Franciszek Ksawery urodził się 7 kwietnia 1506 roku w Xavier w Hiszpanii. W wieku 19 lat udał się na studia do Paryża. Po uzyskaniu stopnia magistra przez jakiś czas wykładał w College Domans-Beauvais. Tam poznał bł. Piotra Favre (1526), a w kilka lat potem (1529) św. Ignacego Loyolę.  W tym czasie Franciszek rozpoczął także studia teologiczne na Sorbonie z zamiarem poświęcenia się służbie Bogu. Podczas studiów dzielił pokój z Ignacym Loyolą. 15 sierpnia 1534 roku na Montmartre w kaplicy Męczenników trzej przyjaciele oraz czterej inni towarzysze złożyli śluby zakonne. W 1537 Franciszek przyjął święcenia kapłańskie.

W latach 1537-1538 pracował w Bolonii, a potem w Rzymie, gdzie razem z przyjaciółmi poświęcił się pracy duszpasterskiej oraz charytatywnej. 27 września 1540 roku papież Paweł III zatwierdził osobną bullą Towarzystwo Jezusowe.

Franciszek postanowił poświęcić się działalności misyjnej. W 1541 roku wyruszył na misje do Indii. Po 13 miesiącach przybył do Goa. Stamtąd wyruszył dalej na wschód. Dotarł do Nowej Gwinei, do Japonii i do wrót Chin.

Utrudzony podróżą i trudnym klimatem, Franciszek zachorował na wyspie Sancian, w pobliżu Chin. Umarł  w nocy z 2 na 3 grudnia 1552 roku, w wieku 46 lat. Mimo upałów i wilgoci, jego ciało pozostało nienaruszone przez kilka miesięcy. Przewiezione zostało w 1554 roku do kościoła jezuitów w Goa.

W 1619 papież Paweł V ogłosił Franciszka Ksawerego błogosławionym, a już trzy lata później kanonizował go papież Grzegorz XV wraz z Ignacym Loyolą. Pius X w 1910 roku ogłosił św. Franciszka Ksawerego patronem Dzieła Rozkrzewiania Wiary, a w roku 1927 wraz ze św. Teresą od Dzieciątka Jezus został ogłoszony przez papieża Piusa XI patronem misji katolickich.