Na początku homilii metropolita nawiązał do słów z Ewangelii św. Jana: „Było to przed Świętem Paschy. Jezus, wiedząc, że nadeszła godzina Jego, by przeszedł z tego świata do Ojca, umiłowawszy swoich na świecie, do końca ich umiłował”. W tym zdaniu jawi się tajemnica Syna Bożego, który stał się człowiekiem, dostępując w ten sposób pierwszego stopnia kenozy, czyli wyniszczenia. Drugim jej etapem jest przejście ze świata do Ojca.

Pierwsze zdanie odczytanej Ewangelii wskazuje na to, kim jest Jezus. Chrystus wie, że od Boga wyszedł i do Niego idzie. Jednocześnie Zbawiciel jest człowiekiem – zostały ukazane Jego relacje z innymi. Wydarzenia paschalne dają pełną odpowiedź na pytanie, dlaczego Bóg stał się człowiekiem. Prawdę o człowieczeństwie Jezusa wyrazi za kilkanaście godzin Piłat, gdy wskazując umęczonego i ukoronowanego cierpieniem Pana, powie: „Oto człowiek”.

Prawda o Jezusie-Bogu, a zarazem człowieku znajduje potwierdzenie w wydarzeniach ostatniej wieczerzy. Zbawiciel jawi się jako człowiek w momencie umywania uczniom nóg oraz podczas wygłaszania nauki do zebranych apostołów. Opis pierwszej Eucharystii, przekazany przez św. Pawła wskazuje na moc Chrystusa-Syna Bożego. W czasie ostatniej wieczerzy Jezus dokonał niezwykłego cudu, przekraczającego moce ludzkie.

Św. Jan Paweł II pisał w liście do kapłanów, że postacie chleba i wina pozostają te same, jednak ich substancja dzięki mocy Chrystusa i działania Ducha Świętego, przemienia się w substancję ciała i krwi Jezusa. Na ołtarzu jest zatem obecny sam Chrystus, umarły i zmartwychwstały, w jedności człowieczeństwa i bóstwa. W encyklice „Ecclesia de Eucharistia” papież przywoływał słowa św. Cyryla, który zachęcał: „Nie dostrzegaj w chlebie iwinie prostych i naturalnych elementów, ponieważ Pan sam wyraźnie powiedział, że są Jego Ciałem i Jego Krwią: potwierdza to wiara, chociaż zmysły sugerują ci coś innego”. – Przemienia się istota. To już nie chleb, to ciało Chrystusa. To już nie wino, to Jego przenajświętsza krew. To sprawia, że klękamy z największą czcią – powiedział arcybiskup. „Przez Komunię otrzymujemy Tego, który ofiarował się za nas, otrzymujemy Jego Ciało, które złożył za nas na Krzyżu, oraz Jego Krew, którą przelał «za wielu (…) na odpuszczenie grzechów»” – pisał św. Jan Paweł II w dalszej części encykliki. Jezus zapewnia, że zjednoczenie na wzór zjednoczenia w życiu trynitarnym, naprawdę się realizuje. „Nie chodzi tu pokarm w sensie metaforycznym: «Ciało moje jest prawdziwym pokarmem, a Krew moja jest prawdziwym napojem»” – zauważał papież.

Św. Jan Paweł II w przywołanej encyklice przypominał słowa św. Efrema, który mówił, że Chrystus nazwał chleb swoim Ciałem, napełnił go samym sobą i swoim Duchem, a kto go spożywa, spożywa Ogień i Ducha. Ojciec święty wskazywał, że w Trzeciej Modlitwie Eucharystycznej kapłan wypowiada słowa: „Spraw, abyśmy posileni Ciałem i Krwią Twojego Syna napełnieni Duchem Świętym, stali się jednym ciałem i jedną duszą w Chrystusie”. – Kapłan, uczestniczący w Eucharystii in persona Christi, dokonuje mocą Ducha Świętego rzeczy prawdziwie niewyobrażalnych: mocą słów Chrystusa, które wykwitają na jego wargach, a przede wszystkim mocą Ducha Świętego. Chleb staje się Chrystusowym ciałem, wino Chrystusową krwią. W to właśnie wierzy i to głosi całemu światu święty, katolicki, apostolski Kościół – podkreślił metropolita.

Metropolita przypomniał pieśń „Rzućmy się wszyscy społem”, w której jest mowa o tym, że pod przymiotami chleba i wina jest utajony Bóg, a jeśli ktoś temu nie wierzy, ma dowód dany na ostatniej wieczerzy. Chrystus przemienił wtedy wino w krew, a chleb w ciało i tę moc pozostawił kapłanom.

„Niech świat się dowie, że ja miłuję Ojca i że tak czynię jak mi Ojciec nakazał” – powiedział Jezus podczas ostatniej wieczerzy. Potem padły z Jego ust nieoczekiwane słowa, gdy kazał apostołom wstać i razem z Nim udać się do Getsemani. To tam znów będzie można ujrzeć Chrystusa jako człowieka: umęczonego, przerażonego, samotnego. Tajemnicę konania Jezusa i tego, co się stało podczas ostatniej wieczerzy, opisał słynny matematyk, fizyk i myśliciel Blaise Pascal. Zauważał on, że Jezus szukał pociechy u przyjaciół, a oni zasnęli i opuścili Go bez współczucia. Chrystus znajdował się w ogrodzie męki, cierpiąc w okropności nocy. Zbawiciel skarżył się, ponieważ nie mógł powstrzymać bezmiernego smutku. „Jezus będzie konał aż do skończenia świata; nie wolno nam spać przez ten czas” – pisał Pascal. Chrystus cierpiąc odsunął się od swoich uczniów, gdy nadchodziła męka. Arcybiskup zakończył słowami Blaise Pascala: „Jezus cierpi męki i najsroższe udręczania, módlmy się tedy dłużej”.

Podczas Mszy Wieczerzy Pańskiej w katedrze na Wawelu miał miejsce obrzęd mandatum. Metropolita krakowski abp Marek Jędraszewski obmył nogi mężczyznom z Domu Pomocy Społecznej im. Św. Brata Alberta w Ojcowie, prowadzonego przez braci albertynów.