W centralnym punkcie homilii Franciszek nawiązał do przeżywanego przez katolików Roku Miłosierdzia. Podkreślił, że nie możemy autentycznie dążyć do jedności, jeśli nie zdamy się w pełni na miłosierdzie Ojca. Oznacza to przede wszystkim prosić o przebaczenie za grzech naszych podziałów, stanowiących otwartą ranę w Ciele Chrystusa.

„Jako Biskup Rzymu i pasterz Kościoła katolickiego chcę prosić o miłosierdzie i przebaczenie za nieewangeliczne postawy katolików względem chrześcijan z innych Kościołów - mówił Papież. – Zarazem proszę wszystkich braci i siostry katolików, aby przebaczyli, jeśli dziś lub w przeszłości doznali krzywdy ze strony innych chrześcijan. Nie możemy wymazać tego, co się stało, ale nie chcemy pozwolić, by ciężar dawnych win zatruwał nasze relacje”.

Punktem wyjścia papieskich rozważań było doświadczenie św. Pawła, który z prześladowcy Chrystusa stał się Jego głosicielem. Przeobfitość Bożego miłosierdzia jest jedyną racją, na której opiera się posługa Pawła a zarazem główną treścią nauczania, które jako Apostoł ma głosić wszystkim.

Franciszek zauważył, że podobne odczucia spotykamy również w pierwszych wspólnotach Kościoła. Są one małe i słabe, zagrożone prześladowaniami, a zarazem świadome swego niezwykłego powołania.

„W tych pierwszych chrześcijanach, podobnie jak i w nas ochrzczonych, budzi otuchę, jak i nieprzemijające zdumienie, świadomość, że zostaliśmy wybrani do udziału w Bożym planie zbawienia, urzeczywistnionym przez Jezusa Chrystusa i w Kościele. Dlaczego, Panie, właśnie ja? Dlaczego właśnie my? Dotykamy tu tajemnicy miłosierdzia i Bożego wyboru: Ojciec kocha wszystkich i wszystkich chce zbawić. I właśnie dlatego wybiera niektórych, zdobywając ich swą łaską, aby poprzez nich Jego miłość mogła dotrzeć do wszystkich” – mówił Franciszek.

Papież nawiązał też do tematu tegorocznego Tygodnia Modlitw o Jedność Chrześcijan: Wezwani, by ogłaszać wielkie dzieła Pana.

„Pomimo różnic, które jeszcze nas dzielą, uznajemy z radością, że u początków życia chrześcijańskiego zawsze jest powołanie, które wychodzi od samego Boga – powiedział Ojciec Święty. – Możemy iść naprzód po drodze wiodącej do pełnej i widzialnej jedności chrześcijan nie tylko wtedy, kiedy zbliżamy się do siebie nawzajem, ale przede wszystkim w tej mierze, w jakiej nawracamy się do Pana, który przez swą łaskę wybrał nas i powołał do bycia Jego uczniami. A nawrócić się oznacza pozwolić, by Pan żył w nas i działał. Dlatego też, kiedy chrześcijanie różnych Kościołów słuchają Słowa Bożego i starają się wprowadzić je w życie, to niewątpliwie czynią tym samym ważne kroki na drodze ku jedności. A poza tym nie tylko wspólne powołanie nas łączy. Wspólna jest nam również ta sama misja: głosić wszystkim wspaniałe dzieła Pana. Jak św. Paweł, również i my nie możemy nie głosić miłosiernej miłości, która nas zdobyła i przemieniła. Będąc jeszcze w drodze do pełnej jedności między nami, możemy już rozwijać różne formy współpracy dla szerzenia Ewangelii. A idąc razem i ze sobą współpracując, zdajemy sobie sprawę, że już jesteśmy zjednoczeni w imię Pana”.

Na zakończenie homilii w czasie ekumenicznych nieszporów w Bazylie św. Pawła Franciszek zachęcił do nie ustawania w modlitwie o jedność. Zapewnił, że wspierają nas w niej męczennicy, którzy już teraz doświadczają pełnej jedności w obecności Boga Ojca.