Wśród zwiedzających przeważającą część - ponad 80% - stanowią Polacy, jednak Muzeum jest też celem podróży wielu zagranicznych turystów. Najwięcej przybywa ich z Włoch - ponad 5% ogółu zwiedzających, Francji, Stanów Zjednoczonych, Hiszpanii, Słowacji oraz z Niemiec. W pierwszej dziesiątce znajdują się także Brazylia, Austria i Wielka Brytania.

Do miejsca narodzin św. Jana Pawła II przybywają ludzie z całego świata. Do tej pory Muzeum gościło pielgrzymów z ponad 100 krajów, wśród nich z Arabii Saudyjskiej, Barbados, Burkina Faso, Gabonu, Kuby, Mauritius, Wybrzeża Kości Słoniowej, Nowej Zelandii, Chin, Zambii, Kenii czy RPA.

Muzeum w nowej formule po przebudowie działa od kwietnia 2014 roku. Autorami ekspozycji stałej są Barbara i Jarosław Kłaputowie. Przechodząc przez 16 stref tematycznych na czterech kondygnacjach kamienicy, zajmujących 1200 m2 powierzchni, poznajemy kolejne etapy życia Karola Wojtyły - Jana Pawła II: od domu rodzinnego w Wadowicach, gdzie „wszystko się zaczęło”, po dom, którym stał się dla niego cały świat. Odkrywamy przedwojenne Wadowice, wędrujemy z Ojcem Świętym w góry, poznajemy kontekst historyczny jego działalności i wyruszamy w 104 podróże apostolskie. W Muzeum możemy też towarzyszyć Janowi Pawłowi II w jego odchodzeniu do Domu Ojca oraz zgłębić jego drogę do świętości. 

W Muzeum udostępnianych jest blisko 200 autentycznych pamiątek związanych z życiem Jana Pawła II i jego rodziny oraz 140 archiwalnych zdjęć. Wciąż gromadzone są nowe eksponaty, ofiarowywane najczęściej przez osoby z kręgu Jana Pawła II, jak np. osobiste pamiątki przekazane Muzeum przez Benedykta XVI w 2017 roku.

Muzeum łączy w harmonijny sposób zastosowanie nowoczesnych rozwiązań technologicznych i multimedialnych z tradycyjną prezentacją eksponatów, co każdemu zwiedzającemu pozwala odnaleźć coś dla siebie i poznać lub odkryć na nowo bogactwo życia Papieża z Wadowic.

Dom Rodzinny Ojca Świętego Jana Pawła II prowadzi nie tylko działalność wystawienniczą, ale też naukową i edukacyjną. Co roku odbywają się konferencje naukowe i koncerty z okazji papieskich rocznic, a dzieci i młodzież mogą brać udział w warsztatach muzealnych.