W liście skierowanym na ręce wielkiego kanclerza uniwersytetu, abp. Marka Jędraszewskiego, Papież nawiązuje do nauczania patrona krakowskiej uczelni. Przypomina, że „św. Jan Paweł II wskazywał na potrzebę takiej «posługi myślenia», dzięki której środowiska uniwersyteckie włączają się w kościelną misję szerzenia Chrystusowego orędzia w świecie”. Profesorów i studentów zachęca, by wierni wielowiekowej tradycji odczytywali znaki czasu, podejmowali z odwagą nowe wyzwania, aby skutecznie nieść współczesnemu człowiekowi i światu prawdę Ewangelii. Papież życzy, by krakowski uniwersytet był wspólnotą, w której „zdobywanie wiedzy łączy się z promocją szacunku dla każdego człowieka ze względu na Boga, który go stworzył, i z troską o kształtowanie serc, o otwieranie ich na to, co najważniejsze, co trwałe i co nie przemija”. Przypomina, że „młodzi ludzie mają swoje marzenia i swoje cele, a katolicki uniwersytet powinien pomagać im realizować je w oparciu o prawdę, dobro i piękno, które mają swoje źródło w Bogu”. 

Wydział teologiczny został powołany 11 stycznia 1397 roku przez papieża Bonifacego IX na ówczesnej Akademii Krakowskiej, której kontynuatorem jest dzisiejszy Uniwersytet Papieski Jana Pawła II. Dewizą uczelni jest wezwanie: „Idźcie i nauczajcie”.