Franciszek Ziejka urodził 3 października 1940 r. w Radłowie. W latach 1958–1963 studiował filologię polską na Uniwersytecie Jagiellońskim w Krakowie. Po ukończeniu studiów rozpoczął pracę w Instytucie Filologii Polskiej UJ. W 1971 r. uzyskał stopień naukowy doktora, broniąc rozprawy poświęconej symbolice „Wesela” Stanisława Wyspiańskiego. Habilitował się w 1982 r. W 1991 r. otrzymał tytuł profesora nauk humanistycznych. W 1998 r. został profesorem zwyczajnym.

W latach 1988–1989 był wicedyrektorem Instytutu Filologii Polskiej, a od 1990 do 1993 r. dziekanem Wydziału Filologicznego. W latach 1993–1999 pełnił funkcję prorektora ds. ogólnych, a od 1999 do 2005 sprawował funkcję rektora UJ.

Przez sześć lat przewodniczył Kolegium Rektorów Szkół Wyższych Krakowa, a przez trzy lata był przewodniczącym Konferencji Rektorów Akademickich Szkół Polskich (2002–2005). Był członkiem czynnym Polskiej Akademii Umiejętności. Od wielu lat reprezentował Polską Akademię Umiejętności w Association Bibliothèque Polonaise de Paris (instytucji będącej formalnie właścicielem Biblioteki Polskiej w Paryżu); wchodził także w skład Conseille Scientifique tejże biblioteki. Był członkiem Komisji ds. Etyki w Nauce przy Polskiej Akademii Nauk oraz Kapituły Nagród Premiera Rządu RP.

Wykładał ponad siedem lat na uniwersytetach francuskich (w Aix-en-Provence oraz w Paryżu); natomiast na Uniwersytecie Narodowym w Lizbonie założył pierwszy w dziejach Portugalii lektorat języka i kultury polskiej. Był członkiem komitetów redakcyjnych kilku pism naukowych.

Przewodniczył Społecznemu Komitetowi Odnowy Zabytków Krakowa (od 2005 r.), Radzie Fundacji Panteon Narodowy w Krakowie oraz Radzie Muzeum Narodowego w Krakowie, był także członkiem Rady Muzeum Historycznego Miasta Krakowa oraz Rady Muzeum „Zamek Królewski na Wawelu". Za zasługi dla Krakowa i jego mieszkańców odznaczony został odznaką „Honoris gratia”.

Był honorowym obywatelem Tarnowa, Sanoka i Radłowa. Otrzymał liczne odznaczenia polskie i zagraniczne, m.in.: Krzyż Komandorski Orderu Odrodzenia Polski, Medal Gloria Artis, Wielki Złoty Krzyż za Zasługi na Rzecz Republiki Austrii; Palmes Academiques, Ordre National du Mérite oraz Legia Honorowa – Chevalier (Francja); Krzyż Mauthausen Pro meritis; Grande Oficial da Ordem do Mérito (Portugalia); Wielki Krzyż Orderu Zasługi Republiki Federalnej Niemiec.