Nabożeństwo pokutne sprawowane było w Sali Królewskiej Pałacu Apostolskiego. Punktem wyjścia do refleksji była przypowieść o synu marnotrawnym. „Podobnie jak syn marnotrawny musimy wyznać swe winy i przekonać braci, odzyskać na nowo ich zaufanie i przywrócić wolę współpracy z nami, aby przyczyniać się do budowania królestwa Bożego” – mówił w rozważaniu abp Philip Naameh z Ghany. Wskazał, że Ewangelia o synu marnotrawnym przypomina zgromadzonym, iż powinni głosić ją nie tylko innym, ale przede wszystkim zastosować do samych siebie, dostrzec samych siebie jako synów marnotrawnych. „Podobnie jak syn marnotrawny, domagaliśmy się również naszego dziedzictwa, otrzymaliśmy je, a teraz je marnujemy. Obecny kryzys wykorzystywania jest jego wyrazem” – podkreślił. „Nazbyt często milczeliśmy, odwracaliśmy wzrok, unikaliśmy konfliktów – byliśmy nazbyt zadowoleni z siebie, by stawić czoła ciemnym stronom naszego Kościoła. W ten sposób roztrwoniliśmy zaufanie, jakie w nas pokładano - zwłaszcza w odniesieniu do nadużyć w zakresie odpowiedzialności Kościoła, która jest naszym głównym obowiązkiem. Nie zapewniliśmy ludziom ochrony, do której mieli prawo, zniszczyliśmy nadzieję a ludziom w sposób brutalny zadano gwałt na ciele i duszy” – stwierdził abp Naameh. Przewodniczący episkopatu Ghany przypomniał, że syn marnotrawny stracił wszystko - nie tylko majątek, ale także status społeczny, czyste sumienie, reputację. „Nie powinniśmy się dziwić, jeśli doznajemy tego samego losu, jeśli ludzie mówią o nas źle, istnieje nieufność wobec nas, jeśli niektórzy grożą wycofaniem swego materialnego wsparcia. Nie powinniśmy narzekać, ale raczej zadać sobie pytanie, jak powinniśmy teraz inaczej postępować” – mówił kaznodzieja przypominając biskupom, że ponoszą odpowiedzialność za wszystkich członków wspólnoty Kościoła i za ludzkość jako całość. Wskazał, że teraz największym wyzwaniem pozostaje odzyskanie utraconego zaufania.

Po chwili ciszy wybrzmiało świadectwo kolejnej z ofiar, młodego człowieka z Ameryki Łacińskiej, który doznał wykorzystywania przez osobę duchowną. Nie mówił o szczegółach nadużycia, ale o jego drastycznych skutkach dla jego życia fizycznego i duchowego. Mężczyzna wyznał, że nie jest w stanie pojednać tych dwóch światów, czyli życia sprzed doznanej przemocy i tego, co było potem. „Im większe jest pragnienie pojednania tych dwóch światów, tym boleśniejsza jest pewność, że nie jest to możliwe. Nie ma snu bez nawracających wspomnień o tym, co się wydarzyło i nie ma ani jednego dnia bez przywołania tego” – mówił mężczyzna w swym przejmującym świadectwie.

Następnie wybrzmiał mocny rachunek sumienia. Wprowadził do niego Franciszek podkreślając, że przez ostatnie trzy dni rozmawiano i słuchano głosów ofiar przestępstw, które dzieci i młodzież ucierpiały w naszym Kościele. „Pytaliśmy się nawzajem: jak możemy odpowiedzialnie działać, jakie kroki możemy teraz podjąć. By móc wejść w przyszłość z odnowioną odwagą musimy powtórzyć za synem marnotrawnym: «Ojcze, zgrzeszyłem»” – wskazał Ojciec Święty. Papież podkreślił, że potrzeba konkretnych działań ze strony lokalnych Kościołów, członków episkopatów i wszystkich wierzących. Domaga się to szczerego spojrzenia na sytuację, która panuje w poszczególnych krajach.

Rachunek sumienia był serią bardzo konkretnych pytań. Dotyczyły najpierw ofiar, następnie sprawców, a w końcu wszystkich wierzących, którzy pośrednio ucierpieli w wyniku nadużyć. Biorąc pod uwagę fakt, że na watykański szczyt zostali zaproszeni przewodniczący poszczególnych episkopatów nie był to generalny rachunek sumienia, ale dotyczył sytuacji w ich konkretnych krajach. Pytania wypowiedziano po angielsku: „Jakie nadużycia zostały popełnione wobec nieletnich i młodzieży przez duchownych i innych członków Kościoła w moim kraju? Co wiem o ludziach, którzy w mojej diecezji padli ofiarą nadużyć i gwałtów księży, diakonów i zakonników? Jak w moim kraju Kościół zachował się wobec tych, którzy doświadczyli nadużyć sumienia i seksualnych? Jakie przeszkody postawiliśmy na ich drodze? Czy ich wysłuchaliśmy? Czy staraliśmy się im pomóc? Czy domagaliśmy się dla nich sprawiedliwości? Czy stanąłem na wysokości powierzonej mi odpowiedzialności? W Kościele w moim kraju, jak postępowaliśmy z biskupami, księżmi, diakonami i zakonnikami oskarżonymi o przemoc fizyczną? Jak postępowaliśmy wobec tych, których przestępstwa zostały udowodnione? Co zrobiłem sam osobiście, by powstrzymać niesprawiedliwość i zaprowadzać sprawiedliwość? Co zaniedbałem? W naszych krajach, ile uwagi poświęciłem ludziom, których wiara została doświadczona, którzy ucierpieli i w pośredni sposób zostali mocno zranieni przez te fakty? Czy istnieje forma pomocy dla rodzin i bliskich ofiar? Czy otoczyliśmy wsparciem ludzi w parafiach, w których oskarżeni lub winni działali? Jakie kroki podjęliśmy, by zapobiec kolejnym niesprawiedliwościom?”.

Po rachunku sumienia nastąpiło zbiorowe wyznanie grzechów i win: „Wyznajemy, że biskupi, kapłani, diakoni i zakonnicy w Kościele dopuścili się przemocy wobec nieletnich i młodzieży i nie udało nam się ochronić tych, którzy najbardziej potrzebowali naszej pomocy. Wyznajemy, że chroniliśmy sprawców i zmuszaliśmy do milczenia, tych którzy doświadczyli zła. Wyznajemy, że nie uznaliśmy cierpienia wielu ofiar i nie zapewniliśmy im odpowiedniej pomocy. Wyznajemy, ż często my, biskupi nie stanęliśmy na wysokości naszej odpowiedzialności. Wyznajemy, że zgrzeszyliśmy myślą, mową, czynem i zaniedbaniem”. Nabożeństwo pokutne zakończyło się błaganiem o Boże miłosierdzie za popełnione grzechy. „Prosimy o przebaczenie za nasze grzechy. Prosimy o łaskę przezwyciężenia niesprawiedliwości i praktykowania sprawiedliwości wobec ludzi powierzonych naszej opiece” - modlili się uczestnicy watykańskiego szczytu podczas liturgii pokutnej. Modlitwę zakończyło odśpiewanie „Ojcze nasz”, przekazania sobie znaku pokoju oraz papieskie błogosławieństwo.