Po modlitwach za zmarłego króla wydano polecenie odkręcenia wieka. Szczątki króla, co zaskoczyło przybyłych konserwatorów, znajdują się w drugiej, prostej, dużej miedzianej trumnie. Sądzono dotychczas, że są one zdeponowane w niewielkiej skrzyni umieszczonej w sarkofagu. Sarkofag zostanie przewieziony do pracowni konserwatorskiej, natomiast trumna pozostanie w krypcie. Gdy zostaną podjęte ostateczne decyzje o renowacji całej krypty czasowo będzie przeniesiona do krypty Leonarda.

Król Stefan Batory zmarł w Grodnie 12 grudnia 1586. Pogrzeb w katedrze wawelskiej w krypcie pod kaplicą Mariacką odbył się 23 maja 1588. Króla pochowano w sarkofagu wykonanym przez złotników gdańskich.