To pierwsze relikwie I stopnia bł. Jana Pawła II w miejscu, z którym był on tak mocno związany jeszcze od lat dzieciństwa, kiedy wraz z ojcem przybywał do sanktuarium z pobliskich Wadowic. Relikwiarz, który ma rozmiar prawdziwego brewiarza, znajduje obecnie w Cudownej Kaplicy. Jak zaznaczają opiekujący się sanktuarium kalwaryjskim bernardyni, szczególny kształt relikwiarza, inspirowany jest przykładem „ufnej i żarliwej modlitwy błogosławionego”.

Bł. Jan Paweł II podczas swego pontyfikatu odwiedził Kalwarię Zebrzydowską kilkakrotnie. Pierwszy raz 7 czerwca 1979 r. Drugi raz był tu 14 sierpnia 1991 r. Jechał wtedy z Krakowa do Wadowic i zatrzymał się na obrzeżach sanktuarium, przy kościele parafialnym pw. Św. Józefa. Tam czekała na niego grupa pielgrzymów, mieszkańców Kalwarii i oo. bernardyni z przełożonym i z kopią Matki Bożej Kalwaryjskiej. Ojciec Święty wygłosił wtedy krótkie przemówienie i pobłogosławił wszystkich. 19 sierpnia 2002 r. papież przybył do Kalwarii z okazji jej 400-lecia.

W 1987 r. Jan Paweł II nie odwiedził kalwaryjskiego sanktuarium, ale wziął udział w jubileuszu 100-lecia koronacji cudownego obrazu Matki Bożej Kalwaryjskiej na krakowskich Błoniach. Obraz ten został do Krakowa przywieziony i tam właśnie Ojciec Święty ofiarował Kalwarii złotą różę papieską, najwyższy wyraz hołdu składany przez papieży najważniejszym sanktuariom świata.

W kaplicy sanktuarium znajdują się także inne dary ofiarowane przez bł. Jana Pawła II. Jest tu krzyż papieski przekazany przez Jana Pawła II podczas jego ostatniej pielgrzymki do Kalwarii w 2002 r. oraz perłowy różaniec przekazany sanktuarium w 1997 r. Są też świeca papieska, dar z pierwszej pielgrzymki do Polski i Kalwarii w 1979 r., oraz monstrancja przekazana w styczniu 1979 r.

W sanktuarium znajdują się również: papieski fotel oraz ornat, w którym odprawił ostatnią w Polsce Mszę św., sutanna oraz piuska.