Przeor klasztoru na Skałce o. Grzegorz Prus OSPPE wyjaśnił, że tradycja liturgicznego wędrowania papieża po kościołach stacyjnych w Rzymie trwała do początków XIV wieku, a po przerwie przywrócono ją w wieku XX. Wytłumaczył, że duchowość liturgii stacyjnej koncentruje się wokół elementu pokutnego i ukazuje miasto jako przestrzeń świętą, a przybycie biskupa do poszczególnych świątyń umacnia jedność Kościoła.

Przeor przywitał metropolitę krakowskiego i podkreślił duchowe połączenie z Bazyliką św. Klemensa w Rzymie, która w tym czasie jest świątynią stacyjną.

W homilii abp Marek Jędraszewski, odnosząc się do słów Ewangelii, zaznaczył, że mówi ona o miłosierdziu, które jako ludzie mamy sobie okazywać, by móc dostąpić go od Boga. Ewangelia ta zawiera dwa wezwania o charakterze negatywnym: nie sądźcie i nie potępiajcie oraz dwa o charakterze pozytywnym: dawajcie i odpuszczajcie. – Oto pełna prawda o Bożym miłosierdziu, które domaga się także abyśmy i my byli miłosierni na wzór Ojca. Ta prawda znajduje swoje najbardziej głębokie urzeczywistnienie i swój wyraz w Krzyżu Pana naszego Jezusa Chrystusa.

Metropolita przypomniał, że równoległym kościołem stacyjnym w Rzymie jest Bazylika św. Klemensa papieża. To dom, w którym według tradycji mieszkał św. Klemens – czwarty z papieży. Św. Klemens zginął podczas prześladowań Domicjana pod koniec I wieku. Arcybiskup wyjaśnił, że w tej bazylice w niezwykły sposób przemawia mozaika krzyża umieszczona w apsydzie górnej bazyliki. – Krzyż przedstawiony jako drzewo życia – nie hańby, nie potępienia, nie martwych belek niosących śmierć. Drzewo życia. Bo właśnie umierając na krzyżu, Chrystus dał tym wszystkim, którzy w Niego – Zbawiciela i Odkupiciela – uwierzyli, dał życie. I stąd te cudowne żywe gałązki, które odchodzą od filaru samego krzyża.

Arcybiskup tłumaczył, że wokół tego krzyża znajduje się 12 gołębi, które symbolizują 12 Apostołów. Widnieją tam także dwie postaci: Matki Najświętszej i św. Jana oraz zwierzęta zbliżające się do wody tryskającej z krzyża, która symbolizuje wody chrztu świętego. Metropolita wyjaśnił, że poniżej znajduje się bazylika dolna, a pod nią miejsce, gdzie mieszkał św. Klemens. – Znajdujemy tam szczególny architektoniczny zapis wczesnego zmagania dwóch światów. Z jednej strony są tam fragmenty Mitreum – świątyni pogańskiej (…) a obok tego pozostałości domu, który zapewne służył jako schronienie, ale także jako pierwszy kościół dla grupki chrześcijan skupionych wokół św. Klemensa.

Następnie arcybiskup wspomniał wielkie prześladowania pierwszych chrześcijan, spalenie Rzymu przez Nerona czy pokazowe pozbawianie życia chrześcijan w Koloseum. – Ileż trzeba było mieć wtedy wiary, że krzyż ostatecznie zwycięży, ile trzeba było męczeńskiej krwi chrześcijan, by mogły się rodzić nowe pokolenia, składające się na wielką wspaniałą historię Kościoła, Kościoła, który właśnie dzięki męczeńskiej krwi chrześcijan stawał się ciągle silny, młody na wzór Chrystusa. Wielka historia zwycięskiego krzyża, wielka historia prawdy, która z tego krzyża nieustannie płynie z pokolenia na pokolenie wszędzie tam, gdzie dociera Ewangelia. Prawda o miłosierdziu, o tym że ponad wstyd, upadek i upokorzenie jest gest miłości miłosiernej, dzięki której Bóg Ojciec w swoim Synu, mocą Ducha Świętego przygarnia nas do siebie i czyni nas na nowo swoimi dziećmi.

Na zakończenie homilii metropolita krakowski podkreślił, że dzisiejsze rozważanie krzyża jako drzewa życia, w kościele na Skałce łączy się ze wspomnieniem męczeńskiej śmierci św. Stanisława i wielu innych braci i sióstr, którzy za św. Andrzejem powtarzali: „Witaj krzyżu moja jedyna nadziejo”.