Minister szczególnie chwalił pomysł zainstalowania w obiekcie repliki Drzwi Świętych z bazyliki św. Piotra w Rzymie. Autorzy projektu graficznego Barbara i Jarosław Kłaputowie powiedzieli w rozmowie z KAI, że te drzwi w przeciwieństwie do watykańskich, będą widoczne z dwóch stron. Zamieszczony zostanie napis „Otwórzcie drzwi Chrystusowi”, kluczowy dla pontyfikatu Jana Pawła II, który będzie eksponowany w 10 językach m.in. w chińskim i rosyjskim, a więc tych krajów, do których Jan Paweł II nie został wpuszczony.

Kard. Dziwisz pytany przez dziennikarzy czy podzieli się swymi licznymi pamiątkami po Ojcu Świętym z muzeum w Wadowicach odpowiedział dyplomatycznie: „Muzeum należy do wszystkich Polaków i będziemy do nich apelować, żeby przysyłali cenne pamiątki związane z Janem Pawłem II. Zresztą jest ich teraz tak dużo, że autorzy ekspozycji będą mieli problemy z ich umieszczeniem”.

Docelowo ekspozycja muzeum powiększy się czterokrotnie – do ponad tysiąca metrów kwadratowych, na czterech kondygnacjach. Znajdą się w niej elementy oryginalnego wyposażenia, osobiste rzeczy Jana Pawła II oraz rękopisy. Ekspozycja będzie opowieścią o człowieku – od jego urodzenia do śmierci. 
Mieszkaniu Wojtyłów przywrócony zostanie wygląd z lat 20. ubiegłego wieku, który oddaje klimat domu rodzinnego. Zrekonstruowana zostanie także elewacja kamienicy do postaci z przełomu XIX i XX wieku.

Projekt przebudowy muzeum oraz aranżację wnętrz opracowali Barbara i Jarosław Kłaputowie, współpracujący przy projektowaniu Muzeum Powstania Warszawskiego. Współfinansowania projektu podjęły się Ministerstwo Kultury i Dziedzictwa Narodowego, województwo małopolskie i gmina Wadowice.