Na początku o. Filemon Janka OFM przypomniał o okazji, która zgromadziła wszystkich w Morskim Kościele, kolebce „Solidarności” – 40. rocznicy śmierci bł. ks. Jerzego Popiełuszki. Powitał zebranych, a wśród nich abp. Marka Jędraszewskiego. Przypomniał, że zarówno ks. Popiełuszko, jak i św. Jan Paweł II, którego relikwie zostały wprowadzone przy tej okazji do świątyni, zajmują w historii Polski wyjątkowe miejsce.

W homilii metropolita krakowski zwrócił uwagę, że czytania dnia mówią o Jezusie w dwóch odsłonach. Pierwsza z nich to zapowiedź tego, co stanie się udziałem Chrystusa w postaci wizji proroka Izajasza, odnoszącej się do cierpiącego sługi Jahwe. Druga odsłona wskazuje na Jezusa-Arcykapłana. Została ona zawarta w liście do Hebrajczyków, do którego nawiązywał św. Jan Paweł II w dniu inauguracji pontyfikatu, gdy wołał: „Nie bójcie się, otwórzcie na oścież drzwi Chrystusowi”.

Abp Marek Jędraszewski przypomniał pielgrzymkę Ojca Świętego do ojczyzny w 1983 r. Podkreślał przy tym, że niektóre środowiska obawiały się wówczas, że władze użyją papieża do legitymizacji swej polityki, jednak Jan Paweł II zdawał sobie z tego sprawę. „Pocałunek ojczystej ziemi porównałem do ucałowania rąk matczynych. Niech on będzie również pocałunkiem pokoju dla wszystkich, którzy w jakikolwiek sposób zechcą się znaleźć w tej wielkiej pielgrzymiej wspólnocie papieża Polaka. Pax Vobis! Pokój Tobie, Polsko! Ojczyzno moja! Pokój Tobie!” – cytował słowa świętego z lotniska na Okęciu kaznodzieja. Przywołał również fragment przemówienia Ojca Świętego z kolejnego dnia tej pielgrzymki, ze spotkania w Belwederze, w których Jan Paweł II wskazywał na cel swojej wizyty, mówiąc o trudnym czasie i trudnych nadziejach: „Podobnie jak w czasie moich poprzednich odwiedzin pragnę na końcu stwierdzić, że każde prawdziwe dobro mojej Ojczyzny będę nadal uważał za moje dobro, tak jakbym nadal mieszkał na tej ziemi, a może nawet bardziej jeszcze z racji oddalenia”.

Metropolita krakowski podzielił się także osobistymi wspomnieniami tych wydarzeń, kiedy jako młody kapłan współtworzył komitet organizacyjny pielgrzymki. Jak opowiadał arcybiskup, w pewnym momencie organizator pielgrzymek z ramienia Watykanu o. Roberto Tucci SJ powiedział, że papież życzy sobie zejść do krypty, by pomodlić się przy grobie abp. Antoniego Baraniaka. Gen. Konrad Straszewski zapytał wówczas, kim był abp Antoni Baraniak, młody ksiądz odparł, że był niezłomnym kapłanem, torturowanym w więzieniu na Mokotowie. „Był pewnie tak niewinny jak teraz ten Popiełuszko!” – abp Jędraszewski przywołał odpowiedź twórcy i pierwszego szefem tzw. Grupy D, która zajmowała się dezintegracją Kościoła w Polsce. Dowodzonej przez Straszewskiego grupie przypisuje się zabójstwa księży związanych z opozycją demokratyczną w PRL: Jerzego Popiełuszki, Sylwestra Zycha, Romana Kotlarza, Stefana Niedzielaka, Stanisława Suchowolca, Antoniego Kija, Stanisława Kowalczyka i Stanisława Palimąki. Z tej też grupy zrodził się przed wizytą papieża dokument, który miał organizować pracę SB, by zminimalizować pozytywne skutki pielgrzymki Ojca Świętego. Nazwisko ks. Popiełuszki – jak podkreślił metropolita krakowski – pojawiało się w nim kilkanaście razy, co świadczy, jak bardzo głęboko był rozpracowywany już wówczas przez Służbę Bezpieczeństwa.

Kaznodzieja przypomniał, że ks. Jerzy Popiełuszko był celem wzmożonej inwigilacji już od połowy 1982 r., gdy przejął pieczę nad Mszami za Ojczyznę, a jego postać zaznaczyła się także w tragicznych dniach maja 1983 roku, gdy w kościele św. Stanisława Kostki odprawiono Mszę św. żałobną za duszę Grzegorza Przemyka i odbył się manifestacyjny pogrzeb. „Czuję się coraz bardziej przez nich [funkcjonariuszy SB] zaszczuty, ale dobry Bóg daje mi dużo siły duchowej, a i siły fizycznej też nad podziw wiele, chociaż często noce mam mocno zerwane” – arcybiskup przywołał zanotowane wtedy przez ks. Jerzego słowa.

