pałacowa”. Trzeba uwierzyć społeczeństwu. Ważną rzeczą dla władców jest prawda i odwaga obywateli. Gdy tych cnót zabraknie, rząd pozostaje w otoce błędu. Obywatele muszą odważnie mówić prawdę i to zarównodla własnego, jak i władzy publicznej dobra” (Archiwum Sekretariatu Prymasa Polski, maszynopis).

Z zachowanych dokumentów wynika, że w marcu 1968 r. Prymas Stefan Wyszyński stanął w obronie studentów i potępił antysemityzm, za co dziękował mu były Naczelny Rabin Polski Zew Wawa Morejno w 1968 i 1971 roku.