Ks. Szymon Stułkowski urodził się 21 lutego 1961 r. w Rokietnicy. Ochrzczony 5 marca 1961 r. w Cerekwicy k/Poznania.

W latach 1980-1986 odbywał formację w Arcybiskupim Seminarium Duchownym i studia na Papieskim Wydziale Teologicznym w Poznaniu. Święcenia kapłańskie przyjął 15 maja 1986 r. w Poznaniu.

W latach 1986-1988 był wikariuszem parafii pw. św. Marcina w Konarzewie. W latach 1988-1993 był wikariuszem w parafii pw. Najświętszego Zbawiciela w Poznaniu. W latach 1994-2000 był wikariuszem parafii św. Antoniego we Wiedniu. W tym czasie odbył też studia doktoranckie na Uniwersytecie Wiedeńskim. W latach 2000-2001 był duszpasterzem akademickim w parafii pw. Wniebowstąpienia Pańskiego w Poznaniu. W 2001 r. obronił we Wiedniu pracę doktorską w zakresie teologii pastoralnej.

W archidiecezji poznańskiej pełnił funkcję diecezjalnego duszpasterza rodzin, pracował w redakcji „Katechety”, był adiunktem na Wydziale Teologicznym Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu, oraz kierował referatem duszpasterstwa ogólnego i specjalistycznego w Kurii Metropolitalnej.

W latach 2006-2016 pełnił funkcję sekretarza Komisji Duszpasterstwa Konferencji Episkopatu Polski.

W chwili powołania na biskupa pomocniczego pełnił funkcję rektora Arcybiskupiego Seminarium Duchownego w Poznaniu.

Zna język niemiecki.