Zasiadał też w radzie krakowskiego Centrum Jana Pawła II „Nie lękajcie się”. W 2008 r. zdobył nagrodę TOTUS w kategorii „Osiągnięcia w dziedzinie kultury chrześcijańskiej”. Uzasadniając jej przyznanie jury zwróciło uwagę na jego „świadectwo głębokiego humanizmu, inspirowane nauczaniem Jana Pawła II, przekazywane w życiu i twórczości”.

Profesor powoływał się na Papieża, kiedy mówił o granicach eksperymentów genetycznych i klonowania. Był także pod wrażeniem umierania Jana Pawła II, o czym tak pisał w periodyku „Zwoje”: „Pokazał nam, jak można, jak należy umierać. Mogłoby się zdawać, że dla śmierci nie ma dziś miejsca w świecie, który zachorował na wieczną młodość. Wyparliśmy ją z naszych myśli, poza świadomość, odmawiając jej prawa bytu. Nie wspominamy jej imienia. Jesteśmy często, jak ci ludzie z obrazu 'Upadek Ikara' Breughla, których nie jest w stanie wytrącić z bezmyślnych, codziennych zajęć, nawet rzecz tak zdumiewająca, jak chłopiec spadający z nieba, tuż obok. Wszyscy spokojnie odwracają się od nieszczęścia.

Śmierć szła z Janem Pawłem II przez życie. Od utraty matki w dzieciństwie, niedługo potem ojca, przez zamach z 13 maja 1981 roku. W ciągu swojego pontyfikatu przeszedł dziesięć operacji, dwanaście razy przebywał w rzymskiej klinice Gemelli. W ostatnich latach choroba robiła postępy i ze ściśniętym sercem patrzyliśmy na zarejestrowane chwile, gdy Ojciec Święty wyglądał źle, gdy widać było jak cierpi. A jednocześnie cierpieniu towarzyszyły do ostatnich dni: odwaga, ogromny upór i determinacja. Nawet coraz większe kłopoty z poruszaniem się przyjmował z humorem i na ruchomą platformę mówił żartobliwie "taczki".

Uczył nas, iż ból i cierpienie przyjąć należy w całej pełni i nikt nie mógł brzmieć bardziej przekonująco niż On, gdy mówił, iż powołanie do cierpienia jest uczestnictwem w cierpieniu Chrystusa. Odsłonił nam tajemnice cierpienia i śmierci. Bez Niego, byliśmy gotowi zapomnieć, że one istnieją. Te wielkie tajemnice, których pojąć nie umieliśmy, wiedząc jednak, że On je zna i przybliży je nam – całym sobą, swoim nauczaniem, swoim życiem i śmiercią”.

Prof. Szczeklik był aktywnym uczestnikiem życia elit twórczych Krakowa. W swojej klinice leczył znanych ludzi, wśród nich Jerzego Turowicza, który trafił do niego w ostatnich latach z zaburzeniem rytmu serca. Przy łóżku chorego redaktora naczelnego „Tygodnika Powszechnego” stał telefon, ale nie wolno było nikomu do niego dzwonić. Kiedy jednak się odezwał, żona Jerzego Turowicza zawołała z oburzeniem: „Przecież mieli go nie męczyć!'

Ze zdumieniem usłyszała głos ks. Stanisława Dziwisza, który oznajmił: „Oddaję słuchawkę Ojcu Świętemu”. Telefon od Papieża bardzo zmobilizował redaktora, który był już w stanie rezygnacji. Kiedy dwie godziny później zrobiono EKG, okazało się, że migotania przedsionków nie ma i serce pracuje prawidłowo. Prof. Szczeklik westchnął: „Gdyby tak papież mógł zadzwonić do wszystkich naszych pacjentów przebywających na intensywnej terapii...”.