Rada Programowa pełni funkcję doradczą i opiniotwórczą. Jej członkowie nakreślają kierunki działalności i rozwoju Instytutu oraz oceniają realizację celów statutowych.

W Radzie Programowej Instytutu Dialogu Międzykulturowego im. Jana Pawła II, oprócz marszałka Witolda Kozłowskiego, zasiądą również: Bogusław Kośmider - Zastępca Przewodniczącego, Barbara Dziwisz – Sekretarz, Rafał Bochenek, prof. dr. hab. inż. Jan Tadeusz Duda, Wojciech Grzeszek, Urszula Nowogórska, Jacek Krupa, ks. Robert Tyrała, ks. Robert Pietrzyk, o. prof. Jarosław Kupczak, ks. prof. Jan Machniak, Elżbieta Koterba, Jerzy Muzyk, Marta Nowak, Marta Witkowicz, Stanisław Dziedzic i Tadeusz Jakubowicz.

“Dziękuję za zaufanie. Ta nominacja, w roku pięknego jubileuszu 100-lecia urodzin Jana Pawła II, jest dla mnie bardzo ważna. Cieszę się, że wspólnie z instytutem będziemy mogli godnie uczcić tę wyjątkową rocznicę, organizując szereg wydarzeń związanych z postacią Papieża Polaka” - mówił marszałek Witold Kozłowski.

Instytut Dialogu Międzykulturowego im. Jana Pawła II w Krakowie jest samorządową instytucją kultury, którą tworzą Województwo Małopolskie, Gmina Miejska Kraków oraz Centrum Jana Pawła II „Nie lękajcie się!”. Od 1 stycznia 2009 r. celem działania Instytutu jest zachowanie i promowanie dziedzictwa, które pozostawił po sobie Ojciec Święty Jan Paweł II oraz dialog między religiami i kulturami.