Tym niemniej w przypadku umowy Stolicy Świętej z państwem takim jak Izrael, leżącym w miejscach związanych z historią zbawienia Starego i Nowego Testamentu, a zamieszkiwanym przez ludzi z tą historią się utożsamiających, kontekst religii i dialogu między religiami trzeba było uwzględnić. Jan Paweł II wyraźnie na to wskazał 15 stycznia 1994 r. na dorocznym spotkaniu z korpusem dyplomatycznym Po raz pierwszy mówił wówczas o podpisanym dwa tygodnie wcześniej porozumieniu. Nawiązał do minionego właśnie okresu Bożego Narodzenia słowami:

„Te niedawne obchody w naturalny sposób skierowały nasze myśli ku Ziemi Świętej, gdzie narodził się Jezus i dokąd udaliśmy się w duchowej pielgrzymce. Po raz pierwszy od bardzo dawna pokój wydaje się tam możliwy, a to dzięki dobrej woli ludów zamieszkujących dzisiaj ten kraj. Wczorajsi wrogowie zaczęli ze sobą rozmawiać i rozmawiają o przyszłości. Proces rozpoczęty w 1991 r. przez Konferencję Madrycką nadal pobudza do działania tych, którzy odważnie starają się doprowadzić do zwycięstwa dialogu i porozumienia nad wszelkiego rodzaju ekstremizmem i egoizmem. Izraelczycy i Palestyńczycy, synowie Izaaka i Izmaela, wytyczyli nową drogę. Wszyscy ich przyjaciele powinni im pomóc, by mogli przejść ją aż do końca. Jest to obowiązek poważny, ponieważ utrzymywanie sytuacji niepewności, a zwłaszcza przedłużanie dotkliwych cierpień ludności palestyńskiej, której los jest nam dobrze znany, dodatkowo pogłębia istniejące trudności i stwarza ryzyko, że tak bardzo oczekiwane konkretne owoce podjętego już dialogu pozostaną nadal nieosiągalne”.

Naświetliwszy sytuację międzynarodową, w której zaznaczyła się wola dialogu dla rozwiązania konfliktu w Ziemi Świętej, Papież wyjaśnił znaczenie porozumienia watykańsko-izraelskiego. Ukazał dyplomatom, także tym, którzy reprezentowali kraje żywiące uprzedzenia do Izraela, że nie jest ono skierowane przeciwko nikomu, ale ma służyć dobru wszystkich, sprawie pokoju i dialogu, także w relacjach międzyreligijnych:

„Właśnie w tym kontekście nadziei i zagrożenia należy oceniać rozmowy, które pozwoliły Państwu Izraela i Stolicy Apostolskiej podpisać porozumienie formułujące podstawowe zasady, na jakich mają się opierać ich wzajemne stosunki, oraz gwarancje normalnego życia dla Kościoła katolickiego w tym kraju. Nie ma wątpliwości, że okaże się to korzystne dla wszystkich ludzi wierzących. Stolica Apostolska jest też przekonana, że dzięki tej nowej formie relacji z Państwem Izraela będzie mogła, zachowując w pełni swą specyficzną rolę duchową i moralną, przyczyniać się do umacniania woli sprawiedliwości i pokoju u wszystkich stron zaangażowanych w proces pokojowy. Nie wyrzekając się zasad, jakie kierowały jej działaniem w przeszłości, będzie zatem nadal zabiegała o to, by szanując prawa i uzasadnione dążenia jednostek i narodów znaleziono niezwłocznie rozwiązania dla innych problemów, które dotychczas zostały rozstrzygnięte tylko częściowo. Nie trzeba dodawać, że dotyczy to między innymi kwestii statusu prawnego świętego miasta Jerozolimy, która interesuje zwłaszcza wyznawców trzech religii monoteistycznych”.

Wspomniane „Porozumienie Podstawowe” podpisali 30 grudnia 1993 r. w izraelskim MSZ w Jerozolimie watykański podsekretarz ds. relacji z państwami ks. Claudio Maria Celli i wiceminister spraw zagranicznych Izraela Yossi Beilin. Przewidywało ono, że jeszcze przed jego ratyfikacją obie strony wymienią swych specjalnych przedstawicieli, mających rangę nuncjusza apostolskiego i ambasadora, choć na razie bez nuncjatury i ambasady. 18 stycznia 1994 r. Papież mianował takim przedstawicielem 69-letniego wówczas abp. Andreę Cordero Lanza di Montezemolo, późniejszego kardynała. Od czterech lat był on już delegatem apostolskim w Jerozolimie i Palestynie, rezydującym na jerozolimskiej Górze Oliwnej. Dzień wcześniej izraelska Rada Ministrów zatwierdziła nominację specjalnego przedstawiciela, którym został Shmuel Hadas.

Kolejne etapy nie dały już na siebie długo czekać. 20 lutego Izrael ratyfikował „Porozumienie Podstawowe”, powiadamiając o tym Stolicę Apostolską, która dokonała jego zatwierdzenia 7 marca, o czym państwo Izraela zostało poinformowane trzy dni później. Tak więc od 10 marca porozumienie zaczęło obowiązywać. 15 czerwca nawiązano pełne stosunki dyplomatyczne między Stolicą Apostolską a Izraelem na szczeblu nuncjatury i ambasady. 28 czerwca Jan Paweł II mianował dotychczasowego specjalnego przedstawiciela abp. Cordero Lanza di Montezemolo nuncjuszem apostolskim w Izraelu. Na siedzibę nuncjatury została wyznaczona Jafa koło Tel Awiwu. Ten papieski dyplomata pozostał też nadal delegatem apostolskim w Jerozolimie i Palestynie. 16 sierpnia złożył on listy uwierzytelniające izraelskiemu prezydentowi Ezerowi Weizmannowi w jego jerozolimskiej siedzibie.

