W homilii emerytowany metropolita krakowski mówił, że dzisiejsze czytania pomagają nam jeszcze bardziej zbliżyć się duchowo do Maryi, Matki Jezusa. – Przez całe wieki
i aż po dzień dzisiejszy lud Boży zwraca się do Niej w swoich potrzebach, w swoich smutkach i nadziejach, bo wie, że Ona po swoim wzięciu do nieba jest najlepszą Pośredniczką łask i najskuteczniejszą Orędowniczką u Bożego tronu – mówił o Jej szczególnej roli w historii zbawienia.

Przypominając o setnej rocznicy objawień w Fatimie zacytował słowa Jana Pawła II z homilli wygłoszonej w Fatimie, 13 maja 1982: “Kościół ocenia i osądza prywatne objawienia za pomocą kryterium zgodności z tym jedynym objawieniem publicznym. Jeśli Kościół zaakceptował orędzie z Fatimy, stało się tak przede wszystkim dlatego, że orędzie to zawiera prawdę i wezwanie samej Ewangelii. „Nawracajcie się i wierzcie w Ewangelię»; są to pierwsze słowa, jakie Mesjasz skierował do ludzkości. Orędzie z Fatimy jest w swej istocie wezwaniem do nawrócenia i pokuty, tak jak Ewangelia” – mówił wtedy Jan Paweł II.

Kardynał przypomniał także że dzisiejsza data na zawsze związała historię życia i pontyfikatu św. Jana Pawła II z wydarzeniami fatimskimi. – Matka Boża ocaliła życie Papieża, który miał jeszcze do spełnienia ważne zadania. To przecież on wniósł ogromny wkład w obalenie komunizmu w naszej części świata. Nie miał do dyspozycji żadnej armii. Uczynił to siłą prawdy o Bogu i człowieku, którą głosił niezmordowanie przez cały swój pontyfikat. To Jan Paweł II uwrażliwił cały Kościół na sprawę Bożego Miłosierdzia jako ratunku dla naszego niespokojnego świata. Tą prawdą żyje współczesny Kościół w czasie pontyfikatu Papieża Franciszka. To Jan Paweł II otworzył Kościół na nowe formy duszpasterstwa wśród młodych, co zaowocowało między innymi inicjatywą organizowania Światowych Dni Młodzieży – wymieniał dokonania polskiego papieża.

Zwracając się do wiernych mówił, że młoda wspólnota parafialna i ta świątynia pod wezwaniem św. Piotra Apostoła związana jest w sposób szczególny ze świętym Janem Pawłem II. – Powstał ten kościół jako wotum za jego wybór na stolicę Piotrową, a także za ocalenie mu życia trzydzieści sześć lat temu – przypomniał były papieski sekretarz.

Budowę kościoła rozpoczęto w 1984. W 1985 erygowano przy kościele nową parafię św. Piotra Apostoła. W 1988 wmurowano kamień węgielny z drzwi Bazyliki św. Piotra na Watykanie. 14 sierpnia 1991 papież Jan Paweł II dokonał konsekracji kościoła.

Poszczególne fragmenty budowli nawiązują do budynków z Wadowic, Krakowa i Rzymu symbolizując drogę Karola Wojtyły na stolicę Piotrową. Na posadzce kościoła zaznaczony jest czerwonymi płytkami obrys placu św. Piotra i miejsce zamachu na papieża Jana Pawła.