Metropolita krakowski wyliczał kolejne wydarzenia, które naznaczyły życie i posługę przyszłego męczennika. Po pielgrzymce papieża do Polski ks. Jerzy podczas Mszy za Ojczyznę dziękował Bogu za obecność Ojca Świętego. „«Solidarność» ma prawo do istnienia, ponieważ kosztowała bardzo drogo: wielu zapłaciło za nią wolnością, inni – emigracją, jeszcze inni – nawet życiem. […] Sprawiedliwość to równość wobec prawa, niezawisłość sądów, pluralizm, amnestia, naprawienie krzywd, ugoda społeczna. «Solidarność» – to jedność, nadzieja, troska o Ojczyznę, zachowanie wolności i godności, pokonanie lęku” – mówił ks. Jerzy w sierpniu tego samego roku. 30 sierpnia abp Bronisław Dąbrowski otrzymał list, w którym władza domagała się położenia kresu „sytuacjom, jakie stwarza ks. Popiełuszko”.

Najbliżsi koledzy i przyjaciele ks. Jerzego dostrzegali w nim wewnętrzną przemianę. Ks. Bogdan Liniewski przypisywał ją działaniu Ducha Świętego i łaski Bożej. „On się po to urodził, żeby w roku 1980 zaistnieć i żeby być świadkiem Chrystusa w tamtych czasach” – wspominał, a ks. Zdzisław Król, ówczesny kanclerz Kurii warszawskiej po latach mówił, że ks. Popiełuszko był jednym z kapłanów, którzy ratowali honor duchowieństwa. „Ksiądz Jerzy szczerze i głośno upominał się o ludzi skrzywdzonych i dlatego mówiono, że politykuje” – wskazywał ks. Jan Sikorski, a ks. Bogdan Liniewski nie miał wątpliwości, że ks. Jerzy wykonywał pracę Kościoła.

Abp Marek Jędraszewski zauważył podobieństwo pomiędzy Jezusem a ks. Jerzym, który podobnie jak Chrystus, przeczuwał, że zostanie zabity. Przywołał przy tym wspomnienie Anny Szaniawskiej, do której przyszły błogosławiony mówił: „Dla księdza nie ma nic bardziej godnego, niż umierać za Boga i ojczyznę. «Tylko Matuli mi żal»”. Metropolita krakowski nawiązał także do słów ojca ks. Jerzego, który po latach wspominał apel syna, by nie rozpaczali po jego śmierci. Przywołując tragiczne wydarzenia z 1984 r., arcybiskup przypomniał, że morderców kapelana „Solidarności” aresztowano zaledwie pięć dni po jego uprowadzeniu i zamordowaniu. Jeszcze później, 30 października wydobyto ciało ks. Jerzego. Kaznodzieja zwrócił uwagę na fakt, że nawet zabójcy uznali godną postawę kapłana w czasie porwania i bicia, podkreślając, że kapłan nie prosił o darowanie życia za cenę jakichkolwiek ustępstw.

Śmierci ks. Jerzego – jak zauważył arcybiskup – nie można było przemilczeć i doprowadziła ona do przebudzenia społeczeństwa. „Podzielam słuszny niepokój całego społeczeństwa wobec nieludzkiego czynu, który jest wyrazem przemocy dokonanej wobec kapłana oraz jest pogwałceniem godności i niezbywalnych praw osoby. Apeluję do sumień tych, którzy dopuścili się haniebnego czynu i ponoszą zań odpowiedzialność” – cytował słowa papieża Jan Paweł II z 1984 r. Tego samego roku miał miejsce manifestacyjny pogrzeb, w którym uczestniczyła cała Polska. – Do historii Polski, tej najnowszej, przeszedł jako kapelan „Solidarności”. I przeszedł do historii Kościoła jako kolejny świadek Pawłowych słów z listu do Rzymian: „Nie daj się zwyciężyć złu, ale zło dobrem zwyciężaj” – podkreślał metropolita krakowski.

Wspominał również, że św. Jan Paweł II podczas trzeciej pielgrzymki do Polski w 1987 r. długo modlił się przed Najświętszym Sakramentem w kościele św. Stanisława Kostki na warszawskim Żoliborzu, a później uklęknął na ziemi przed grobem ks. Jerzego, położył na nim wiązankę biało-czerwonych róż, objął ramionami płytę nagrobną i ucałował ją. Potem podszedł do Marianny Popiełuszko i powiedział, że dała Polsce wielkiego syna. Abp Marek Jędraszewski przypomniał, że 6 czerwca 2010 r. na pl. Piłsudskiego w Warszawie miała miejsce beatyfikacja ks. Jerzego, w której uczestniczyła mama kapłana, która wyznała wówczas, że Maryja wycierpiała o wiele więcej, a ona sama cierpiała razem z nią. „Byłam we łzach po śmierci syna, teraz jestem w radości. Cieszę się, że Pan Bóg pozwolił doczekać tej chwili” – przywołał słowa Marianny Popiełuszko, wypowiedziane tuż przed beatyfikacją, kaznodzieja.

Na zakończenie arcybiskup nawiązał do pieśni internowanych: „Ojczyzno ma, tyle razy we krwi skąpana” i podkreślił, że jej refren jest nadal aktualny: „O Matko, Matko, Tyś królową polskiego narodu. Tyś wolnością w czasie niewoli. I nadzieją, gdy w sercach jej brak”.