XVII wiek. Do Europy docierają niepokojące wieści z odizolowanej od świata Japonii. W kraju, w którym trwa bezwzględna walka szogunatu z chrześcijaństwem, wiara i przekonania poddawane są najcięższej próbie. Nie wszyscy potrafią znieść zadawane im cierpienia. Niektórzy wyrzekają się Chrystusa.

Gdy pojawiają się pogłoski o wyparciu się wiary przez prowincjała ojca Ferreirę, dwaj młodzi jezuici potajemnie przedostają się do Kraju Kwitnącej Wiśni, by odszukać swojego mistrza. To, co zobaczą, każe im zadać sobie pytania o własną wiarę.

Oparta na prawdziwych wydarzeniach książka Shusaku Endo to opowieść o Bogu patrzącym w milczeniu na ludzkie cierpienie i ludziach próbujących to milczenie zrozumieć.

Martin Scorsese, zafascynowany powieścią, chciał sfilmować tę historię już 25 lat temu. W końcu mu się to udało. 30 lat po „Misji” powstało kolejne filmowe arcydzieło mówiące o zderzeniu dwóch cywilizacji i religii.

Shusaku Endo (1923–1996) – jeden z najwybitniejszych pisarzy japońskich XX wieku. „Milczenie” jest najważniejszą książką w jego twórczości.