Również dotychczasowy specjalny przedstawiciel Izraela przy Stolicy Apostolskiej Shmuel Hadas został jego pierwszym ambasadorem przy Watykanie. Papież przyjął go w swej letniej rezydencji w Castel Gandolfo 29 września. W przesłaniu przekazanym mu przy tej okazji przyznał, że pełne stosunki dyplomatyczne z Izraelem Stolica Apostolska zawarła w ramach wprowadzania w życie „Porozumienia Podstawowego” podpisanego 30 grudnia 1993 r. Jan Paweł II przypomniał jednak, że i on sam, i wcześniej jego poprzednicy wielokrotnie przyjmowali wysokich przedstawicieli państwa Izraela. W ten sposób zwrócił niejako uwagę, że Stolica Święta uznawała istnienie tego państwa już od dawna, a nie dopiero od nawiązania z nim stosunków dyplomatycznych najwyższej rangi:

„Ten kontakty pozwoliły, mimo istnienia różnicy zdań odnośnie do niektórych zagadnień, stworzyć podstawy organicznego dialogu, który od ponad dwóch lat rozwija stała dwustronna komisja robocza. Pragnę wyrazić moją wdzięczność członkom tej komisji, którzy tak po jednej, jak i po drugiej stronie zaangażowali się z kompetencją w pogłębioną wymianę poglądów, co doprowadziło do podpisania «Porozumienia Podstawowego», otwierającego nową erę w naszych wzajemnych stosunkach”.

Papież odniósł się do stwierdzeń zawartych w przesłaniu przekazanym mu przez izraelskiego ambasadora:

„Prawdą jest, jak Pan podkreśla, że nawiązanie stosunków dyplomatycznych nie stanowi celu samego w sobie, lecz punkt wyjścia do specyficznej współpracy, uwzględniającej charakter Stolicy Apostolskiej oraz państwa Izraela. Różne kwestie dotyczące obu stron są w dalszym ciągu rozpatrywane przez dwie podkomisje, utworzone zgodnie z postanowieniami «Porozumienia» z 30 grudnia ub. r., mające umożliwiać rozwój naszej wzajemnej współpracy, opartej na solidnych podstawach”.

Jan Paweł II wskazał dalej na potrzebę poszanowania wolności sumienia i wyznania, przeciwstawiania się nietolerancji, zwłaszcza antysemityzmowi, wreszcie wspierania procesu pokojowego na Bliskim Wschodzie, przy czym zapewnił o swej modlitwie w tej intencji. Nawiązał też do wyrażonego przez dyplomatę pragnienia, by zacieśnić współpracę między izraelskimi i katolickimi instytucjami kulturalnymi:

„Przyjmuję tę propozycję z wielką radością, ponieważ uważam, że wymiana naukowa między naszymi uniwersytetami, podejmowana już przy różnych okazjach, jest ze wszech miar pożądana. Z ogólnego punktu widzenia wzbogaca się w ten sposób życie intelektualne. Dla nas jest to szczególnie korzystne, nasze kultury mają bowiem wspólne korzenie, poczynając od Biblii, tej Księgi nad księgami, która wciąż pozostaje żywym źródłem inspiracji. Zarówno Żydzi, jak i członkowie Kościoła katolickiego głoszą koncepcję człowieka, jego duchowego powołania i moralności, zaczerpniętą z Ksiąg świętych”.

Papież podkreślił, że dla jednych i drugich pożytecznym będzie wspólne pogłębianie zrozumienia Pisma, lepsze poznawanie cywilizacji i kontekstu, w jakim się rozwijały, przez wykorzystanie archeologii, filologii oraz studiów nad doktrynalnymi i duchowymi tradycjami religijnymi:

„Szczególny charakter stosunków między państwem Izraela a Stolicą Apostolską wiąże się z niepowtarzalnym charakterem tej Ziemi, ku której kierują się spojrzenia większości wierzących, Żydów, chrześcijan i muzułmanów z całego świata. Ziemia ta stała się święta, ponieważ na niej objawił się ludziom jedyny Bóg. Ten fakt wycisnął na niej niezatarte piętno i pozostaje ona źródłem inspiracji dla tych, którzy mogą ją odwiedzić jako pielgrzymi. Wyznawcy wielkich religii monoteistycznych w sposób szczególny patrzą na Święte Miasto Jerozolimę, które, jak nam wiadomo, jeszcze dziś jest teatrem podziałów i konfliktów, pozostając jednak «świętym dziedzictwem wszystkich wierzących w Boga» (list apostolski o Jerozolimie Redemptionis Anno, 20 kwietnia 1984 r.), i – jak wskazuje jego piękna nazwa – skrzyżowaniem dróg oraz symbolem pokoju. Pożądane byłoby objęcie unikalnego, sakralnego charakteru tego Świętego Miasta przez gwarancje międzynarodowe, które jednocześnie zapewniłyby dostęp do niego wszystkim wierzącym”.

W przesłaniu przekazanym w 1994 r. pierwszemu izraelskiemu ambasadorowi przy Watykanie Jan Paweł II wyraził też nadzieję, że relacje Stolicy Apostolskiej z reprezentowanym przez niego państwem przyczynią się do bardziej intensywnego dialogu między Kościołem katolickim a narodem żydowskim w Izraelu i na całym świecie. Przypomniał, że we wzajemnym zrozumieniu dokonał się już znaczny postęp, zwłaszcza pod wpływem Soboru Watykańskiego II. Życzył, by stosunki chrześcijańsko-żydowskie rozwijały się i pogłębiały, pomagając Żydom i chrześcijanom „lepiej służyć wielkim sprawom ludzkości”.