Przybywający do Rzymu pielgrzymi mogą się wyspowiadać w różnych językach świata: angielskim, chińskim, francuskim, hiszpańskim, maltańskim, niemieckim, polskim, portugalskim, rumuńskim, ukraińskim, węgierskim, włoskim, a nawet w języku malayalam, używanym w Indiach. Wśród 14 penitencjarzy aż pięciu wywodzi się z Polski. Każdy zakonnik spowiada 24 godziny na tydzień.

W dzień powszedni spowiedź w Bazylice trwa od godz. 7.00 do 12.30 i od 16.00 do 19.00. Natomiast w niedziele - od g. 7.00 do 13.00 i od 16.00 do 19.00. Kiedy na Placu św. Piotra odbywają się audiencje, to w godzinach przedpołudniowych w Bazylice nie jest sprawowany sakrament pokuty i pojednania. 

List apostolski Miserator Dominus wymaga od watykańskich spowiedników odpowiednich kwalifikacji intelektualnych i moralnych. Kandydat na spowiednika apostolskiego zdaje komisyjny egzamin ustny, składa wyznanie wiary i otrzymuje od kardynała penitencjarza większego zatwierdzenie na spowiednika apostolskiego w Bazylice św. Piotra.

Bracia mieszkają w klasztorze za spiżową bramą, w bliskiej odległości od Domu Świętej Marty, gdzie żyje i pracuje Ojciec Święty Franciszek. Duchowi synowie św. Franciszka z różnych stron świata tworzą tzw. Kolegium Penitencjarzy Watykańskich.