W trakcie prac archeologicznych pod posadzką świątyni natrafiono na rotundę zbudowaną z piaskowca oraz prostokątny przedromański kościół datowany na przełom X/XI w.- To bardzo cenne znalezisko, ponieważ w tej części Polski a nawet Europy nie mamy dwóch kościołów przedromańskich postawionych jeden na drugim w tym samym okresie - mówi prowadzący prace - Jacek Czuszkiewicz.

Po części potwierdziły się więc hipotezy prof. Wiktora Zina, który jeszcze w latach 60. przekonywał, że na rotundzie postawiony jest kościół romański zbudowany z kostki wapiennej. Dwa lata temu posadzka w kościele zaczęła się zapadać, archeolodzy wzięli się więc ostro do pracy a jej wyniki przeszły najśmielsze oczekiwania. - Jak się okazuje, wpierw powstała rotunda z półkolistą absydką ołtarzową od wschodu, której korpus wykraczał poza mury dzisiejszego kościoła, jeszcze w wieku XI zastąpił ją kościół prostokątny. Na pewno obie budowle są najpóźniej z połowy wieku XI a może i X - dodaje prof. Bogusław Krasnowolski ze Społecznego Komitetu Odnowy Zabytków Krakowa.

Pod posadzką świątyni odnaleziono też liczne groby, zdaniem archeologów należące do znanych osobistości. - Cały kościół usiany jest pochówkami z różnego okresu, wszyscy sławniejsi i bogatsi chcieli chować się jak najbliżej Boga więc to na pewno mogiły znaczniejszych osób - tłumaczy Jacek Czuszkiewicz.

Według badaczy wokół świątyni znajduje się też przykościelny cmentarz, w przyszłym sezonie chcą więc prowadzić wykopaliska właśnie na zewnątrz kościoła. Prace mają potrwać do jesieni, Społeczny Komitet Odnowy Zabytków Krakowa planuje, by w przyszłości powstał tam rezerwat archeologiczny, wszystko rozbija się jednak o pieniądze, priorytetem jest więc zabezpieczenie obecnych znalezisk. - Do tej pory kościół był otwarty tylko kilka razy w roku, mamy nadzieję, że po zakończeniu prac uda nam się go udostępnić w szerszym zakresie. Możliwe, że od wiosny do jesieni będzie można go zwiedzać np. w weekendy - mówi ks. Antoni Bednarz proboszcz parafii św. Józefa do której należy kościółek.

Kościół św. Benedykta znajduje się na Wzgórzu Lasoty. Jego powstanie  przypisuje się benedyktynom z Tyńca, którzy w XI i XII wieku obsługiwali także kaplicę na Skałce i katedrę na Wawelu, a ponieważ mieli ziemię również na Krzemionkach, jest możliwe, że kościół był ich dziełem. Świadczy o tym również nazwa pochodząca od patrona zakonu.

Nie wiadomo dlaczego kościół popadł w ruinę. Świątynię odnowił dopiero ks. Mikołaj Drozdowski w 1598 r. W tym samym roku dotychczasowi opiekunowie kościółka (Krzysztof z Komorowa oraz Zbigniew z Brześcia Lanckoroński) przekazali prawo patronatu nad świątynią zakonnikom z klasztoru św. Ducha. Od tamtego czasu w kościele odprawiano Mszę św. w każdy piątek. Po I rozbiorze zakonnicy nie mogli opiekować się kościółkiem, ale  Eucharystie sprawowano w nim jeszcze przez kilkanaście lat dzięki kapłanowi, którego z Krakowa sprowadził podgórzanin Jędrzej Haller. W wieku XIX austriackie władze wojskowe zadecydowały o zburzeniu kościółka, bo ograniczał pole ostrzału z pobliskiego Fortu 31 "św. Benedykt". Sprzeciwił się temu ówczesny proboszcz podgórski ks. Jan Komperda, który odwołał się do władz centralnych w Wiedniu. Dzięki staraniom proboszcza niszczejący już kościół ocalał i został wyremontowany.