Mszy świętej sprawowanej w Godzinie Miłosierdzia przewodniczył bp Jan Zając. Na początku Eucharystii ks. Zbigniew Bielas przywołał słowa Ojca Świętego Franciszka, jakie skierował po śmierci kard. Franciszka do kard. Stanisława Dziwisza. „Z ufnością w Boże miłosierdzie prowadził to dzieło jako ojciec kapłanów i wiernych powierzonych jego pieczy. Przewodził Kościołowi w Krakowie w niełatwych czasach politycznych i społecznych transformacji, z mądrością, ze zdrowym dystansem do rzeczywistości, dbając o poszanowanie godności każdego człowieka, o dobro wspólnoty Kościoła, a zwłaszcza o zachowanie żywej wiary w sercach ludzi…”. Rektor łagiewnickiego Sanktuarium przypomniał, że zawołaniem biskupim kard. Macharskiego były słowa: „Jezu, ufam Tobie”. – Tutaj, w tej Bazylice, która można powiedzieć jest dziełem jego życia i pasterskiego posługiwania, chcemy dziękować za dar jego życia i za wszelkie dobro, które dzięki jego posłudze było nam dane – mówił.

W homilii bp Jan Zając przypomniał ostatnie chwile życie kard. Macharskiego. – Choć to działo się w klinice krakowskiej, to jednak wiara, ale też i wyobraźnia podpowiada nam, że Franciszek z Krakowa przeszedł przez Bramę Miłosierdzia w tej Porcjunkuli, w której jesteśmy. To jest miejsce, które wybrał Ojciec Niebieski, aby tutaj objawiało się Boże Miłosierdzie nad każdym kto to miejsce święte nawiedzi. A zatem jesteśmy w świętym miejscu. Jesteśmy w krakowskiej Porcjunkuli. A teraz – patrząc na portret kard. Franciszka Macharskiego – przyjmijmy jego pouczenia, które wyjaśnią nam dlaczego mamy możliwość nazywania tej świątyni Porcjunkulą – powiedział honorowy kustosz Sanktuarium Bożego Miłosierdzia w Łagiewnikach, w dalszej części homilii cytując słowa kard. Macharskiego:

„Kiedy myślę o przyszłości, zastanawiam się nad tym, jak ludzie będą przyjmowali, jak świat będzie przyjmował Miłosierdzie Boże? Niechby takich miejsc, takich sanktuariów było jak najwięcej na świecie. Niech do każdego z nich ludzie przychodzą nie tylko po to, żeby się wyżalić, ale także po to, żeby z ufnością przyjąć na siebie odpowiedź na to, co Bóg daje światu. Całą odpowiedź na wszystkie nędze świata Bóg dał w Jezusie Chrystusie! Przyjąć Miłosierdzie Boskie to znaczy przyjąć Jezusa. To dlatego tak bardzo tęskniłem za tym, żeby Ojciec Święty przyjechał do Łagiewnik na znak potwierdzenia, że Miłosierdzie Boże jest przyjęte.

Miłosierdzie Boże, na które ludzie dają odpowiedź, jest prawdziwą nadzieją dla świata, całego świata! Biedna zakonnica prosiła nas o to, żebyśmy się modlili w przeróżnych Łagiewnikach, żebyśmy się modlili o zbawienie świata. Niechby więc z każdego miejsca szła pokorna prośba. Niech Ojciec Święty zechce nam to pokazać. A konsekracja kościoła? Wszyscy wiemy, że to tylko znak. Nie chodzi o to, żeby zbudować świątynię, ale o to, by dać światu znak, budować drogę Miłosierdzia, bo tylko przygarnięcie się z ufnością do Miłosiernego Boga może dać światu pokój”. – Oto jesteśmy w tym świętym miejscu i wspominamy tych, którzy tę świątynię wznieśli. Którzy tchnęli ducha do tej Porcjnkuli. Którzy ubogacili to święte miejsce. Ale wspominając tamto wydarzenie sprzed 20 laty wyrażamy wielką wdzięczność – pragniemy razem z Matką Najświętszą, naszymi patronami, św. Siostrą Faustyną, św. Janem Pawłem Wielkim wyśpiewać dziękczynny Magnificat za dzieło tej Porcjunkuli. Składając dziękczynienie za życie i posługę kard. Franciszka, ale prosząc również, ażeby jak najchętniej przybywali tutaj ci, którzy szukają miłosierdzia Bożego. Ażeby włączali się w ten nurt wołania o miłosierdzie Boże dla nas i całego świata. A my idąc do ołtarza Pańskiego, wpatrując się w oblicze Jezusa Miłosiernego, patrzmy również w oblicze śp. kard. Franciszka i z całego serca dziękujmy za jego życie i posługę, ale również z wielką gorliwością prośmy, aby jak najrychlej „Biedaczyna z Krakowa”, jak twórca tej Porcjunkuli został wyniesiony do chwały ołtarzy – zakończył kazanie bp Zając.