Prośbę o erygowanie sanktuarium jesienią ubiegłego roku skierował do metropolity krakowskiego proboszcz parafii i przełożony klasztoru OO. Bernardynów, o. Antoni Kluska, który dostrzega wzrastające zainteresowanie wiernych postacią św. Antoniego z Padwy. – Systematycznie wzrasta liczba podziękowań i próśb, które składają wierni, tak z kraju jak i spoza jego granic. Prośby i podziękowania do Świętego – a jest ich niemal 1,5 tys. rocznie – odczytywane są w każdy wtorek, w dzień poświęcony św. Antoniemu oraz w trakcie nowenny dziewięciu wtorków przed jego uroczystością – mówi o. Antoni Kluska, a zapytany o motywację skierowanej do metropolity prośby o ustanowienie tegoż sanktuarium odpowiada: - Żywimy głęboką i uzasadnioną nadzieję, że tak doniosły akt pomnoży dobro duchowe napływających tu wiernych. Z całą pewnością przyczyni się to do duchowego ubogacenia naszej archidiecezji.

Początki obecności i działalności bernardynów w Zakopanem sięgają roku 1902. Zakupiono wówczas dla chorych zakonników dom wypoczynkowy, gdzie znajdowała się niewielka kaplica zakonna św. Antoniego z Padwy. Od sierpnia 1939 r. dom był zamieszkały na stałe. W związku z zamknięciem przez niemieckich okupantów kaplic w „Księżówce” i u sióstr urszulanek na Jaszczurówce, bernardyni rozpoczęli też posługę duszpasterską w swej kaplicy, gdzie sprawowali sakramenty i nabożeństwa. W 1950 r. rozpoczęto rozbudowę dotychczasowej kaplicy, przy zachowaniu stylu zakopiańskiego. Nowy kościół został poświęcony w 1959 r. W 1976 r. kard. Karol Wojtyła powierzył bernardynom duszpasterstwo parafialne na Bystrem, Kozińcu i Antałówce, a w 1984 r. kard. Franciszek Macharski erygował parafię pw. św. Antoniego z Padwy. 

Wewnątrz kościoła w głównym ołtarzu znajduje się figura św. Antoniego z Padwy wykonana z drewna modrzewiowego przez zakopiańskiego rzeźbiarza Pawła Szczerbę w 1951 r. Figurę patrona kościoła otaczają liczne wota umieszczone w gablotach. Chociaż pierwotnie poświęcenie kaplicy św. Antoniemu wynikało z pobożności franciszkańskiej ojców i braci, to z czasem św. Antoni otoczony został wielką czcią przez wiernych parafii oraz licznych pielgrzymów i turystów. W kościele odbywa się całodzienna adoracja Najświętszego Sakramentu, na którą szczególnie chętnie przybywają turyści udający się w góry.

Jak informuje o. Alojzy Garbarz OFM, rzecznik prasowy OO. Bernardynów, kościół św. Antoniego w Zakopanem będzie już 12 sanktuarium, nad którym bernardyni sprawują duchową opiekę. Obecnie siedem z nich to sanktuaria maryjne: w Kalwarii Zebrzydowskiej, Leżajsku, Piotrkowie Trybunalskim, Hrubieszowie, Skępem, Rzeszowie i Bornhofen (Niemcy). Oprócz tego swoją troską zakonnicy ogarniają trzy sanktuaria świętych: św. Antoniego z Padwy w Radecznicy, św. Jana w Dukli i św. Szymona z Lipnicy w Krakowie. Ponad to w Alwerni znajduje się Sanktuarium Pana Jezusa Miłosiernego Ecce Homo.